Первое заседание Синода состоялось 25 мая, в этот же день по епархиям было разослано Постановление, в котором правящим архиереям предлагалось организовать при себе временные Епархиальные советы и зарегистрировать их в местных органах власти. Так началась долгая и трудная работа по воссозданию на гражданских законных основаниях всей церковно–административной структуры Московского Патриархата.

29 июля вышло "Послание пастырям и пастве", подписанное митрополитом Сергием и членами Синода. В литературе оно получило название "Декларация 1927 года". В "Послании" сообщалось церковному народу, что "теперь… Православная Церковь в Союзе имеет не только каноническое, но и по гражданским законам вполне легальное центральное управление". В "Декларации" подчеркивалась патриотическая позиция Церкви в новых исторических условиях: "Мы хотим быть православными и в то же время сознавать Советский Союз нашей гражданской родиной, радости и успехи которой — наши радости и успехи, а неудачи — наши неудачи". Одна из главных причин тех трудностей, с которыми столкнулась Церковь в устроении своей жизни в революционное десятилетие, заключалась, по "Декларации", в "недостаточном сознании многими представителями Церкви серьезности совершившегося в нашей стране; между тем, "в совершившемся", "как всегда и везде, действует та же Десница Божия, неуклонно ведущая каждый народ к предназначенной ему цели".

На положение Церкви внутри страны неблагоприятное влияние оказывали политически неуравновешенные выступления духовных лиц, оказавшихся в эмиграции. Эти выступления решительно осуждались в "Декларации".

В заключение в "Послании" говорится о неотложной необходимости подготовки Второго Поместного Собора.

В "Декларации 1927 года" конкретизированы положения, которые уже были выдвинуты в документах, составленных Патриархом Тихоном за два последних года его Первосвятительского служения. В ней повторены также многие мысли, выраженные в "Памятной записке соловецких епископов". В "Декларации", однако, в отличие от "Памятной записки", отсутствует всякий критический элемент в оценке политики Советского правительства по отношению к Церкви.

В целях укрепления пошатнувшейся церковной дисциплины Синод распорядился о возношении во всех храмах Московской Патриархии имени Заместителя Патриаршего Местоблюстителя вслед за именем митрополита Петра. 21 октября Синод издал указ о возобновлении поминовения государственной власти с присовокуплением апостольских слов, обосновывающих молитву за власть: "Еще молимся о Богохранимей стране нашей, властех и воинстве ея, да тихое и безмолвное житие поживем во всяком благочестии и чистоте".

В конце 1927 года Синод начал увольнять на покой сосланных архиереев. Эта мера вызвала недовольство у части духовенства. Бурные споры, недоумения и возражения вызвала и сама Декларация. Группа архиереев во главе с митрополитом Иосифом (Петровых) пошла на отделение от Предстоятеля Церкви. Епископ Козловский Алексий (Буй), временный управляющий Воронежской епархией, епископ Глазовский Виктор (Островидов), управляющий Боткинской епархией, отделились от митрополита Сергия.

Особенно тревожная ситуация складывалась в Ленинграде: викарные епископы Ленинградской епархии Гдовский Димитрий (Любимов) и Нарвский Сергий (Дружинин), часть пресвитеров и мирян, в том числе влиятельные в церковных кругах профессор–протоиерей Василий Верюжский, протоиерей Викторин Добронравов, протоиерей Сергий и Александр Тихомировы 26 декабря 1927 года заявили об отделении от митрополита Сергия.

Их действия были одобрены митрополитом Иосифом (Петровых). В своем послании в Ленинград митрополит Иосиф заявил: "Для осуждения и обезвреживания последних действий митрополита Сергия (Страгородского), противных духу и благу Святой Христовой Церкви, по внешним обстоятельствам, не имеется других средств, кроме как решительный отход от него и игнорирование его распоряжений. Пусть эти распоряжения приемлет одна всетерпящая бумага да всевмещающий бесчувственный воздух".

6 февраля 1928 года с посланием к Заместителю Местоблюстителя обратился митрополит Ярославский Агафангел со своими викариями архиепископом Угличским Серафимом (Самойловичем), архиепископом Ростовским Евгением (Кобрановым), митрополитом Иосифом (Петровых), находившимся тогда в Ярославской епархии, и архиепископом Варлаамом (Ряшенцевым). В этом послании они осудили Заместителя Местоблюстителя за "бесцельное и неоправдываемое перемещение епископов, часто вопреки желанию их самих и их паствы, назначение викариев без ведома епархиальных архиереев" и заявили о своем отделении от него.

8 февраля митрополит Сергий писал старейшему русскому иерарху митрополиту Агафангелу: "Мы с Вами подошли уже к той черте, у которой все земные ценности и всякие земные счеты теряют свою абсолютную значимость, и остается только одно: дать добрый ответ на судилище Христовом… Ни веры святой мы не предаем, ни от свободы церковной не отрекаемся", — писал он ему, умоляя не становиться на путь раскола.

В своем ответе митрополит Агафангел писал: "Мы ни одним словом не обмолвились, что отделяемся от Вас по разномыслию в вере, тайно действии и молитве, а только в порядке административного управления", но митрополит Сергий в новом письме митрополиту Агафангелу разъяснял, что административный разрыв с ним равносилен разрыву с первым епископом и означает раскол.

11 апреля Синод предал церковному суду с запрещением в священнослужении митрополита Иосифа (Петровых), викарных архиереев Ярославской епархии, а митрополиту Агафангелу сделал последнее предупреждение. 10 мая митрополит Агафангел и его викарии заявили о том, что они не порывают молитвенного общения с Заместителем Местоблюстителя, раскол не учиняют, но при этом отказываются выполнять те распоряжения, которые смущают их совесть.

Постановлением от 30 мая 1928 года Синод признал это заявление удовлетворительным и снял запрет с архиепископа Варлаама и епископа Евгения.

Вскоре после этого 16 октября 1928 года митрополит Агафангел скончался.

Некоторые из архиереев, находившихся на покое, выразили несогласие с митрополитом Сергием и Синодом и, не отвергая правомочности власти Заместителя Местоблюстителя, не поминали его имени, ограничиваясь возношением имени Местоблюстителя Патриаршего Престола митрополита Петра. Такой позиции придерживались митрополит Кирилл, архиепископ Феодор (Поздеевский), епископы Арсений (Жадановский), Серафим (Звездинский), Афанасий (Сахаров), Григорий (Лебедев).

Лица, выступившие с критикой действий Заместителя Местоблюстителя и отделившиеся от него, делали это по разным причинам. Одни, недовольные частыми перемещениями архиереев с кафедры на кафедру и их увольнениями, считали, что митрополит Сергий пошел слишком далеко по пути компромисса, хотя в принципе и сами считали необходимым добиваться нормализации отношений между Церковью и государственной властью. Другие выступили против митрополита Сергия и изданной им и временным Синодом "Декларации" потому, что не видели нужды торопиться, надеясь, что пройдет еще некоторое время, и политическая ситуация в стране решительно изменится, и все вернется на круги своя. Третьи в исключительно трудных условиях потеряли чувство духовного равновесия, исполнились апокалипсической тревоги и уже не считали особенно важным сохранение церковной структуры. Они готовы были уйти в катакомбы. Между тем митрополит Сергий главную цель своей церковной политики видел в том, чтобы сохранить для многомиллионной российской паствы православные приходы и храмы, сохранить духовенство, он не хотел ставить православный народ перед жестким выбором между катакомбами и обновленческой схизмой.

Решительное большинство епископов и церковного народа с пониманием отнеслось к церковной политике митрополита Сергия и поддерживало его.