Ленинград был главным оплотом обновленчества; в этом городе прочную опору имели и иосифляне, не поминавшие за богослужением имени митрополита Сергия. Новому митрополиту пришлось много потрудиться над охранением канонического строя церковной жизни в своей особенно сложной епархии. Все время, свободное от административных попечений, митрополит Алексий посвящал богослужениям в городских церквах. По воспоминаниям современников, он часто служил в маленьких окраинных церквах по священническому чину. Обновленческий лжемитрополит Николай Платонов, впоследствии ренегат и пропагандист атеизма, часто выступал с наглыми личными нападками на православного митрополита; но его старания вызвать владыку на спор оставались тщетными. Святитель ни разу не ответил на его бранные выпады. Своим необычайно высоким авторитетом у паствы митрополит Алексий обязан был в значительной мере совершенному отсутствию желания искать популярность, льстить народу, заискивать перед ним.

Вскоре после начала Великой Отечественной войны митрополит Алексий был вызван в Патриархию в Москву. 10 августа 1941 года он произнес в Москве слово, проникнутое традиционным для русского духовенства глубоким и подлинным патриотическим чувством: Русский человек бесконечно привязан к своему Отечеству, которое для него дороже всех стран мира. Ему свойственна тоска по Родине, о которой у него постоянная дума, постоянная мечта. Когда Родина в опасности, тогда особенно разгорается в сердце русского человека эта любовь. Он готов отдать все свои силы на защиту ее; он рвется в бой за ее честь, неприкосновенность и целость проявляет беззаветную храбрость, полное презрение к смерти. Не только как на долг, на священный долг, смотрит он на дело ее защиты, но это есть непреодолимое веление сердца, порыв любви, которую он не в силах остановить, которую он должен до конца испытать… Мы веруем, что и теперь Великий Предстатель за землю Русскую преподобный Сергий простирает свою мощь и свое благословение русским воинам. И эта вера дает нам всем неиссякаемые силы для упорной и неустанной борьбы. И какие бы ужасы не постигли нас в этой борьбе, мы будем непоколебимы в нашей вере в конечную победу правды над злом, в окончательную победу над врагом".

Вскоре после этого митрополит Алексий вернулся в свой кафедральный город. Девятьсот блокадных дней провел он со своей паствой, вместе с народом, в осажденном, вымирающем и замерзающем городе. Непрерывные бомбежки и артобстрелы, трупы умерших от голода непогребенных жителей на каждом шагу… но городские церкви были переполнены молящимися людьми. Митрополит Алексий был все время в храме, одно время он даже жил на колокольне Никольского собора. Служил литургию, молебны, а в будние дни — часто без диакона, сам причащал и читал поминания. Всякий мог тогда прийти к нему со своим горем, и он принимал пасомых и утешал их беседами. В своих проповедях и посланиях к пастве митрополит внушал им надежду на избавление и победу.

В пасхальном послании 1943 года святитель написал: "Во всех нас заговорил русский, сын одного Отечества, и встали не за себя, не за личные блага, а за Мать–Родину, которой грозит разорение и гибель… А над всем сим — непоколебимая вера, присущая русскому православному человеку, вера в бесконечную милость Божию, сильную превозмочь гордость насилия и даровать победу народу, явившему столь великую крепость духа в годину тяжкой опасности".

4 сентября 1943 года митрополит Алексий участвовал в беседе трех виднейших иерархов Русской Церкви с Председателем Совмина СССР; а 12 сентября 1943 года состоялось избрание Патриарха. После кончины Патриарха Сергия, митрополит Алексий по завещанию Первосвятителя и с согласия Святейшего Синода взял на себя обязанности Местоблюстителя Патриаршего Престола.

2 февраля 1945 года Поместный Собор избрал митрополита Московского Алексия Патриархом Московским и всея Руси. Первосвятительское служение великого старца продолжалось 25 лет. Господь даровал ему редкое долголетие.

Перед отпеванием блаженнопочившего Патриарха, митрополит Крутицкий и Коломенский Пимен произнес надгробное слово. Он сказал: "…Шествие Святейшего Патриарха Алексия в потусторонний мир начинается с тех мест на земле, которые он очень любил и о которых проявлял любвеобильную заботу. Это обитель преподобного Сергия Радонежского, в которой прошла юность Святейшего Патриарха, его годы учения в духовной академии, время монашества и монашеского искуса, а затем и настоятельство, так как во время Патриаршества Святейший Патриарх Алексий являлся одновременно и священноархимандритом Троице–Сергиевой Лавры… Имя Святейшего Патриарха известно как имя усердного делателя непрестанной молитвы… Он с благоговением и слезами на глазах стоял перед ракой преподобного Сергия, вознося горячие молитвы о Русской Православной Церкви и ее чадах…"

После блаженной кончины Патриарха Алексия I Местоблюстителем Патриаршего Престола стал в соответствии с "Положением об управлении Русской Православной Церковью" старейший по хиротонии из постоянных членов Синода митрополит Крутицкий и Коломенский Пимен. 25 июня 1970 года Синод вынес постановление о созыве Поместного Собора. Была образована Комиссия по подготовке Собора из 22 деятелей: постоянных членов Синода, видных архипастырей и богословов во главе с Местоблюстителем. Комиссия разработала нормы представительства клириков и мирян на Соборе, утвердила процедуру соборных деяний и подготовила необходимые материалы к Собору.

На приходских и епархиальных собраниях обсуждались важнейшие вопросы церковной жизни, высказывались суждения о кандидате на Патриарший Престол; народ единодушно высказался за митрополита Пимена.

В канун Собора 26 мая 1971 года в Успенском храме Новодевичьего монастыря состоялось Архиерейское Совещание. Предстояло утверлить Постановление Архиерейского Собора 1961 года с внесением изменений в "Положение об управлении Собора Русской Православной Церковью" на Поместном Соборе. С критикой этого постановления выступил архиепископ Брюссельский Василий. Он сказал: "Одобрить их я по совести… не могу. Прежде всего, они нарушают церковные каноны, а именно 38–е и 41–е Апостольские правила, согласно которым "Епископ да имеет попечение о всех церковных вещах" (правило 38) и "Предписываем епископу иметь власть над церковными вещами. И если ему следует вручать ценные человеческие души, то тем более ему можно управлять деньгами…" (41 правило). А между тем, по постановлениям 1961 года епископ совершенно отделен от всякого контроля над материально–хозяйственной стороной жизни приходов, также отстранены и настоятели приходов, представители и доверенные лица епископов… Говоря это, я отнюдь не предлагаю вернуться к порядкам 1945 года… Там был перегиб в смысле предоставления слишком большой власти настоятелям и умаления участия мирян в управлении материальной стороной приходской жизни. Это имело результатом злоупотребления. Но в 1961 году произошел перегиб в противоположную сторону: настоятели были совершенно отстранены, и все было передано мирянам. Нужно сейчас выработать нечто среднее. Устранить оба перегиба, так, чтобы права мирян в хозяйственной жизни приходов были бы сохранены, а надзор епископов и настоятелей над всеми сторонами жизни приходов, духовной и материальной, восстановлен. Чтобы настоятели опять стали возглавителями приходов, а не наемниками".

Как вспоминает архиепископ Василий, в кулуарных беседах согласие с его позицией выразили архиепископ Иркутский Вениамин (Новицкий), митрополит Алма–Атинский Иосиф (Чернов), архиепископ Уфимский Иов (Кресович). С речами на Совещании выступили митрополиты Пимен и Никодим. В своих выступлениях среди прочего они коснулись и вопроса об изменениях в "Положении об управлении Русской Православной Церковью", которые были внесены Архиерейским Собором 1961 года.

Митрополит Пимен сказал: "От множества клириков нашей Церкви мы также получили аргументированные высказывания в поддержку решений Архиерейского Собора 1961 года… Не скрою, есть, правда, единичные высказывания, которые нас возвращают к положению, существовавшему в приходах до 1961 года. Но для этого нет никаких оснований, ибо принятие подобных решений противоречит государственному законодательству и не будет служить на пользу Святой Церкви".