Видя, что войска из других провинций бессильны против морских разбойников, шэньши (привилегированное «ученое» сословие) и помещики Чжэцзяна стали создавать собственные отряды самообороны. На их основе военачальники Ци Цзигуан, Юй Даюй и Лю Сян формировали новые ударные части. Особой дисциплинированностью и боеспособностью отличались те, что были набраны из ополченцев Чжэцзяна и обучены Ци Цзигуаном. Названные «личным войском Ци», эти соединения сумели противостоять бандитским ватагам. Однако война еще несколько лет шла с переменным успехом. Вот что китайский источник сообщает о событиях 1562 года: «Прежде японцы оставили провинцию Чжэцзян. Они покушались на Хуай, Янчжоу, У и Юэ, но безуспешно. После этого напали на провинцию Фуцзянь. Разграбили более одиннадцати городов. Захватили много богатства и детей обоего пола. Побили и изранили чиновников, солдат и жителей бесчисленное множество».

Лишь в 1560-х годах началось наступление на «японских пиратов». Минские полководцы один за другим освобождали ранее занятые бандитами города. В 1563 году Ци Цзигуану удалось нанести жестокое поражение противнику в Фуцзяни и вытеснить его из этой провинции. На суше и на море развернулись яростные бои. Пиратский флот был разбит, и только в плен было взято пять тысяч человек.

Между тем империя Мин предпринимала все новые и новые усилия для разгрома «японских варваров». Все больше потрепанных в боях ватаг добиралось до своих кораблей и отплывало в Японию. К концу 1560-х годов удалось сбросить последние пиратские отряды в море и очистить от них побережье. «Усмирение японских бандитов» зашло так далеко, что в 1570-х годах их набеги почти совсем прекратились. Так окончилась «пиратская война» в Китае.

Эта победа стала возможной по двум причинам. Во-первых, империя Мин к этому времени существенно укрепила свою морскую оборону и повела против корсаров успешную борьбу. Во-вторых, Япония стала выходить из полосы затяжных междоусобных войн. Образовалось сильное центральное правительство во главе с Тоётоми Хидэёси, который наложил строгий запрет на морской разбой. Однако то было затишье перед бурей — перед мощным вторжением в Корею армий и флота объединителя Японии Тоётоми Хидэёси.

В 1449 году, спустя восемьдесят лет после изгнания из Китая монгольских ханов, китайская армия потерпела сокрушительное поражение от монгольских войск, и страна на какой-то момент вновь оказалась перед угрозой иноземного завоевания. Чтобы понять, как это могло случиться, нужно вернуться к истории китайско-монгольских отношений.

В январе 1368 года Чжу Юаньчжан, возглавивший борьбу с монгольскими завоевателями, провозгласил в стране власть новой, чисто китайской династии Мин. Своей столицей он сделал город Нанкин. Посланные им войска под командованием полководца Сюй Да 4 октября взяли Пекин — столицу империи Юань. Монгольский хан Тогон Тэмур бежал в город Инчан (около 400 километров к северу от Пекина). Однако он не отказался от попыток восстановить монгольское владычество в Китае. Под контролем монгольских властей и верных им китайских приверженцев оставались провинции Юньнань и Ляодун, а также значительная часть территории Сычуани, Шэньси, Ганьсу. Не отказался Тогон Тэмур и от названия своего государства, по-прежнему считая себя китайским императором. Правда, в отличие от прежнего оно именовалось Северная Юань. Изгнанный император даже начал строить столицу этого государства — город Барс-хото.

В 1370 году Тогон Тэмур скоропостижно умер. Власть перешла к его сыну Аюширидаре (правил под титулом Билигту-хан). Воспользовавшись перестановкой сил в правящей монгольской верхушке, китайские войска нанесли удар по ставке ханов и овладели Инчаном. Аюширидара с двором и домочадцами отошел на северо-запад, в древнюю монгольскую столицу город Хархорин (Каракорум). Окрыленные успехом, китайцы стали собирать силы для похода на монгольскую столицу. В 1372 году 150-тысячная армия под командованием Сюй Да и племянника императора Ли Вэньчжуна углубилась в монгольские степи. Но здесь она была разбита монгольской конницей под начальством полководца Кокэ Тэмура. После этого противостояние сторон хотя и сохранялось, но столкновения происходили лишь в виде мелких стычек. К этому времени империя Мин восстановила контроль над большинством районов в Шэньси, Ганьсу и Сычуани.

В 1378 году умер Аюширидара. В начавшейся борьбе за ханский престол китайский двор поддерживал его сына, который одно время находился в китайском плену и пользовался расположением и милостями двора. Однако победил другой претендент — Тогус Тэмур, младший брат умершего хана. Отношения сторон снова резко обострились. Монгольские войска вновь овладели Инчаном. Китайская же армия во главе с воспитанником императора My Ином, воспользовавшись концентрацией сил противника под Инчаном, в 1380 году нанесла удар по Каракоруму. Монгольская столица была взята и сожжена. Было перебито много мирных жителей, захвачена большая добыча. Несмотря на все усилия Тогус Тэмура, военная удача перешла на китайскую сторону. В 1381 году войска империи Мин под начальством Сюй Да и Фу Юдэ отвоевали Ордос — северную часть провинции Шэньси, заселенную тогда преимущественно монголами. В 1382 году My Ин сломил сопротивление монгольских отрядов, стоявших на южных рубежах страны — в провинции Юньнань. В 1387 году китайские войска отвоевали последний оплот монголов в Китае — Ляодун и вынудили обитавших здесь монголов-урянхайцев подчиниться минскому двору. Их глава Нагачу перешел на китайскую службу со своей 20-тысячной армией. Наконец, в 1388 году у местечка Бойрнора в районе Инчана китайская армия под командованием полководца Лань Юя полностью разгромила основные силы Тогус Тэмура. Сам хан, бежавший после поражения, был убит одним из своих приближенных. В плен попало около 2900 монгольских сановников, включая родичей ханского дома, а также 77 тысяч солдат и простых монголов-кочевников. Было захвачено также 150 тысяч голов скота.

Вслед за Тогус Тэмуром государством Северная Юань правили друг за другом двое его сыновей и внук, но военные неудачи 80-х годов XTV века определили его дальнейшую судьбу. Раздираемое внутренними распрями, оно уже не могло всерьез претендовать на возвращение китайского престола. Где-то после 1402 года (точная дата не известна) временно захвативший власть нойон (монгольский титул знатности) Гуйличи, не принадлежавший, как прежние ханы, к потомкам Чингисхана, отказался от названия Северная Юань, назвав свое государство Дадань.

Внутренние распри среди монгольских правящих верхов имели очень важные последствия для будущей судьбы Монголии. В 1399 году произошел раскол дотоле политически объединенных монгольских племен на западные и восточные. Их политическая история в дальнейшем потекла по различному руслу и сопровождалась взаимным противоборством. Китайские историки сообщают, что еще во время крушения династии Юань в Китае (точная дата не указана) монгольский военачальник Мункэ Тэмур объявил себя правителем западных монголов — ойратов, обитавших на территории Джунгарии (в провинции Синьцзян в современном Китае) и западных районов современной Монголии. После его смерти ойратские владения распались на три части. Окончательный же распад связывается с гибелью монгольского хана Эльбека — младшего сына Тогус Тэмура в 1399 году. Легенда утверждает, что здесь не обошлось без роковой женщины. Некий Хутхай, служивший при дворе, обратил внимание хана на красоту невестки — жены одного из сыновей Эльбека. Хан поддался искушению: убил сына, а его жену взял себе в гарем. Та решила отомстить Хутхаю и ложно обвинила его в попытке изнасилования. Хан повелел казнить «насильника». Но вскоре женщина созналась, что казненный не виноват. Тогда Эльбек-хан, чтобы загладить свою вину, приблизил к себе двоих сыновей Хутхая и передал им в управление четыре тумена (административно-военная единица, выставлявшая 10 тысяч ратников). Вскоре эти ойратские властители, очевидно мстя за отца, убили Эльбек-хана. Уведя свои тумены из ставки на запад, они полностью вышли из-под власти восточномонгольских ханов.