Местоблюститель Патриаршего Престола, хотя и с оговорками, одобрил церковно–политическую линию, выбранную Заместителем. Митрополита Сергия поддерживали такие выдающиеся церковные деятели, как митрополиты Михаил (Ермаков), Никандр (Феноменов), Серафим (Чичагов), архиепископы Василий (Зеленцов) (не безусловно), Евгений (Зернов), Петр (Зверев), епископы Мануил (Лемешевский), Николай (Ярушевич), Венедикт (Плотников).

Архиепископ Верейский Иларион (Троицкий) написал из соловецкого лагеря на волю письмо с осуждением отделившихся от митрополита Сергия. Касаясь в этом письме вынужденных переводов и увольнений архиереев, он заметил: "Что и других переводят, так что ж делать, поневоле делают, как им жить дома нельзя. Прежде по каким пустякам должность меняли — и еще рады были, а теперь заскандалили".

Святейший Патриарх Алексий, в ту пору архиепископ Хутынский, вспоминал впоследствии: "Когда Преосвященный Сергий принял на себя управление Церковью, он подошел эмпирически к положению Церкви в окружающем мире и исходил тогда из существующей действительности. Все мы, окружающие его архиереи, были с ним согласны. Мы всем Временным Синодом подписали с ним "Декларацию" 1927 года в полном убеждении, что выполняем свой долг перед Церковью и ее паствой".

29 марта 1928 года Заместитель Патриаршего Местоблюстителя и Временный Синод издали "Деяние", в котором подробно изложена была позиция высшей церковной власти относительно обвинений, выдвинутых против митрополита Сергия. Полномочия Заместителя Патриаршего Местоблюстителя выводятся здесь из того обстоятельства, что митрополит Петр передал ему свои права и обязанности "без всяких ограничений".

В разъяснение смутивших многих верующих людей слов из "Декларации" о "радостях и неудачах" в "Деянии" говорится, что эти слова относятся к внешнему благополучию и бедствиям народной жизни, но вовсе не к распространению неверия, как представляли это злонамеренные критики "Декларации". По поводу перевода митрополита Иосифа в Одессу сделано основательное замечание, что если он не признает прав Заместителя Местоблюстителя на перемещение епископов, то почему он не возражал против сделанного митрополитом Сергием ранее перевода его из Ростова на Ленинградскую кафедру. Действия тех епископов, которые отделились от митрополита Сергия, характеризуются в "Деянии" как раскольнические.

Церковные нестроения в конце 20–х годов приобрели крайне тревожный характер. В 1942 году митрополит Сергий, обращаясь к той эпохе, писал: "В нашей Церкви воцарился невообразимый хаос, напоминавший состояние Вселенской Церкви во времена арианских смут, как оно описывается у Василия Великого… Мы могли рассчитывать только на нравственную силу канонической правды, которая и в былые времена не раз сохраняла Церковь от конечного распада. И в своем уповании мы не посрамились. Наша Православная Церковь не была увлечена и сокрушена вихрем всего происходящего. Она сохранила ясным свое каноническое сознание, а вместе с этим и канонически законное возглавление, то есть благодатную преемственность Вселенской Церкви и свое законное место в хоре автокефальных Церквей".

В 1929 году НЭП был отменен; началась принудительная массовая коллективизация — раскрестьянивание России, сопровождавшееся попранием законности — высылкой миллионов крестьянских семей в Сибирь и на Север.

Русская Церковь разделила судьбу народа, и ее не миновала горькая чаша репрессий. В начале 1929 года за подписью Кагановича на места была отправлена директива, в которой подчеркивалось, что религиозные организации (церковные советы, мусаваллиаты, синагогальные общества и то есть) являются единственной легально действующей контрреволюционной силой, имеющей влияние на массы. Этим фактически была дана команда к широкому применению административных и репрессивных мер в борьбе с религией.

8 марта 1929 года ВЦИК и СНК издали новое постановление о религиозных объединениях. Этим постановлением священнослужители исключались из состава "двадцаток"; религиозным объединениям воспрещалась благотворительная деятельность; частное обучение религии, дозволенное Декретом 1918 года об отделении Церкви от государства, интерпретировалось в предельно суженном объеме лишь как право родителей обучать религии своих детей. Вводилась 5–дневная рабочая неделя, и воскресенье переставало быть выходным днем.

Началось массовое закрытие церквей. В 1928 году Русская Православная Церковь имела более 30 тысяч приходов (вместе с обновленческими, григорианскими и самосвятскими приходами в нашей стране оставалось еще 39 тысяч общин) - 2/3 от дореволюционного количества. В 1928 году закрыто было 534 церкви, а в 1929 — уже 1119 храмов. В 1930 году упразднение православных общин продолжалось с нарастающим темпом. В Москве из 500 храмов к 1 января 1930 года оставалось 224, а через два года — только 87 церквей, находившихся в юрисдикции Патриархии. В Рязанской епархии в 1929 году было закрыто 192 прихода, в Орле в 1930 году не осталось ни одной православной церкви.

Закрытые храмы использовались под производственные цеха, склады, квартиры и клубы, а монастыри — под тюрьмы и колонии. Многие храмы уничтожались, разрушались православные святыни русского народа. В Москве в июле 1929 года уничтожили часовню Иверской Божией Матери, в 1930 году — Симонов монастырь, в 1931 году взорвали храм Христа Спасителя.

По всей стране с колоколен снимались колокола под предлогом того, что они мешают слушать радио. Колокольный звон запрещен был в Москве, Ярославле, Пскове, Тамбове, Чернигове.

Иконы сжигались тысячами; в газетах появлялись сообщения о том, как то в одной, то в другой деревне их сжигали целыми телегами; уничтожались иконы древнего письма. Сжигали богослужебные книги; при разгроме монастырей гибли и рукописные книги, археографические памятники, представляющие исключительную культурную ценность; драгоценная церковная утварь переплавлялась на лом.

Закрытие храмов и уничтожение святынь сопровождалось арестами священнослужителей, высылками и ссылками их, этапированием в места заключения, где томились уже тысячи священников и десятки архиереев.

В 1929 году Русская Церковь потеряла одного из своих самых замечательных иерархов — архиепископа Илариона, поборника восстановления Патриаршества, ревностного и неустрашимого борца с обновленчеством, ревнителя церковного единства, выдающегося богослова. Его мирское имя — Владимир Алексеевич Троицкий. Родился он в 1885 году. По окончании Московской духовной академии защитил магистерскую диссертацию "Очерки из истории догмата Церкви"; приняв постриг, служил профессором и инспектором родной академии. На Поместном Соборе он 32–летним архимандритом оказался одним из кандидатов на Патриарший Престол.

В 1920 году был рукоположен в сан епископа Верейского. Когда вспыхнул обновленческий раскол, епископ Иларион стал ближайшим помощником Патриарха в борьбе против смуты. Оказавшись в ссылке на Соловках, исповедник Православия сохранил свой жизнерадостный, общительный, неунывающий характер; он скрашивал тяготы соузников непоколебимым благодушием, веселостью, остроумием. Работая на рыболовных топях вместе с другими епископами и священниками, архиепископ Иларион шутил, перефразируя стихиру Троице: "Вся подает Дух Святый: прежде рыбари богословцы показа, а теперь наоборот - богословцы рыбари показа".

"Соловки, — говорил он, — это замечательная школа — нестяжания, кротости, смирения, воздержания, терпения и трудолюбия". В лагере его полюбили все: не только собратья по священству, интеллигенция, дворяне, офицеры, невинно сосланные крестьяне, но и соловецкая шпана. Часами он разговаривал с отпетым уголовником, и тот после такого разговора исполнялся особым уважением к нему. Под его началом на Соловках работала "артель Троицкого". По воспоминаниям одного из соузников, артель была и настоящей духовной школой. Архимандрит Иларион терпеть не мог лицемерия, притворства, елейности, самомнения. В разговоре с одним из вновь прибывших на Соловки иноков он спросил: За что же вас арестовали? — Да служил молебен у себя на дому, когда монастыри закрыли, — ответил тот. Ну, собирался народ, и даже бывали исцеления. — Ах вот как, даже исцеления бывали… Сколько же вам дали Соловков? — 3 года. — Ну это мало, за исцеления надо бы дать больше.