В ходе войны религиозные и военные структуры «Белого Лотоса» практически слились воедино. Повстанческие армии, соединения и отряды строились по территориальному признаку, а внутри последних — по принадлежности к различным местным отделениям секты. Каждому соединению был присвоен свой особый цвет. Свои армии и колонны сектанты так и называли — «сянъянская желтая», «дачжоуская черная», а самих себя — «тунцзянские синие», «белые дунсянцы» и т.д. Каждое соединение сопровождал обоз, где находились члены семей бойцов — женщины, дети, старики и инвалиды; оставить их карателям — значило обречь на жестокую смерть. Обоз сильно снижал маневренность повстанческих сил.
Бойцы «Белого Лотоса» были вооружены не только мечами и пиками, но и мушкетами, аркебузами, кремневыми ружьями и пушками, захваченными у противника. Много было у них и самодельного огнестрельного оружия, в том числе деревянных пушек. В крестьянском войске были установлены воинские звания («командир авангарда», «командир тысячи» и т.д.), но рядовые бойцы по-прежнему называли своих офицеров — «руководитель учения», «старший проповедник» и т.д. Вооруженные силы «Белого Лотоса» были более чем внушительны. Лагерь только одной сянъянской армии занимал более десяти километров. В провинции Сычуань действовали армии в несколько десятков тысяч бойцов. Повстанцы не имели единого командования или штаба и действовали разобщенно, хотя и пытались координировать свои действия.
Армии, колонны и отряды «Белого Лотоса» демонстрировали высокое искусство ведения маневренной войны. Переходя из одной провинции в другую, занимая на время все новые и новые территории, покидая их и двигаясь в различных направлениях, их командиры избегали прямых сражений. Они предпочитали неожиданные удары, небольшие схватки и постоянное маневрирование на больших просторах. Навязывая ночные сражения, они пугали цинскую солдатню атаками с факелами в руках. Умело используя преимущества местности, повстанцы устраивали врагу засады и неожиданные ловушки, нападая в самых узких и опасных местах.
Вынуждая правительственные войска совершать тяжелые марши, повстанцы предельно изматывали его. «Подвижная война» привела к краху правительственной тактики «истребления и блокирования бандитов-сектантов». При всесильном императорском фаворите Хэшэне цинская армия находилась в стадии глубокого разложения. Из-за казнокрадства солдатам месяцами не платили жалованья и по многу дней не выдавали паек, и они грабили население и чинили произвол. Командующие и офицерский состав стремились лишь к личной безопасности, успешной карьере и быстрому обогащению. Среди цинских военных на первый план вышли протеже Хэшэня — трусливые, бездарные и безынициативные карьеристы. В своих реляциях приписывая себе несуществующие «победы» и «достижения» в борьбе с «бандитами-сектантами», ловкие очковтиратели «выбивали» у императора, а точнее, у Хэшэня награды и повышения по службе. Многие из них просто боялись встречи с «религиозными мятежниками», предпочитая следовать за ними на почтительном расстоянии или отсиживаться за стенами укрепленных городов. Эти «герои» служили объектом язвительных насмешек со стороны бойцов «Белого Лотоса». Чтобы хоть как-то оправдать себя в глазах начальства, цинские военные сотнями убивали ни в чем не повинных мирных жителей, выдавая их за «мятежников-еретиков». Только через два года после начала боевых действий правительственные войска одержали первую победу: в апреле 1798 года им удалось окружить и уничтожить сянъянскую колонну под командованием Ци Ван и Яо Чжифу — наиболее сильное соединение хубэйских повстанцев.
Со второй половины 1798 года вплоть до осени 1800 года главным театром военных действий стала Сычуань. Здесь повстанцы одержали ряд побед — у Аньлэпина, вблизи Кайсяня, под Цаньси. Они угрожали Чэнду — главному городу Сычуа-ни. После свержения Хэшэня его разложившихся военачальников сменили способные, опытные и ретивые командующие. Был выработан общий план действий, что усилило роль верховного главнокомандующего (цзинлюэ). Им сначала стал наместник, опытный военачальник Лэ Бао, а затем искусный полководец и стратег монгол Элэдэнбао.
Правительство сделало ставку на всемерное усиление местных частей. К 1799–1800 годам особую роль стали играть руководимые помещиками, шэньши и чиновниками отряды «сельского ополчения» «сянъюн». Будучи местными жителями, бойцы «сянъюн» прекрасно знали тайные тропы и места, удобные для засад, служили прекрасными разведчиками. С 1800 года власти стали широко применять тактику, как они называли, «упорной обороны и оставления врагу опустошенной территории». Сводилась эта тактика к тому, что с приближением повстанцев все население вместе с продовольствием, скотом и пожитками угонялось в горы или в укрепленные лагеря, которые охраняли «сянъюн». Это лишало бойцов «Белого Лотоса» провианта и подкреплений из числа крестьян.
Создание «сельского ополчения» и укрепленных лагерей поставило сектантов в тяжелое положение. Они начали отбирать продовольствие у населения, чем настраивали его против себя. Измученное пятью годами войны крестьянство стало постепенно отходить от восставших. Разочарование и неверие в победу проникли и в ряды крестьянских армий — время шло, крови было пролито много, а «Эра Белого Солнца», обещанные изобилие и благополучие на земле не наступали. К этому времени многие наиболее убежденные и преданные сектанты и лидеры «Белого Лотоса» погибли в боях и походах, а вновь примкнувшие не отличались стойкостью.
Поэтому с конца 1799 года в войне наступил явный перелом. Повстанцы, поверив обещаниям полного прощения, стали капитулировать поодиночке и целыми отрядами. Так, один из чиновников, пользовавшийся уважением в округе, явился в армию Ван Саньхуая и уговорил ее бойцов прийти с повинной в цинский лагерь. Когда же, поверив обещаниям, бойцы Ван Саньхуая сдались, цинские солдаты ринулись на уже безоружную толпу и убили несколько тысяч человек. Сам же Ван Саньхуай был в клетке отвезен в Пекин. На допросах он и еще ряд ранее захваченных в плен полководцев-сектантов вели себя мужественно. Наконец Ван Саньхуай и Ло Ци-цин предстали перед особой императора, а также членами Военного совета — высшего правительственного органа. Вожди «Белого Лотоса» держались с достоинством и спокойствием, о правительстве богдохана рассуждали с насмешками. От такой дерзости Юнъянь пришел в дикую ярость. Ван Саньхуая разрубили на куски, а Ло Цицину, Гао Юньдэ и Жань Вэньчоу отрубили головы и выставили их на шестах.
Дабы ослабить «еретиков-разбойников», цинские войска всемерно мешали им проникать в не затронутые войной и еще не опустошенные районы. Власти стремились отрезать отряды «Белого Лотоса» от их баз снабжения. По приказу из Пекина местные чиновники уничтожали излишки зерна, которые могли стать добычей «религиозных бандитов». Голод стал надежным союзником цинских войск. В поисках пропитания бойцы «Белого Лотоса» вынуждены были совершать ненужные в военном отношении рейды, что еще больше изматывало их силы.
К осени 1802 года погибли все крупные полководцы «Белого Лотоса». Летом 1802 года была разбита последняя крупная группировка сектантов под командованием Гоу Вэньмина. В следующем году он попал в плен и умер на плахе. Сюй Тяньдэ и Фань Жэньцзэ утонули при переправе через реки, Лэн Тяньлу и Жань Тяньюань пали в боях, Ван Тинчжао был в клетке отвезен в Пекин на казнь, Гао Эр и Ма У попали в плен и сложили головы на плахе. Их армии, колонны и соединения были разбиты или рассеялись. Император Юнъянь на радостях поспешил праздновать победу, однако оставшиеся отряды сектантов еще более двух лет продолжали героическую борьбу, хотя их возможности все более суживались. Повстанцы вступали на путь полупартизанской борьбы. Цинские силы все больше вытесняли их с хлебородных густонаселенных равнин в глухие малолюдные окраины.
Война переместилась в большой горный и лесистый район на стыке провинций Сычуань, Хубэй и Шэньси, протянувшийся на пятьсот километров с северо-запада на юго-восток и на триста километров с севера на юг. Здесь в 1803–1804 годах власти создали четыре укрепленные линии и стянули большое количество войск, в том числе армию Лэ Бао и отряды «Зеленого знамени» Ян Юйчуня. Операциями руководили главнокомандующий Элэдэнбао и Дэ Лэнтай. Каратели перешли к массированному прочесыванию района, беспощадно уничтожая поредевшие отряды «Белого Лотоса» и помогавшее им местное население. Последние отряды повстанцев были разгромлены летом 1805 года.
