Осенью 1204 г. Бонифаций начал завоевательную войну с греками. Он двинулся из Фессалии в Эпир и затем вторгся на Пелопоннес. Его армия состояла из ломбардцев, французов, немцев, а также греков, которых он ловкой политикой сумел привлечь на свою сторону. В центральной и южной Греции возникли как лены королевства Фессалоники владение (позднее герцогство) Афин и Фив во главе с бургундцем Отто де ла Рошем, на Пелопоннесе — княжество Ахайя, сначала во главе с Гийомом де Шанлитом, а затем с Жофруа де Виллардуэном, племянником хрониста.

Иоанн Калоян после победы над Бодуэном двинулся на юг и осадил Фессалоники. Он захватил город, но цитадель продолжала сопротивление. Король Бонифаций поспешил с юга на ее спасение. Ему удалось освободить город. Бонифаций постепенно теснил болгар и валахов и расширял свои владения в Македонии. Он заключил союз с Генрихом, признал его ленное верховенство и выдал за него свою дочь Агнесу. Летом 1207 г. император и король договорились сообща совершить осенью карательный поход против болгарского царя. Однако вскоре Бонифаций попал в болгарскую засаду и был тяжело ранен стрелой. Его люди в замешательстве отступили. Отрубленная голова Бонифация, «лучшего и благороднейшего барона и отважнейшего рыцаря», была преподнесена царю Иоанну.

Иоанн с большими силами снова осадил Фессалоники. Против него созрел заговор, в котором, видимо, приняла участие его жена-половчанка. 8 октября 1207 г. царь был убит в лагере половцем, любовником жены. Среди народов Иоанна начался разброд. Его племянник и наследник Борис был признан царем только частью подданных, и 31 июля 1208 г. он потерпел жестокое поражение при Филиппополе от императора Генриха.

Король Бонифаций оставил от Маргариты Венгерской малолетнего сына Дмитрия. Маргарита стала регентшей, а опекуном был избран ломбардец граф Оберто Бьяндратский, сразу сделавший попытку освободиться от ленного верховенства Генриха и возвести на королевский престол итальянского сына Бонифация от первого брака — Вильгельма. Однако Генрих сумел восстановить против Оберто регентшу и германских и французских вассалов короля и заставил ломбардца покинуть Грецию. Регентша признала императора своим сувереном. В 1207 г. как ленник императора основал герцогство Архипелаг (Кикладские острова) племянник Дандоло Марко Санудо.

Овдовев, Генрих женился на дочери Иоанна Калояна. В Анатолии он упорно и с переменным успехом боролся с императором Феодором Ласкарем и по договору 1214 г. возвратил Латинской империи потерянные ранее земли на северо-востоке полуострова. Когда в 1211 г. умер патриарх Морозини, было избрано сразу три патриарха: от венецианцев, от французов и от ломбардцев.

Новый папский легат Пелагий, прибывший в Константинополь, усилил общее замешательство. Он, поставив себе основной задачей подчинение греческой церкви римской, закрывал православные церкви и бросал в тюрьмы греческих священников и монахов. Население заволновалось. К императору отправилась депутация видных греков и объявила ему, что греки переселятся в Азию, если гонения продолжатся. Генрих распорядился открыть церкви, выпустить из тюрем православных священнослужителей и разрешил грекам принести жалобу папской курии. Греки называли Генриха «вторым Ареем» (богом войны). Император Генрих всегда выступал их защитником как в отношении свободы совести, так и в отношении притязаний католических прелатов. Он умер в 1216 г., возможно, отравленный, — обычное предположение для тех времен.

Крестовый поход, захвативший христианский Константинополь, не только не принес никакой пользы христианам в Святой Земле, более того, он причинил непоправимый вред как государствам крестоносцев в Палестине и Сирии, так и всему христианству в его борьбе с исламом. Основание Латинской империи привело к тому, что людские и рыцарские потоки из Западной Европы переключились в более плодородные и спокойные греческие земли. Сухопутная дорога в Сирию была полностью перекрыта враждебно настроенными греками Никеи и турками. Морские же пассажирские маршруты итальянских кораблей были теперь направлены в основном в Константинополь, Грецию и на греческие острова. Помимо этого, франкские государства в Греции привлекли к себе рыцарские семьи из Палестины и Сирии. Поход ограбил великую греческую цивилизацию и нанес ей смертельный удар. Крестоносцы разорили и уничтожили главный бастион, который до сих пор препятствовал дальнейшему распространению ислама на Запад. Слабая Никейская империя не смогла противостоять подъему нового турецкого государства Османов. Непримиримая ненависть к Западу со времени Четвертого крестового похода воцарилась в сердцах греков, и никакие новые внешние угрозы не могли преодолеть ее.

Уже летом 1204 г. франкам в Святой Земле стало ясно, что их надежды на крестовый поход напрасны. Вести войну с мусульманами без помощи крестоносцев король Амори был не в состоянии. У аль-Адила, со своей стороны, было много забот внутри только что созданного государства, и нападением на королевство он рисковал навлечь на себя большой крестовый поход, собравшийся в Константинополе. В сентябре 1204 г. Амори и аль-Адил заключили перемирие сроком на шесть лет, которое было выгодно обеим сторонам.

После смерти Амори 1 апреля 1205 г. королевства разделились. Королевство Иерусалим после смерти королевы Изабеллы в 1206 г. унаследовала ее старшая дочь, 14-летняя Мария Монферратская, а регентом королевства стал Жан д'Ибелен, сводный по матери брат Изабеллы, ближайший и старший мужской родственник ее дочерей. Он владел самым большим леном в королевстве — Бейрутом и был признанным главой палестинских баронов. Не надеясь на помощь Запада, он подтвердил перемирие, заключенное Амори с аль-Адилом. Четыре года своего правления он спокойно и осмотрительно продолжал политику Амори, всеми силами укрепляя королевство, не влезая в войны и авантюры.

Тем временем в 1208 г. королеве Марии исполнилось 16 лет, необходимо было найти ей мужа и короля для королевства. Во Францию к Филиппу II были посланы Флорин, епископ Акры, и Аймар де Аэрон, сеньор Цезареи, маршал королевства, чтобы король нашел достойного кандидата. Однако знатного, богатого и энергичного князя найти не удалось. Предполагаемые женихи, несмотря на красоту невесты, отказывались ехать в далекую и опасную Палестину. Наконец весной 1210 г. король сообщил, что нашел жениха. Это был личный друг короля Филиппа и один из его военачальников, холостяк примерно 37 лет, неимущий младший сын графа Эврара из Шампани — Иоанн де Бриенн. Его отец и дядя погибли во время Третьего крестового похода. Его старший брат, граф Готье де Бриенн, женатый на дочери Танкреда де Лечче, несколько лет назад умер в Апулии, отчаянно отстаивая титул короля Сицилии. Иоанн был умный, энергичный и сведущий в военных делах и мировой политике человек с ровным, располагающим характером, бедность была его единственным, хотя и крупным недостатком. Возможно, одной из причин, по которой король выбрал его, было желание прервать его любовную связь с овдовевшей Бланкой, королевой Наваррской, графиней Шампанской, чье поведение вызывало возмущение при дворе. Папа одобрил выбор короля и благословил Иоанна. Кроме того, Филипп и Иннокентий дали в качестве подарка жениху по 40 тысяч фунтов серебром.

Летом 1210 г. истек срок перемирия франков с аль-Адилом, и султан предложил возобновить его. Был созван Коронный совет, и председательствующий Жан д'Ибелен выступил за принятие предложения. Присутствующие согласились, однако в связи с известием о скором прибытии Иоанна де Бриенна было решено подождать его, чтобы новый король не был связан перемирием, заключенным без него. Дело дошло до небольших стычек с мусульманами.

10 сентября 1210 г. Иоанн де Бриенн прибыл в Акру в сопровождении немногих рыцарей и был встречен королевой, регентом, патриархом, баронами и магистрами рыцарских орденов Филиппом де Ле Плесье и Гареном де Монтегю (Garin de Montaigu). На следующий день патриарх Альбер Иерусалимский сочетал его браком с королевой Марией. 3 октября Иоанн и Мария были коронованы в Тире. Когда двор находился в Тире на коронации, сын аль-Адила аль-Муаззам, правивший Палестиной и Сирией, произвел грабительский налет на предместья Акры, и королю пришлось срочно возвратиться, чтобы отбить нападение.