Вечером 6/1/1868 Кэйки узнал об измене Суо и решил, оставив Осака, направиться на восток. Было неясно, то ли он готовится к капитуляции, то ли пытается перегруппировать свои силы в Эдо и перейти к обороне. Заявления и действия Кэйки были крайне противоречивыми, из-за чего его союзники чувствовали себя деморализованными, враги встревоженными, а историки до сих пор испытывают замешательство. Но исход сражений на линии Фусими — Тоба был однозначным: силы сеіуната отдали западную часть страны союзу дайме юго-западных княжеств. Война была еще далеко не окончена, но инициатива находилась на стороне повстанцев, выступающих от имени императорского двора.

Сайго с головой окунулся в наэлектризованную атмосферу сражения. Как верховный командующий, он не должен был появляться на линии фронта, но не мог устоять перед соблазном.

3/1 он написал Окубо: «Сегодня, получив новость о начавшемся сражении; я не смог усидеть на месте и отправился в Фусими, хотя понимал, что этот опрометчивый поступок может вызвать неудовольствие нашего господина». Тадаёси и в самом деле упрекнул Сайго за его неосторожность, но вечером 5/1 Сайго еще раз украдкой пробрался на фронт, где он сражался рядом со своими родственниками, испытывая гордость за их отвагу. Его двоюродный брат Ояма Ивао, будущий командующий армией и военный министр, получил пулевое ранение в ухо, но продолжил сражаться, не останавливаясь ни на секунду. Младший брат Сайго, Цугумити, получил длинную рану от уха до шеи, но, как с гордостью заявил Сайго, выразил готовность при необходимости вернуться в ряды бойцов. Сайго также был обрадован признаками народной поддержки. Когда войска Сацума прбходили через населенные пункты, простолюдины высыпали на улицы, складывали перед собой ладони, кланялись и распевали: «Спасибо, спасибо, спасибо». Я никогда не осознавал, писал Сайго, как сильно население ненавидит сёгунат. Сайго был достаточно разумным человеком, чтобы понимать, что здесь также действуют факторы, далекие от политики. Простолюдины, заметил он, могли радоваться окончанию боевых действий и сопутствующему падению цены на рис, а не прибытию императорской армии. И все же он был рад видеть, как простолюдины выходят на улицы, встречая его солдат с едой и напитками.

Поражение сёгуната было личным триумфом для Сайго, но в то же время он вызывал у него глубоко противоречивые эмоции. Сайго гордился одержанной им военной победой и мужеством своих людей, но его тревожили чувства сожаления, собственного несовершенства и смертности. Он был глубоко опечален тем, что ему запрещалось принимать личное участие в сражениях, и воспринимал это как признак слабости. В первый день 1868 года Сайго, по традиционному японскому счету, исполнилось сорок, и, судя по всему, это обстоятельство заставило его задуматься о собственном возрасте. Он поделился своими чувствами с Кавагути Сэппо, его товарищем по Окиноэрабусима, который теперь заботился о семье Сайго в Кагосима:

«Я сожалею о том, что присоединился к рядам людей пожилого возраста, и поэтому больше не смогу сражаться, а всегда буду зависеть от других. Я утке решил подать в отставку и удалиться на покой, как только боевые действия закончатся. Говоря по правде, я больше не могу служить, как мужчина, из-за чего чувствую себя робким и неуверенным. Это просто невыносимо».

Сайго метался между бравадой и сентиментальностью. Он посылал своих младших родственников в битву, угрожая отказаться от них, если они будут сражаться недостаточно отважно и вернутся домой без единого ранения. Но он чувствовал себя униженным из-за того, что сам не может ввязаться в драку. Затем он признался Кавагути: «Я рад тому, что они сражались хорошо и были ранены, так что теперь я вряд ли отрекусь от них, а скорее буду ценить как самое драгоценное имущество». Когда сражения затихли, мысли Сайго вернулись к его маленькому сыну, Торатаро, находившемуся в Кагосима. Торатаро заболел, и в необычайно личном для себя отрывке Сайго просит Кавагути не позволять ребенку есть слишком много, пока он полностью не поправится. В момент несравненного военного триумфа Сайго переживал из-за своей физической слабости и терзал себя мыслями о маленьком сыне, оставшемся в сотнях милях от него.

Пройдет более года, прежде чем Сайго полностью осознает, в чем заключаются корни его чувства отчуждения, ну а пока его беспокоило гнетущее ощущение недостатка целеустремленности. После попытки самоубийства в 1862 году Сайго обрел волю к жизни в своем чувстве долга. Небеса не дали ему утонуть в заливе Кагосима, потому что он еще не завершил свои дела на земле. Долг Сайго перед Нариакира, его единственным подлинным господином, очевидно, включал в себя и свержение сёгуната. Но теперь, когда сёгунат был разрушен, Сайго начал задумываться над тем, не завершена ли его миссия. Следует ли ему уйти в отставку, или же основание нового, императорского государства тоже относится к его долгу? Борьба с сёгунатом поглощала всю энергию Сайго, но после того, как армия сёгуна отступила, он получил возможность задуматься над тем, что теперь от него требует лояльность к Нариакира. Это был особенно болезненный вопрос, поскольку идея Нариакира о будущем политическом устройстве Японии, центральную часть в котором занимал совет кобу готтай, ныне была развеяна. Кроме того, что совет даймё не сумел бросить вызов сёгунату, такие консерваторы, как Мацудайра Сунгаку и Ямаути Ёдо, использовали примирительный язык кобу готтай для защиты Кэйки. Сайго начал смуто ощущать, что создание нового императорского государства может потребовать полного отказа от традиционных принципов государственного устройства, таких, как независимость даймё. Другими словами, дух представления Нариакира находился в полном противоречии с элементами его политической программы. Это был конфликт, который Сайго никогда не смог полностью признать, а тем более с ним смириться. Это невысказанное и неразрешенное напряжение переросло в скрытый кризис как самого Сайго, так и всего государства Мэйдзи: одйн из основателей современного японского государства испытывал глубоко противоречивые чувства в отношении собственного создания.

Двойственное отношение Сайго к нарождающемуся государству Мэйдзи проявилось в первые месяцы 1868 года, когда он открыто пожаловался на императорскую армию. Новому государству требовалось новое военное Командование для эффективных действий против сёгуната. Хотя императорская армия представляла собой лишь произвольную смесь из армий различных княжеств, 2/1868 правительство создало четыре крупных воинских подразделения: Токайдо, Тосандо, Санъиндо и Хокурикудо, — каждое из которых было названо в честь основных дорог страны. Руководство этими четырьмя дивизиями осуществляло новое верховное командование — Высшее командование восточных экспедиционных войсками (Тосэй дайсётокуфу). Номинальным главнокомандующим был назначен принц Арисугаваномия, и двумя старшими офицерами штаба стали придворные аристократы. Таким образом, была осуществлена связь вооруженных сил из отдельных княжеств с императорским двором, единственным общенациональным институтом во все еще не сформированном национальном государстве. Сайго был одним из двух младших офицеров штаба, самым высокопоставленным самураем в армии. Однако Сайго скоро начал жаловаться на то, что его загрузили престижной, но ненавистной ему канцелярской работой. Штабные совещания вызывали у него невыносимую скуку, и он тосковал по настоящему командованию. 5/3/1868 он отправился с мольбой о помощи к своему товарищу Ёсии Томодзанэ, самураю из Сацума, упрашивая заменить его на штабной работе. В его письме содержалась мрачная шутка: Сайго просил освободить его от высокой должности, чтобы «я мог погибнуть в бою и подождать тебя [Ёсии] в аду».

Несмотря на свои горькие протесты, Сайго остался на службе и наблюдал за наступлением императорской армии на восток. Ее подразделения почти не встретили никакого сопротивления на всем участке продвижения от Осака до Одавара, призамкового города, расположенного примерно в пятидесяти милях к юго-западу от Эдо. После этого армия отступила к Сунну (современный Сидзуока), основала командный центр и начала готовиться к атаке Эдо. 6/3 члены высшего командования восточных экспедиционных войск собрались в Сунпу, чтобы обсудить возможные условия капитуляции. Они решили потребовать казни высокопоставленных должностных лиц режима Токугава, а также сдачи всех. замков, боевых кораблей и военного имущества. Если их требования не будут удовлетворены, то они атакуют Эдо 15/3. Сайго поддержал эти жесткие условия. Ничего, кроме смерти Кэйки, не могло остудить его гнев, а он чувствовал, что некоторые придворные склоняются к прощению. Согласие на мирную отставку Кэйки, писал он Окубо, стало бы типичным проявлением опасной нерешительности двора.