У Иньчжэня было явно выраженное стремление, установив тотальный контроль над населением, покончить с инакомыслием и иноверием. Увлекаясь ламаизмом и ортодоксальным буддизмом, он всячески поддерживал эту религию, а свой прежний княжеский дворец превратил в ламаистский храм. Переиздавая буддийские сочинения и сутры, публикуя свои взгляды на сей счет, Иньчжэнь повел борьбу с чань-буддизмом как эзотерической сектой. Для этого он сначала создал специальную группу по изучению чань-буддизма из верных ему князей, сановников и бонз, а затем начал поход против этого течения. Издав собственное сочинение с жесткой критикой чань-буддизма, Иньчжэнь выступил главным обличителем и ниспровергателем ряда буддийских авторов. Приказав сжечь их книги, император заставил их сторонников отречься от своих учителей. Эта враждебность объяснялась тем, что чань-буддизм противоречил самим основам конфуцианства и китайской государственности.

Иньчжэню стало тесно в рамках светской власти, и он постепенно переносил свой деспотизм в сферу религии. Стремясь укрепить влияние конфуцианства как идеологической основы маньчжурского владычества, Иньчжэнь перешел к борьбе с христианством как вероисповеданием, оппозиционным конфуцианству, буддизму и даосизму. Он видел в этой «варварской религии» разновидность идолопоклонства, еретическое мятежное учение, не признающее священный характер власти Сына Неба и представляющее угрозу китайской цивилизации. Он не забыл, что многие миссионеры, особенно иезуиты, во время борьбы за престол держали сторону его врагов. Отсюда повышенная неприязнь богдохана к учению Христа и его проповедникам. Покончив с веротерпимостью времен Сюанье, он начал аресты католических миссионеров, запретил их проповедь, а в 1724 году большинство их изгнал из Китая. Он терпел лишь тех, кто, имея официальные посты в Пекине, занимался наукой. При Иньчжэне было закрыто более 300 христианских церквей. Это был один из важнейших актов политики изоляции Китая от внешнего мира.

К концу правления Иньчжэня страна наполнилась его шпионами и доносчиками, почти каждое важное действие того или иного князя, сановника или чиновника тут же становилось известным императору. По иронии судьбы на троне оказался конфуцианский идеал «честного чиновника», вооруженный всеми средствами воздействия на своих разложившихся собратьев. Как «главный чиновник империи», он трудился не покладая рук. Особенно красноречиво свидетельствует об этом письменное наследие богдохана. В основном это документы и деловые бумаги, многие из которых написаны им самим. Иньчжэнь по прочтении докладов провинциальных и столичных чиновников писал пространные резолюции, комментарии, распоряжения и инструкции, зачастую превышавшие по объему сам документ. Они составляют 112 томов (не считая его документов и деловых бумаг, прошедших через Императорскую канцелярию). Это был талантливый, волевой, инициативный, деятельный и честолюбивый правитель с психологией абсолютного самодержца, добросовестного чиновника и ревностного служаки. Будучи сильным монархом, он навязал свою волю послушным и скрутил в бараний рог непокорных, держа в страхе всю империю.

На его поведение неизгладимый отпечаток наложил сам факт узурпации власти. В течение всего царствования Иньчжэнь пытался скрыть правду о своем незаконном восшествии на престол. Об этом говорят крайняя противоречивость его эдиктов, освещавших последние дни жизни Сюанье, уничтожение и фальсификация множества документов, устранение лиц, знавших правду и могущих ее раскрыть. При этом он расправлялся как с врагами, так и со своими помощниками. Первое время, нуждаясь в их поддержке, Иньчжэнь не жалел для них ни чинов, ни наград, а когда его власть укрепилась, он избавился от них. Так поступил он с Лункэдо и Нянь Гэнъяо. Первого он полностью устранил от дел, а второму «милостиво даровал» право на самоубийство. Одних из своих сообщников он казнил, других бросил в тюрьму.

Иньчжэнь продолжил начатую еще при Сюанье политику полного подчинения неханьских народностей и нацменьшинств юго-запада. В то же время он старался укрепить «тыл» династии Цин в ее «домене» — Маньчжурии. Здесь в 1726 году Иньчжэнь создал новую провинцию Гирин (Цзилинь) и построил вторую линию укреплений, охватывавшую цинские владения с запада — со стороны монгольских кочевий. В Хал-хе, чтобы ослабить власть монгольских ханов и князей, он усилил дробление их уделов. Чтобы ужесточить контроль над Тибетом, он направил в Лхасу двух своих министров-резидентов и цинский гарнизон. Подавив в 1724 году восстание хо-шоутов (одна из ветвей ойратов) в Кукуноре (Цинхай) и уничтожив при этом до 80 тысяч местных жителей, полководцы Иньчжэня присоединили этот край к цинским владениям. Богдохан вел постоянную войну с Ойратским (Джунгарским) ханством. Она шла с переменным успехом: в 1731 году ойраты почти уничтожили большую и хорошо снабженную цинскую армию, а на следующий год в битве при монастыре Эрденидзу войска Иньчжэня одержали верх над противником. Богдохан стремился к сохранению мирных отношений с Россией. В 1728 году он пошел на подписание с ней Кяхтинского договора об установлении границы между Халхой и Российской империей, о развитии дипломатических связей, караванной торговли и об определении статуса Российской духовной миссии в Пекине. Дабы склонить волжских калмыков к войне с Ойратским ханством и поздравить императрицу Анну Иоанновну с восшествием на престол, Иньчжэнь в 1731 году направил в Москву и Петербург посольства. Россия стала первым европейским государством, которое посетили китайские послы.

Иньчжэнь умер 8 октября 1735 года в летнем Дворце Совершенного Света (Юаньминъюань) в возрасте 57 лет. Обстоятельства его кончины окружены тайнами и догадками. По одной из версий, император умер от чрезмерного приема настоев различных трав, которые, по даосской теории достижения долголетия, сулили Сыну Неба продление жизни. После этого все буддисты и даосы были изгнаны из дворца. Данная версия весьма сомнительна. Вряд ли такие умелые целители-травники, как даосы и буддисты, допустили бы смерть своего высокого покровителя из-за злоупотребления их рецептами. Согласно второй версии, Иньчжэнь был отравлен, а это весьма возможно. По третьей версии, мстя за отца, его заколола кинжалом дочь казненного им чиновника, когда ее, завернутую в особое покрывало из пуха цапли, евнухи принесли ночью в спальню Сына Неба вместо наложницы.

Как бы то ни было, ушел из жизни выдающийся император. Князья, сановники и местная бюрократия вздохнули с облегчением — они избавились от жесткого контроля и постоянного страха. Враги Иньчжэня и находившаяся под влиянием их оценок последующая историография изображали его деспотом — грубым, упрямым, своевольным, властолюбивым, коварным и хитрым. За ним закрепилась негласная, но стойкая репутация тирана. А между тем в свое не такое уж длинное царствование — всего тринадцать лет — он, не растеряв ничего из унаследованного от Сюанье, укрепил императорскую власть, устранил старые, отжившие нормы, оздоровил госаппарат и финансы. Его правление оказалось благотворным и для страны и для династии. Его нововведения укрепили саму цинскую систему и заложили основу для «блестящего правления» его сына Хунли (1735–1795). Мать последнего — маньчжурка в юности служила актрисой придворного театра. Иньчжэнь страстно увлекся ею, сделал своей наложницей, и она родила ему сына. Именно этому своему любимцу умирающий император передал трон и власть над Поднебесной империей.