После своей интронизации Святейший направил известительные грамоты Патриархам: Константинопольскому Вениамину, Александрийскому Христофору, Антиохийскому Александру и Иерусалимскому Тимофею. Взаимоотношения с Православными Церквами Востока приобрели более широкий и интенсивный характер.
На повестке дня стояла нормализация отношений с Грузинской Православной Церковью, отделения которой в 1917 году не признал Поместный Собор. В результате переговоров со священноначалием Грузинской Православной Церкви, которые от лица Московского Патриархата вел архиепископ Антоний (Романовский), 10 ноября 1943 года было восстановлено молитвенно–каноническое общение между Церквами.
Для консолидации церковной жизни необходимо было установление внутрицерковного мира, преодоление расколов и разделений в российской пастве. В октябре 1941 года Александр Введенский, устранив от возглавления обновленческой церкви "митрополита" Виталия (Введенского), усвоил себе титул "Святейшего и Блаженнейшего Первоиерарха". Самозванный "Первоиерарх" вместе с уволенным на покой "митрополитом" Виталием Введенским и обновленческой канцелярией были эвакуированы в Ульяновск. Нормализация отношений между Православной Церковью и государственной властью привела к тому, что обновленческие приходы начали стремительно таять. К середине войны полный крах обновленчества стал очевидным.
Обновленческие архиереи, осознавшие это, искали пути к возвращению в Православную Церковь. Лжеепископ Звенигородский Сергий (Ларин) в 1943 году вступает в конфиденциальные переговоры с Киевским митрополитом Николаем об условиях, на которых могут быть воссоединены обновленцы. Сергий готов был пожертвовать Александром (Введенским), чтобы обновленческие священнослужители воссоединялись в сущем сане, хотя и с пожизненным запрещением женатых епископов. Когда о переговорах этих стало известно самозванному Первоиерарху, он перевел Сергия Ларина из Москвы в Ташкент. Переговоры заглохли. По отношению к кающимся обновленцам Патриарх Сергий выбрал не чуждую икономии, но твердую линию. В сущем сане принимались епископы, пресвитеры и диаконы, получившие сан до 1923 года, когда обновленцы были запрещены Патриархом Тихоном, если они не утратили права на священнослужение через вступление в брак после хиротонии. А лжесвященники и лжеепископы обновленческого поставления принимались мирянами или в том сане, которого удостоились до уклонения в раскол. 5 ноября 1943 года на заседании Священного Синода принято было покаяние от находившегося на покое обновленческого "архиепископа" Михаила (Постникова). Свое покаяние, подписанное собственноручно, присоединяемый прочитал вслух и вручил Патриарху: "Я, обновленческий архиепископ Михаил Постников, рождения 1878 года, исповедую Господу Иисусу Христу и Пречистой Его Матери и всем святым и Тебе, Святейший Владыко, и здесь присутствующим архипастырям мой великий грех уклонения от Единой Святой Православной Церкви в раскол обновленческий… Ни на какие чины, полученные как награды, я не претендую, я только смиренно прошу принять меня в общение со Святой Православной Церковью, причем заявляю, что всякое сношение с обновленчеством я порываю. Прости меня, Святейший Владыко, и благослови, и вкупе с прочими архиереями помолитеся о мне грешном". Святейший Патриарх прочитал над кающимся разрешительную молитву и возложил на него архиерейскую панагию. Воссоединенный с Православной Церковью епископ Михаил (Постников) был назначен на Архангельскую кафедру.
4 декабря 1943 года к Православной Церкви был присоединен бывший обновленческий "Первоиерарх" Виталий (Введенский), получивший назначение на Тульскую кафедру. Обновленческого архиепископа Звенигородского Андрея (Расторгуева), по принесении покаяния, воссоединили в сане протоиерея, который он имел до отпадения в раскол, и назначили настоятелем московского храма Воскресения в Сокольниках. Обновленческий епископ Сергий (Ларин) был воссоединен простым мирянином, но вскоре после этого получил уже православное поставление во епископа.
К 1944 году в обновленчестве оставалось лишь несколько честолюбцев — пастырей, покинутых своим образумившимся стадом. Не принес покаяния перед Матерью Церковью Александр Введенский. В письме епископу Александру (Толстопятову), написанном за несколько дней до кончины, 20 апреля 1944 года, Патриарх Сергий писал: "А. И. Введенский, по–видимому, собирался совершить нечто грандиозное, или, по крайней мере, громкое. Прислал мне приветственную телеграмму: "Друг Друга обымем!" Меня называет представителем религиозного большинства в нашем Православии, а себя — представителем меньшинства. А закончил какой-то арлекинадой, подписался Первоиерархом, доктором богословия и доктором философии. Я ответил: "Введенскому А. И. Воистину Христос Воскрес! П. С." А. И. Введенский умер в расколе с Церковью 26 июля 1946 года от паралича.
С Православной Церковью воссоединяются и немногочисленные священнослужители из григорианского раскола. Григорианский епископ Фотий (Тапиро) принес покаяние еще до избрания Патриарха, 12 июля 1943 года, и был поставлен после этого на Краснодарскую кафедру.
14 мая 1944 года Патриарх Сергий совершил в Ризоположенском, храме хиротонию во епископа Можайского архимандрита Макария (Даева). Вечером он обсуждал с управляющим делами Патриархии протоиереем Н. Ф. Колчицким вопросы, связанные с предстоящим заседанием Синода. Святейший проснулся 15 мая в 6 часов. Но когда в 6 часов 50 минут его келейник архимандрит Иоанн (Разумов, впоследствии митрополит) вошел в спальню, он застал Святейшего бездыханным. Врач определил смерть от кровоизлияния в мозг.
18 мая 1944 года Патриарх Сергий был погребен в Никольском приделе Богоявленского патриаршего собора. На отпевание Первосвятителя к собору стеклись многотысячные толпы православного народа. Храм был заполнен молящимися и оплакивающими почившего Патриарха. Народ запрудил все пространство, примыкающее к собору. Чин погребения возглавил митрополит Московский Алексий. Ему сослужили митрополиты Николай, Иоанн, 8 архиепископов и епископов и сонм пресвитеров.
В надгробном слове, произнесенном перед отпеванием, митрополит Алексий сказал: "В муках скорби глубокой и тяжкой стоим мы у гроба Святейшего Отца нашего и Патриарха и провожаем дух его "в путь всея земли"… Церковь Православная скорбит об утрате его! Он весь принадлежит Церкви Божией. С самых юных лет он отдал ей все свои силы, все свои дарования и до конца был верен этому служению… Когда Промысл Божий поставил его во главе православной русской паствы, тогда во всей полноте раскрылись его пастырские дарования, и он подлинно стал Отцом и мудрым Кормчим для самих пастырей и архипастырей… На короткое время судил ему Господь воспринять высокое звание Патриарха Московского и всея Руси, главы Церкви Российской, как бы для того только, чтобы дать ему полноту славы церковной в воздаяние его великих заслуг церковных… Господь сподобил его величайшего дара — тихой, безболезненной, мирной кончины и призвал его в дни, когда Церковь духовно празднует торжество жизни над смертью, когда она воспевает победную песнь: "Христос воскресе из мертвых, смертию смерть поправ и сущим во гробех живот даровав", и мы веруем, что земной подвиг его будет увенчан Господом нетленным венцом блаженства в вечных обителях".
Патриарх Сергий (в миру Иван Николаевич Страгородский) родился в Арзамасе в семье потомственного священника в 1867 году. Род Страгородских издревле принадлежал духовному сословию. При Екатерине II епископ Сильвестр Страгородский занимал Крутицкую кафедру. Мать будущего Патриарха умерла в молодости, вскоре после рождения сына, и мальчик рос сиротой. Самые ранние воспоминания его связаны с Алексеевским женским монастырем, где его тетка — мать Евгения — была монахиней, а потом игуменией. На восьмом году мальчика отдали в приходское училище, а по окончании его — в Нижегородскую семинарию.
