Поместный Собор обратился с посланием к архипастырям, пастырям и верным чадам Русской Православной Церкви, в котором, наряду с радостными явлениями в церковной жизни, обратил внимание и на омрачающие ее недуги: нарушения богослужебного устава, вступление христиан в гражданский брак без церковного благословения, нехранение постов, причем не только мирянами, но и клириками, пренебрежение освященным традицией говением перед причастием, падение церковной дисциплины.
В обращении к христианам всего мира Поместный Собор призвал к единству в достижении победы над фашизмом. Война еще продолжается, но "исход войны уже решен, и никто и ничто изменить его не может". Всем стало ясно, "чьи молитвы, подобно Авелевой жертве, вознеслись ко Господу, и чьи кощунственные призывы стелются по земле, как дым от костра братоубийцы Каина…" "Православная Русская Церковь, Церковь великой страны, принявшей основной удар кровавого фашизма и в схватке с ним нанесшей ему смертельную рану… обращается к вам, братья христиане, чтобы вместе с нами напрягли свои усилия к завершению священной борьбы". В заключении "Послания" говорится: "Поместный Собор шлет благословение трудящимся всего мира и вождям народов, которые пекутся о благосостоянии и улучшении жизни меньших братьев", — в такой форме Собор выразил свою озабоченность социальными проблемами.
Интронизация Патриарха состоялась 4 февраля 1945 года в кафедральном соборе Москвы. Митрополит Киевский Иоанн, вручая Патриарху куколь, произнес слово: "Быть кормчим Русской Церкви в переживаемое нами время, в период великих мировых событий — это подвиг исключительного значения. На твои рамена возлагается величайшее бремя. Дай Бог, чтобы дух Святейшего Сергия, витающий в этом святом храме, почил на тебе обильно и помогал бы тебе быть истинным хранителем апостольских преданий и вести неуклонно корабль нашей Церкви по избранному почившим пути во славу Божию и во благо нашей дорогой Родины".
Вручая Патриарху жезл, митрополит Крутицкий Николай тоже напомнил о преемственности Первосвятительского служения: "Русский верующий народ видит на тебе сияние света незабвенного старца Патриарха Сергия, благословившего тебя замещать его после кончины до избрания нового Патриарха: ведь ты в течение 18 лет разделял с ним бремя высшего управления Церковью, как любящий и любимый им, его старший по хиротонии в ряду других епископов сын. И мы верим, что Святейший Патриарх Сергий и ныне незримо благословляет тебя на твой высокий, ответственный путь служения Церкви".
На Божественной литургии, во время запричастного стиха, было оглашено первое послание Патриарха к чадам Русской Церкви: "Что есть Патриарх для паствы своей и какое бремя на него возлагается? — Патриарх есть живой и одушевленный образ Христа, делом и словом в себе самом наглядно выражающий Истину. Задачею его является сохранение в благочестии и святости тех, кого он принял от Бога. Цель его — спасать вверенные ему души. Подвиг его — жить во Христе и для мира быть распятым. Долг Патриарха — хранить неизменность и неприкосновенность церковного учения, священных канонов и преданий церковных; охранять вверенную ему поместную Церковь от разделений и расколов; насаждать доброе житие в своей пастве; иных "страхом спасать", иных, по Апостолу, "обличать", "запрещать", "да всяко некий спасутся". Архипастырей Патриарх призвал быть истинными молитвенниками. "Если архипастыри имеют долг наблюдать за тем, чтобы порученные их попечению пастыри делали свое пастырское дело не как наемники, не радеющие о стаде, а как истинные пастыри, "готовые душу свою положить за овцы своя…", то и пастыри… молитвенным настроением, неленостным исполнением своего долга, исканием "не гнусной корысти" (1 Пет. 5, 2–3), а спасения своих пасомых, должны подавать верующим добрый пример служения Христу и Его Церкви". Обращаясь к мирянам, Первосвятитель призвал их словами Апостола "поступать достойно звания, в которое вы призваны" (Еф. 4, 1)… "Вы — утешение наше,… если жизнь свою направляете по пути христианскому, если честно и совестливо несете свои обязанности — семейные, общественные, гражданские".
10 апреля 1945 года состоялась встреча Патриарха Алексия, которого сопровождали митрополит Николай и протопресвитер Н. Ф. Колчицкий, с главой Правительства И. В. Сталиным. На встрече обсуждались вопросы, связанные с патриотической деятельностью Церкви на завершающем этапе Великой Отечественной войны, расширением сети духовно–учебных заведений и церковно–издательской деятельностью.
9 мая, получив первое известие о капитуляции Германии, Патриарх Алексий обратился к пастве со словами радости о победе русского оружия: "Мы уверенно и терпеливо ждали этого радостного дня Господня, дня, в который изрек Господь праведный суд Свой над злейшими врагами человечества, и православная Русь после беспримерных бранных подвигов… ныне предстоит Господу сил в молитве, благодарно взывая к самому источнику побед и мира за Его небесную помощь в годину брани, за радость победы и за дарование мира всему миру".
Победа в Великой Отечественной войне, освобождение порабощенных народов Балкан от немецкой оккупации открывала возможность для упрочения братских сношений с Сербской, Румынской, Болгарской и Греческой Церквами. Благодаря посредничеству Патриарха Алексия пало средостение, разделявшее Болгарскую Церковь и Константинопольскую Патриархию. 21 февраля 1945 года Вселенский Патриарх Вениамин вместе с Синодом рассмотрел просьбу новоизбранного главы Болгарской Церкви — митрополита Софийского Стефана о снятии отлучения с болгарского клира и народа и признании болгарской автокефалии и уважил эту просьбу. С этих пор возобновилось каноническое общение Болгарской Церкви со Вселенским Православием.
В апреле 1945 года в Болгарию отправилась делегация Русской Церкви во главе с архиепископом Псковским Григорием; визит содействовал укреплению братских уз между единоверными и единокровными славянскими народами.
Одновременно в Югославию отправлена была другая церковная делегация во главе с епископом Кировоградским Сергием (Лариным). Во время пребывания в Югославии епископа Сергия с Патриаршей Церковью воссоединилась большая группа русских священников–эмигрантов, находившихся ранее в юрисдикции Карловацкого Синода.
Встреча епископа Сергия с сербскими иерархами проложила путь к передаче Мукачевско–Пряшевской епархии (без Пряшева) Русской Православной Церкви. Это событие состоялось 22 октября 1945 года. Оно было обусловлено как историей Закарпатья, которое в древности входило в состав Киевской Руси, так и тем обстоятельством, что по договору с Чехословакией, освобожденной Советской Армией, Карпатская Русь была возвращена нашему государству. На Мукачевскую кафедру был поставлен епископ Уманский Нестор (Сидорук).
Вскоре после окончания Великой Отечественной войны в октябре 1945 года в Чехословакию для восстановления там православных приходов был командирован архиепископ Орловский Фотий (Тапиро). Начались переговоры между Сербской и Московской Патриархией о передаче Чешской епархии в юрисдикцию Русской Церкви. В марте 1946 года Архиерейский Собор Сербской Церкви дал согласие на то, чтобы Московская Патриархия направила в Прагу епископа для возглавления Чешской епархии.
5 апреля 1946 года в Пряшеве состоялся Собор представителей униатского духовенства и мирян, на котором решено было воссоединиться с Православной Церковью. После этого Экзархат Русской Православной Церкви в Чехословакии имел уже 4 епархии. Осенью 1951 года в Праге состоялся церковный Собор под председательством Экзарха митрополита Елевферия, на котором было решено ходатайствовать перед Патриархией о даровании Чехословацкой Церкви автокефалии. Ходатайство было удовлетворено. Первоиерархом новой Поместной Церкви стал митрополит Елевферий (Воронцов).
В июне 1948 года в Москву прибыла делегация Польской Православной Церкви во главе с архиепископом Белостокским и Вельским Тимофеем (Шретером). Делегация просила Патриарха Алексия принять Польскую Церковь в молитвенно–каноническое общение, которое прекратилось четверть века назад из-за самочинного отделения епископов Польши от Матери–Церкви. 22 июня Священный Синод издал акт, по которому Польская Церковь принималась в общение и одновременно ей была дарована автокефалия. Митрополит Варшавский Дионисий (Валединский), восстановив общение с Московской Патриархией, ушел на покой. Первым главой автокефальной Польской Православной Церкви стал митрополит Макарий (Оксиюк).
