В апреле 1202 г., не дожидаясь сбора всей армии, из Марселя в Акру отправились бургундцы и провансальцы во главе с епископом Готье Отенским и Гигом, графом де Форезом. В начале июня из Фландрии вышли корабли графа Бодуэна Фландрского с его людьми под командой Жана де Неля, шатлена (коменданта) Брюгге. Эскадра должна была присоединиться к графу Бодуэну в Венеции, но прошла прямо на Акру.

Фульк из Нейи, передавший крестоносцам большую сумму собранных им денег, умер вскоре после отправления армии в поход. В июне 1202 г. крестоносцы собрались в Венеции. Их было почти в три раза меньше, чем было заявлено послами, всего 12-13 тысяч, из них около полутора тысяч рыцарей. Однако венецианцы не понизили назначенную сумму. Крестоносцы отдали все, что собрали, и «все, что у них было» и остались должны 34 тысячи марок. Венецианцы отказались предоставить корабли до тех пор, пока они не выплатят всю сумму. Так сказалось отсутствие денежных средств королей. Крестоносцев разместили на острове Святого Николая (Лидо). Решение напасть на Египет вызвало недовольство значительной части крестоносцев, в особенности низшего сословия, считавших спасение Святой Земли единственной достойной задачей. Это недовольство разжигалось венецианцами, у которых были тесные торговые связи с Египтом. Венецианские купцы, поставлявшие на остров продовольствие по дорогой цене, все время грозили, что вообще прекратят поставки, если крестоносцы немедленно не выплатят все долги, так что к началу осени крестоносцы были готовы принять любые условия, предложенные венецианцами.

Прибывшего летом 1202 г. папского легата во Франции Петра Капуанского дож встретил неприязненно. Энрико Дандоло боялся папского влияния на поход и, когда Петр выразил желание присоединиться к походу, предложил ему отправляться в поход простым священником или возвращаться обратно. В качестве папского легата Петр отбыл в Палестину.

Некоторое количество крестоносцев во главе с Ренаром де Дампьером нашли корабль и отправились в Акру. Они не остались в Святой Земле и, возвращаясь домой, попали в засаду у занятой мусульманами Латакии и были разгромлены. Выкупленный из плена Ренар с уцелевшими спутниками присоединился к крестоносцам.

Уже несколько десятков лет продолжалась вяло текущая война за Далмацию между венецианцами и королями Венгрии. Бела III в 1186 г. овладел тамошним ключевым городом Зара (Задар) с помощью восставших жителей. Дож Энрико Дандоло предложил отсрочить выплату долга, если крестоносцы согласятся его отвоевать. Город служил убежищем морским разбойникам и причинял большой ущерб венецианской торговле, однако принадлежал христианскому королю, который готовился принять участие в крестовом походе. Папа, услышав об этом, отправил посланцев с запретом нападать на город. Но Бонифаций, который летом безрезультатно ездил к папе за дополнительными средствами, вместе с подавляющим большинством крестоносцев принял предложение Энрико. Сопротивление оппозиции было преодолено. Как только венецианцы и крестоносцы пришли к соглашению о нападении на Зару, в соборе Святого Марка состоялась праздничная церемония, на которой дож и большое количество венецианцев приняли крест.

8 ноября флот вышел в море из Венеции и через два дня, 10 ноября, прибыл к Заре. Была прорвана цепь, загораживавшая гавань, и крестоносцы высадились на берег. Жители Зары отправили посланцев к нападавшим и предъявили им папские письма, запрещавшие наносить городу вред под угрозой отлучения от церкви. Однако дож, ненавидевший жителей города за измену, сказал, что даже отлучение не остановит его. Часть западных крестоносцев отказалась принимать участие в осаде, некоторые возвратились домой. Однако большинство в предвкушении добычи присоединилось к венецианцам. 24 ноября, после ожесточенного штурма, продолжавшегося пять дней, город сдался. Он был разграблен, стены его снесены, жители по большей части изгнаны. Во время дележа добычи дело дошло до потасовки между крестоносцами и венецианцами. «И столь великая разгорелась схватка, что на каждой улице бились воины мечами, копьями, арбалетами и дротиками, и множество было убитых и раненых. Так прошла большая часть ночи, и с большим трудом бившихся все же разняли» (Жофруа де Виллардуэн).

Так как на море поднялись зимние шторма, решили перезимовать в Заре. Город был поделен пополам между венецианцами и крестоносцами. К папе отправилась миссия крестоносцев с объяснением случившегося. Папа отлучил всю армию от церкви, правда, затем снял отлучение с французов и германцев, учитывая их безвыходное положение, оставив отлученными венецианцев. При этом папа позволил крестоносцам поддерживать отношения с отлученными, чтобы первые смогли и далее использовать венецианский флот. Папа запретил в дальнейшем крестоносцам нападать на христиан. Он всеми силами хотел спасти свой крестовый поход и поступился принципами, не подвергнув крестоносцев решительному осуждению. В перспективе это нанесло огромный вред всему движению крестовых походов.

На рубеже 1202/03 гг. в Зару прибыли посланцы короля Филиппа Швабского и Алексея, предложившие западным князьям помочь возвратить трон принцу, за что от его имени обещали подчинить греческую церковь Риму, выплатить долг венецианцам, снабдить поход необходимыми деньгами (в общей сложности 200 тысяч марок) и продовольствием и поддержать его 10 тысячами византийских солдат. По настоянию Бонифация предложение послов было передано Дандоло, которого оно очень обрадовало. При обсуждении предложения западная армия раскололась, однако большинство предводителей, в том числе епископы, склонились к принятию предложения. Их аргументами были необходимость восстановления законного императора, приведение отступников-греков под руку Рима и неисчислимые священные реликвии и мирские богатства империи. Способствовало этому также то, что на всем протяжении крестовых походов раскольники-греки считались в Западной Европе предателями христианства. Окончательно сопротивление части крестоносцев было подавлено бандами баронских ленников. Непримиренные Симон де Монфор и Ги, аббат монастыря Ле-Во в Серне под Парижем, отправились домой, Рено де Монмирай — в Палестину, где долго не задержался и присоединился к крестоносцам.

Получив известие о решении, принятом крестоносцами, папа оказался в большом затруднении. С одной стороны, было ясно, что изменивший направление поход не принесет пользы и славы церкви, с другой стороны, он мог иметь последствием воссоединение церквей и оказание греками эффективной помощи крестоносцам. Поэтому папа ограничился двусмысленным распоряжением: крестоносцам запрещалось нападать на христиан, «если только те не будут очевидным образом мешать священной войне или не появится какая-либо необходимая причина, по которой вы сочтете нужным действовать иначе». Слова Иннокентия III, что, хотя греки и провинились перед Богом и церковью, не дело паломников их наказывать, внушили последним надежду, что папа простит им нападение на Константинополь.

25 апреля в Зару прибыл принц Алексей, и еще через несколько дней флот крестоносцев вышел в море из Зары. Флот остановился на некоторое время в Диррахии, где Алексей был признан императором, а затем — на Корфу, где он подписал договор с крестоносцами. 24 июня 1203 г. корабли обошли Пелопоннес и прошли через Эгейское море в Дарданеллы. Они захватили Абидос на азиатском берегу. Затем они высадились во Фракии, где забрали поспевший урожай и перевезли его через Дарданеллы в укрепленный Абидос, после чего прошли Мраморным морем и бросили якорь перед Халкидоном, напротив Константинополя. Через два дня они прошли дальше в Босфор и заняли дворец Скутари на азиатском берегу.

Написаны горы исторических трудов относительно причины изменения направления крестового похода. Спорящие стороны придерживаются двух позиций, которые можно определить как теория заговора и теория стечения обстоятельств. В свою очередь, сторонники теории заговора разделяются при определении инициаторов заговора: одни считают виновником Дандоло, другие — Филиппа Швабского и Бонифация, третьи — их всех.