Человек необычайной физической силы, архимандрит Иларион; после вторичного пребывания на Соловках занемог, здоровье его было подорвано; в 1929 году Coловецкий лагерь заменили ему ссылкой в Алма–Ату. На этапе, в который исповедник отправлен был во вшивом рубище, он заразился сыпным тифом. Архимандрит Иларион скончался 15 декабря 1929 году в ленинградской тюремной больнице. Отпевал его митрополит Ленинградский Серафим (Чичагов). Погребение было совершено на кладбище Новодевичьего монастыря.
Грубые нарушения законности по отношению к верующим в нашей стране вызвали тревогу в зарубежных религиозных кругах и у общественности Запада. Папа Пий XI обратился с призывом к молиться за гонимую Русскую Церковь. В Великобритании архиепископ Кентерберийский организовал моление о страждущей Русской Церкви. Притеснения верующих наносили удар по престижу Советского государства. 15 февраля 1930 года было организовано интервью для газет "Известия" и "Беднота" у Митрополита Сергия и членов Синода митрополита Тверского Серафима, архиепископа Алексия (Симанского), архиепископа Филиппа (Гумилевекого) и епископа Питирима (Крылова). Целью интервью было дезавуировать развернувшуюся за рубежом кампанию дискредитации Советского правительства, обвинявшегося в религиозных гонениях. За этой зарубежной кампанией стояла искренняя озабоченность одних, политические расчеты других. Принести пользу Русской Церкви, действительно защитить ее шумная антисоветская кампания не могла. Поэтому митрополит Сергий и члены Синода нашли полезным для Церкви заявить: "Мы считаем излишним и ненужным это выступление папы Римского, в котором мы, православные, совершенно не нуждаемся. Мы сами можем защитить нашу Православную Церковь". По поводу выступления архиепископа Кентерберийского было сказано, что оно "пахнет подталкиванием паствы на новую интервенцию, от которой так много пострадала Россия".
Через три дня Заместитель Местоблюстителя митрополит Сергий дал интервью иностранным корреспондентам, в котором, не желая драматизировать ситуацию, сообщил, что Русская Церковь имеет около 30.000 приходов и 163 епископа, занимающих свои кафедры. Закрытие церквей в этом интервью объяснялось распространением атеизма. Митрополит Сергий не отрицал факты нарушения законности по отношению к верующим, но отрицал квалификацию их как гонений.
По словам митрополита Евлогия, главным побуждением для митрополита Сергия дать такое интервью служила забота о сохранении Русской Церкви. "Что было бы, — пишет он, — если бы Русская Церковь осталась без епископов, священников, без Таинств, — этого и не представить… Во всяком случае не нам, сидящим в безопасности, за пределами досягаемости, судить митрополита Сергия".
На другой день после встречи с иностранными журналистами Заместитель Местоблюстителя обратился к Советскому правительству с посланием, в котором протестовал против необоснованного закрытия церквей, арестов и ссылок священнослужителей, против причисления духовенства к нетрудовым элементам, против отказа детям духовных лиц в приеме в вузы. Митрополит Сергий ходатайствовал перед гражданской властью о возобновлении церковно–издательской деятельности, о восстановлении духовных школ.
"И ходатайство это возымело известный успех. В 1931 году волна массового закрытия церквей стихла. Заместитель Местоблюстителя получил разрешение на издание официального органа — "Журнала Московской Патриархии". Журнал выходил с 1931 по 1935 год, за пять лет было выпущено 24 номера. Помимо официальных документов, в нем помещались богословские статьи, в основном самого митрополита Сергия. В первом номере напечатана принципиально важная статья "О полномочиях Патриаршего Местоблюстителя и его Заместителя". "Ввиду отсутствия коллегиальных органов Высшего Церковного Управления, Патриарх Тихон, — пишет митрополит Сергий в этой статье, — имел единственную возможность сохранить преемственность церковной власти личным распоряжением указать лицо, которое бы по смерти Патриарха восприняло всю полноту Патриаршей власти для передачи будущему Патриарху. На это Патриарх имел поручение от Поместного Собора. Митрополит Петр, взявший на себя по завещанию Патриарха бразды высшей церковной власти, передал ее своим распоряжением от 6 декабря 1925 года своему Заместителю, причем без всяких ограничений. Оговорки об ограничении прав Заместителя нет в этом документе, да и по существу дела ее не могло быть… Какой был бы смысл нагромождать лишнюю инстанцию — Заместителя, если бы последний не мог ничего делать больше предоставленного каждому епархиальному архиерею… Различие между Местоблюстителем и его Заместителем не в объеме Патриаршей власти, а только в том, что Заместитель является как бы спутником Местоблюстителя: сохраняет свои полномочия до тех пор, пока Местоблюститель остается в своей должности… Само собою понятно, что с возвращением Местоблюстителя к управлению Заместитель перестает управлять. За распоряжения своего Заместителя Местоблюститель ни в какой мере не может быть ответственным, и поэтому нельзя ожидать или требовать, чтобы Местоблюститель вмешивался в управление и своими распоряжениями исправлял ошибки Заместителя. Такое вмешательство повело бы только еще большему расстройству церковных дел и к анархии, как и всякое двоевластие. Как самостоятельный правитель, Заместитель сам и отвечает за свое правление перед Поместным Собором. Конечно, порядок вещей, когда Церковь управляется Заместителем, нельзя признать нормальным. Такой порядок может быть терпим лишь в качестве меры временной и переходной… Наш архипастырский долг думать о скорейшем созвании Поместного Собора".
Статья митрополита Сергия была ответом на полемические выпада против него со стороны григорьевцев и "непоминающих", которые критикуя его за самоуправство, умалчивали об очевидной для них невозможности вполне правомерного устройства высшего управления через созыв Собора.
Ревнуя о церковной дисциплине, противодействуя анархическому разложению, Синод еще 16 апреля 1929 года вынес постановление, в котором митрополит Иосиф (Петровых), епископ Димитрий (Любимов) и епископ Алексий (Буй), как запрещенные в священнослужении, приравнивались к обновленцам и григорианам.
Часть архиереев, находившихся на покое, не присоединяясь к митрополиту Иосифу, заявившему о своем отделении от митрополита Сергия, продолжала воздерживаться от поминовения имени Заместителя Местоблюстителя за богослужениями, которые они совершали архиерейским чином в монастырских и приходских храмах, в своих домовых церквях. Самыми видными в этой группе иерархов были митрополит Кирилл (Смирнов) и настоятель Даниловского монастыря бывший ректор Московской духовной академии архиепископ Феодор (Поздеевский).
Свою позицию митрополит Кирилл изложил в письме викарию Казанской епархии епископу Афанасию (Малинину), которое он направил из-под Туруханска с тем, чтобы с содержанием его был ознакомлен и митрополит Сергий. Митрополит Кирилл писал: "Никакой Заместитель по своим правам не может равняться с тем, кого он замещает… Заместитель назначается для управления текущими делами…, коренное же изменение самой системы церковного управления, на что отважился митрополит Сергий, превышает компетенцию и самого Местоблюстителя". Коренной реформой митрополит Кирилл называет учреждение "коллегиального церковного управления в виде Временного Патриаршего Синода".
"…До тех пор, — продолжает он, — пока митрополит Сергий не уничтожит учрежденного им Синода, ни одно из его административно–церковных распоряжений, издаваемых с участием так называемого Патриаршего Синода, я не могу признавать для себя обязательным к исполнению… Литургисать с митрополитом Сергием и единомышленными ему архипастырями я не стану, но в случае смертной опасности со спокойной совестью приму елеосвящение и последнее напутствие от священника Сергиева поставления".
18 сентября 1929 года митрополит Сергий обратился с первым письмом к митрополиту Кириллу, в котором, возражая против его доводов о неправомерности уравнивания прав Заместителя Местоблюстителя с правами Местоблюстителя, писал: "С титулом "Заместителя" произошло у нас то же, что и с титулом "Патриаршего Местоблюстителя". В завещании Святейшего Патриарха говорится только о переходе Патриарших прав и обязанностей, и уже сам владыка митрополит Петр решил именоваться Патриаршим Местоблюстителем, по букве же завещания его титул должен бы быть "Исполняющий обязанности Патриаршего Местоблюстителя", и уже потом за мной установился титул "Заместитель"… Несообразно и мои полномочия определять, играя на ходячем смысле слова "Заместитель". Отстаивая законность учреждения Временного Патриаршего Синода, который митрополит Кирилл сравнивал с самочинным григорианским Временным Высшим Церковным Советом, митрополит Сергий разъяснял, что Временный Высший Церковный Совет был образован "взамен единоличного заместительства", а… "Синод утвержден при Первоиерархе, причем в 1927 году я нарочито оговорил, что наш Синод не имеет полномочий на управление без меня".
