Формула кобу гаттай потерпела неудачу и из-за проблем внутри императорского двора. В теории уважение к императорскому двору должно было объединить конкурирующих даймё. Но двор был совершенно не готов к принятию непростых политических решений 1860-х. По условиям соглашения семнадцатого века с режимом Токугава, императорские придворные должны были заниматься сочинением стихов, каллиграфией, чайной церемонией и другой утонченной деятельностью. Императорский двор не управлял армией уже около тысячелетия. Еще в 1858 году Хасимото Санай пришел в отчаяние из-за того, насколько плохо придворные разбираются в самых злободневных политических вопросах, и даже десятилетием позже многие высокопоставленные придворные по-прежнему придерживались мнения, что можно найти простой способ изгнать «варваров» из Японии. Согласно формуле кобу гаттай, предполагалось, что воины должны поддерживать двор, но двор был анахроничным, слабым и сильно раздробленным' институтом. Некомпетентность двора стимулировала открытую и опасную борьбу за контроль над ним. К 1864 году могущественные княжества соперничали не столько за получение почестей при дворе, сколько за то, как манипулировать его решениями.
Сражение 'за императорский двор было усилено идеологией радикальных лоялистов. Все большее число самураев й простолюдинов во всей Японии верили в то, что поклонение императору поможет решить национальные политические проблемы. Центральное место в идеологии радикальных лоялистов занимала вера в то, что пребывание иностранцев в Японии приводит к осквернению «земли богов». Только изгнав из страны иностранцев, подданные императора могут доказать свою лояльность; любые компромиссы — это не только трусость, но и проявление неуважения к императору и богам. Суть убеждений радикальных лоялистов можно было выразить одним предложением: «Почитание императора (сонно) и изгнание варваров (дзёи)». Идеология сонно дзёи обладала огромной эмоциональной силой. Как и радикальный исламский фундаментализм наших дней, она позволяла излечить глубоко укоренившиеся обиды и унижения утопичными обещаниями очищения и мести. Иррациональность риторики кобу гаттай была частью ее привлекательности. Ито Хиробуми, один из самых космополитически настроенных лидеров государства Мэйдзи, вспоминая о своей юности, заметил: «Если кто-то начинал рассуждать логично о вещах [которые тогда случались], их было невозможно понять… но эмоционально казалось, что именно так все должно и быть». Сайго мог горячо симпатизировать гонителям иноземцев. В 1854 году он сам был глубоко тронут видением Фудзито Токо чистой Японии, объединенной преданностью императору и свободной от тлетворного иностранного влияния. Но к 1864-му Сайго осознал, что «изгнание варваров» — это долговременный проект. И, что более серьезно, Сайго испытывал глубокое уважение к порядку и не поддерживал призывов к насилию, исходивших от радикалов сонно дзёи. Они были, как он заметил в 1864 году, не более чем «хулиганами».
Движимые страстным чувством собственной правоты и совершенно не желая замечать реальные факты, радикалы сонно дзёи вызвали хаос и волнения в японской политике. В Мито это привело к вооруженным выступлениям, известным как восстание Тэнгу. 3/1864 толпа из недовольных самураев, синтоистских священников и простолюдинов поднялась на гору Цукубо в Мито и объявила о своем намерении совершить паломничество в Никко, где находится мавзолей Токугава Иэясу, основателя сёгуната. Они собирались почтить память дайме Мито Токугава Нариаки, который умер в I860 году, заявить о своей преданности Иэясу и императорскому дому, а затем направиться в Йокохама, чтобы изгнать из города варваров и закрыть порт. Поначалу сегунату удалось остановить кризис, но к 7/1864 мятежники завербовали сотни последователей, и конфликт вскоре перерос в гражданскую войну, захлест-нувпгую княжество Мито.
Для сёгуната восстание Тэнгу стало кризисом сразу на нескольких фронтах. Войска сёгуната были плохо обучены и слабо мотивированы, поэтому, несмотря на большое превосходство в живой силе и вооружении, их неоднократно обращали в бегство маленькие отряды бунтовщиков. Начало открытых военных столкновений продемонстрировало крайнюю хрупкость существующего политического порядка. А успех мятежников в вербовке сторонников среди самураев и простолюдинов подчеркнул жизненность дела сонно дзёи. На протяжении месяцев войска сёгуната преследовали повстанцев по всей Японии, прежде чем 12/1864 они, наконец, вынудили их сдаться.
Кроме угрозы восстания Тэнгу, сёгунат также столкнулся с терроризмом маленьких групп радикальных лоялистов. К 1864 году никто не мог чувствовать себя полностью защищенным от ярости террористов. Иностранцы были самой очевидной мишенью, и лоялисты атаковали как офицеров, так и невооруженных гражданских лиц. Радикалы сонно дзёи также обратили свой гнев против тех японцев, которых они считали недостаточно лояльными. Особое раздражение у них вызывал Мацудайра Сунгаку, даймё Фукуи. Они считали его коллаборационистом и несколько раз планировали похитить и убить его. Радикалам так и не удалось добраться до Сунгаку, но они сумели поджечь его резиденцию в Киото. Даже императорский двор не был полностью застрахован от атак террористов, поскольку — несмотря на их преклонение перед императором — лоялисты все чаще проявляли готовность атаковать императорских придворных. Например, 1/1863 Сандзё Санэай, высокопоставленный придворный вельможа, обнаружил в своем особняке в Киото отрезанные уши Икэути Дайгаку. Чтобы Сандзё правильно понял значение отрезанных ушей, убийцы приложили к ним записку, где объяснялось, что Икэути, ученый-конфуцианец, когда-то преданно служил императору, но затем стал союзником сёгуната, и поэтому он является гнусным предателем. В записке советовалось Сандзё пересмотреть свою позицию. Ивакура Томоми, старший придворный, а затем лидер государства Мэйдзи, столкнулся с похожим предостережением: он обнаружил в своей резиденции отрубленную руку.
Все эти столкновения происходили на фоне обострения соперничества между двумя самыми могущественными японскими княжествами — Сацума и Тёсю. Как и Сацума, Тёсю противостояло Токугава в 1600 году, и княжество давно имело зуб против сёгуната. Однако в отличие от Сацума княжеству недоставало сильных лидеров среди даймё. В 1860-х Тёсю, по сути, управляли две враждующие фракции — консерваторы и радикальные лоялисты. К концу 1862 года радикалы сонно дзёи захватили контроль над княжеством и начали проводить агрессивную внешнюю политику. Эти лоялисты не одобряли прагматизм Хисамицу, в котором они видели оппортунистическую защиту сёгуната. Их пылкое принятие верноподданнических идей взбудоражило наиболее радикально настроенных членов императорского двора, и к началу 1863 года самые влиятельные придворные были сторонниками Тёсю, которые призывали двор занять по отношению к иностранцам более нетерпимую и несостоятельную позицию. 14/2/1863 двор приказал в течение двух месяцев изгнать из Японии всех иностранцев. Это было абсолютно непрактичное и неразумное требование, но более спокойные голоса заглушила разрушительная комбинация из насилия террористов и величия императора. Даже сёгунат, который подписал договоры, гарантирующие безопасность всем проживающим в Японии иностранцам, отказался от своей ответственности за них и согласился на высылку.
Контроль Тёсю над императорским двором вызвал гнев у правительства Сацума. Новая политика изгнания иностранцев была полной противоположностью прагматичной позиции Хисамицу в отношении иностранной угрозы. Более того, Тёсю использовало свое новое влияние на двор с тем, чтобы исключить Сацума из императорской политики: 29/5/1863 самураям из Сацума было запрещено появляться при дворе. Такое оскорбление не могло остаться без ответа. С точки зрения Сацума, двор захватил опасный соперник, и престиж всего княжества оказался под вопросом. Хисамицу заключил вынужденный союз с Айдзу, просёгунским княжеством, расположенным на северо-востоке страны. С молчаливого согласия умеренных придворных они организовали точно рассчитанную атаку. Рано утром 18/8/1863 самураи из Айдзу и Сацума ворвались в императорский дворец и взяли под охрану ворота. Их союзники при дворе организовали экстренное совещание, которое благословило эту акцию, и в результате самураи из Са-цума стали официальными стражниками императорского дворца. Сацума сокрушило Тёсю одним ударом.
