В 1934 году, по предложению митрополита Алексия, Заместитель Место блюстителя определением Патриаршего Синода был удостоен титула "Блаженнейшего митрополита Московского и Коломенского".
Тяжкие скорби выпали на долю Главы Русской Церкви в страшные 30–е годы, когда православные пастыри разделили судьбу своего народа и подвергались жестоким преследованиям: в 1937 году был арестован и вскоре расстрелян келейник митрополита Сергия Афанасий, тогда же погибла и его сестра. Надежда оставалась только на Бога.
Когда до митрополита Сергия дошла весть о начале войны, он, помолившись, сказал находившимся возле него: "Господь милостив, и покров Пресвятой Девы Богородицы, всегдашней Заступницы Русской земли, поможет нашему народу перенесть годину тяжелых испытаний и победоносно завершить войну нашей победой".
Проживая в Ульяновске и получая там вести из Москвы от митрополита Алексия, он говорил: "Вот нам-то хорошо здесь и покойно, а вот им-то там каково, находясь в руках у смерти". Келейник Патриарха архимандрит Иоанн (Разумов) так вспоминал о его жизни в Ульяновске: "Владыко взял себе за правило вставать в 5 часов утра, вычитывать положенное иноческое правило, посещать все церковные богослужения и ежедневно читать Святую Библию на трех языках. Это занятие Святейший называл "Библейский урок"… В 9 часов легкий завтрак, после которого начинался прием посетителей… до обеда; в 3 часа скромный обед, после которого… небольшой отдых; немного отдохнув, Святейший внимательно разбирал почту. На письма он отвечал сам, ни одного письма не оставив без ответа. Покончив с корреспонденцией, Святейший принимался за газеты. Он всегда был в курсе всех политических событий. Затем приступал к вечернему правилу, каждый день вычитывал дневные службы по Октоиху и Минеям, если сам лично не служил всенощного бдения в храме. Углубившись в молитву, Святейший часто забывал об ужине и, утомленный молитвенным подвигом, спокойно ложился спать, чтобы подкрепить силы. Каждую ночь вставал в 3 часа и вычитывал "12 избранных псалмов" с поклонами. Так строго день за днем проходила светлая жизнь Ангела Русской Церкви".
После своей интронизации на Престол Московских Первосвятителей Патриарх Сергий произнес слово, в котором подчеркнул особую важность своего нового служения: "В моем положении по внешности как будто ничего не изменилось с получением Патриаршего сана. Фактически я уже в течение 17 лет несу обязанности Патриарха. Это так кажется только по внешности, а на самом деле это далеко не так. В звании Патриаршего Местоблюстителя я чувствовал себя временным и не так сильно опасался за возможные ошибки. Будет, думал я, избран Патриарх, он и исправит допущенные ошибки. Теперь же, когда я облечен высоким званием Патриарха, уже нельзя говорить о том, что кто-то другой исправит ошибки и сделает недоделанное, а нужно самому поступать безошибочно, по Божией правде, и вести людей к вечному спасению…"
Почитатель Патриарха Сергия В. Н. Лосский писал о нем после его кончины: "До конца времен Церковь сохранит память великого святителя, наряду с другими именами, которые знает каждый христианин. Когда умер Василий Великий, его друг и сотрудник святитель Григорий Богослов мог сказать: "Все было велико в тебе, великий Василий, одно лишь было мало: всего только 8 лет ты был епископом Кесарии". То же можно сказать о почившем возглавителе Русской Церкви. Все было велико в жизни великого Сергия, который всего лишь несколько последних месяцев своего епископского служения носил сан Патриарха Московского и всея Руси. Но как Патриарший Местоблюститель он почти 18 лет управлял Русской Церковью. Старый мир, мир византийских традиций, восходивших к Константину Великому, тот мир, который казался многим миром самого христианства, внезапно распался до основания, и на его месте возникал новый мир, вне христианства, но не вне Божией воли, определяющей исторические судьбы. Чтобы руководить церковной жизнью в столь исключительных условиях, в Москве — столице нового государства, в центре строящегося нового мира, надо было обладать непоколебимой верой в богоустановленность Церкви".
"Путь святителя Сергия на протяжении почти 20–летнего управления им Русской Церковью был неизмеримо труден, — писал через два года после кончины Патриарха М. Каллаш, — но он все трудности преодолел, вынес все испытания. В его личности сочеталось богатство самых разнообразных дарований, обычно взаимно исключающих друг друга, и таких же душевных качеств. Он был и отвлеченный мыслитель–богослов, духом устремленный к вечности Царствия Божия, и большой ученый с широкой и разнообразной эрудицией, с редкостным пониманием поворотных моментов человеческой истории. При пленительной доброте и мягкости души обладал он несокрушимой волей. Он не испытывал растерянности там, где многие и многие видели ужас последнего крушения. И потому оказался он на высоте в труднейшей роли не только руководителя, но и воссоздателя Русской Церкви…"
В день кончины Патриарха Сергия было вскрыто его завещание, составленное в начале Великой Отечественной войны. В согласии с волей почившего Первосвятителя Священный Синод утвердил Местоблюсти телем Патриаршего Престола митрополита Ленинградского Алексия.
20 мая Местоблюститель направил письмо Председателю Совнаркома. "Нашу Православную Церковь, — говорится в этом письме, — постигло тяжелое испытание: скончался Патриарх Сергий, 18 лет управляющий Русской Церковью. Вам хорошо известно, с какой мудростью он нес это трудное послушание; Вам известна и его любовь к Родине, его патриотизм… С его кончиной Церковь наша осиротела. По завещанию почившего Патриарха мне судил Бог принять на себя должность Патриаршего Местоблюстителя… В предстоящей мне деятельности я буду неизменно и неуклонно руководиться теми принципами, которыми отмечена была церковная деятельность почившего Патриарха: следование канонам и установлениям церковным, с одной стороны, и неизменная верность Родине и возглавляемому Вами Правительству нашему — с другой".
Продолжалась Великая Отечественная война, и в своем первом послании к пастве новый глава Церкви призвал верующих усилить молитвы о победе: "Мы переживаем время, когда Господь дарует нам утешение видеть близость победы нашего оружия над врагом. Усилим, братие, нашу молитву о небесной помощи нашему воинству; усилим нашу, хотя малую, как капля в море, но если она дается от искреннего сердца, — действенную помощь на нужды военные".
В послании, с которым митрополит Алексий обратился к Церкви 22 июня 1944 года, он писал: "Три года тому назад разбойничий натиск немецкого племени на наши священные пределы открыл новую эпоху славы нашего доблестного воинства и нашего исстари победоносного оружия…" В конце послания говорится: "Мы же по–прежнему будем молиться, да падет пред силой нашего воинства "тысяща и тьма" сопротивных, и да сокрушится неправда, дерзнувшая посягнуть на свободу и честь нашей Родины. Пусть наших доблестных и победоносных вождей и воинов, освобождающих нашу русскую землю, осеняет в их победном шествии на Запад, на полное разрушение лукавых козней врага, на разгром фашизма эта молитва и это благословение Церкви". "Господь крепость людям Своим даст и во время, Им представленное, благословит люди Своя победою и миром. Аминь". По призыву Местоблюстителя в епархиях и приходах Русской Церкви начат был сбор пожертвований в фонд помощи детям и семьям воинов.
После кончины Патриарха Сергия внутренняя жизнь Русской Церкви нуждалась в дальнейшем устроении. Первостепенной по важности заботой Священноначалия было замещение вдовствующих кафедр, в особенности в освобожденных областях Украины, Белоруссии и Прибалтики. За время местоблюстительства митрополитом Алексием было совершено 16 архиерейских хиротоний. В 1944 году во епископа Симферопольского был рукоположен бывший архимандрит Александро–Невской Лавры Иоасаф (Журманов), на Брестскую кафедру был назначен воронежский протоиерей Алексей Павлович Образцов с пострижением его в монашество и наречением имени Паисий. На кафедру епископов Владимирских был назначен священник Н. Сфестинатов, в постриге нареченный Онисимом. На Смоленскую кафедру Священноначалие поставило вдового протоиерея А. В. Смирнова, постриженного с именем Сергия.
