В академиях были заведены внешнее правление, ведавшее подчиненными им школами данного духовно–учебного округа, и внутреннее — занимавшееся академическими делами. Далее, при академиях создавались Конференции по поощрению учености, главным образом в области богословских наук. По плану предусматривалось к 1814 г. организовать Петербургский духовно–учебный округ, а затем приступить к устроению остальных в такой последовательности: Москва, Киев, Казань.
С публикацией указа от 26 июня 1808 г. члены расформированного тогда подготовительного комитета были переведены во вновь образованную Комиссию духовных училищ. Руководящую роль при решении первой из основных задач, стоявших перед комиссией, а именно — при разработке подробных уставов для школ всех четырех ступеней, принадлежала опять–таки М. М. Сперанскому. Им в форме философского рассуждения было написано введение к уставам, а также первая часть Устава духовных академий. Ввиду большой занятости государственными делами работу над окончанием Устава академий и написанием прочих уставов Сперанский вынужден был передать Рязанскому архиепископу Феофилакту Русанову [1439].
По новому Уставу академии представляли собой центры богословской науки и в то же время — богословские учебные заведения. Во главе академии стояла конференция, состоявшая из действительных членов и, в духе характерного для эпохи Александра I меценатства, из некоторого числа почетных членов, а также членов–корреспондентов. Последние кооптировались действительными членами и могли принадлежать как к духовному так и к светскому сословию. Действительными членами конференции являлись епархиальный архиерей, ректор академии, известное число профессоров и до десяти духовных лиц, отличающихся образованием и трудолюбием. В обязанности конференции входила организация ежегодного торжественного собрания по поводу годовщины создания Комиссии духовных училищ, а также рабочих заседаний для проведения публичных экзаменов выпускников академии, для присуждения званий действительного студента и ученых степеней кандидата, магистра или доктора богословия. Две последние академические степени предназначались для кандидатов на доцентуру, для преподавателей академии или авторов серьезных научных трудов. В июне и декабре каждого года конференция действительных членов принимала экзамены у студентов. Кроме того, трое из действительных членов избирались в цензурный комитет подведомственного академии учебного округа. Внутреннее правление академии, находившееся под попечением епархиального архиерея, состояло из ректора, отвечавшего не только за процесс преподавания, но и за все остальные стороны жизни академии, инспектора, обязанного заботиться о нравственном воспитании студентов, и эконома. В помощники инспектору назначались двое преподавателей. В студенческом общежитии имелся староста, который должен был докладывать инспектору о поведении учащихся. Внешнее правление состояло из двух членов внутреннего правления и из двух других членов конференции. В его компетенцию входил контроль за преподаванием в семинариях, а также назначение в них учителей. При этом оно должно было избегать излишних переводов преподавателей из одной семинарии в другую.
Очень глубоко реформа затронула саму организацию обучения. Наряду с грамматикой и историей много времени в высшем образовании отводилось на философию и богословие. Низшие классы были закрыты. Вся программа академии теперь разбивалась на два двухгодичных курса, т. е. была рассчитана на четыре года. На первом курсе изучались: 1) словесность, эстетика, «всеобщая философская грамматика»; 2) всеобщая история, история Церкви, древнегреческая и древнерусская история; 3) математика, в том числе и высшая. Изучение философии на втором курсе включало в себя: 1) теоретическую и практическую физику, 2) всю метафизику, 3) историю философии. Программа по богословию на этом курсе содержала следующие предметы: 1) догматику, 2) этику, 3) апологетику, 4) герменевтику, 5) гомилетику и 6) каноническое право. Из иностранных языков изучались: греческий, латинский, древнееврейский, французский и немецкий.
Полный шестилетний курс семинарии состоял из трех двухгодичных курсов: 1) риторики, 2) философии, 3) богословия. Здесь преподавались следующие предметы: 1) словесность, 2) светская история, 3) география, 4) математика, 5) физика, 6) философия, 7) Священное Писание, 8) герменевтика, 9) история Церкви, 10) христианская археология, 11) догматическое, нравственное и пастырское богословие, 12) пасхалия. Изучение латинского, греческого и древнееврейского языков было обязательным, немецкого и французского — факультативным.
Учебный план уездных духовных училищ, рассчитанный также на шесть лет, включал следующие дисциплины: грамматику, арифметику, подробный катехизис, историю и географию в сжатом изложении, церковный устав (Типик), начатки классических языков и церковное пение. В приходских школах, готовивших учеников в уездные училища, учили чтению, письму, каллиграфии, четырем арифметическим действиям, началам русской грамматики, краткому катехизису и церковному пению [1440].
Исходя из этой учебной программы, правительство было склонно оптимистически смотреть на дальнейшее развитие духовного образования по пути «истинного просвещения». В указе Александра I от 30 августа 1814 г. высказано пожелание «учредить школы истины». «Просвещение, — говорится в нем, — по своему значению есть распространение света, и, конечно, должно быть того, который во тьме светится и тьма его не объят. Сего–то света держась во всех случаях, вести учащихся к истинным источникам и теми способами, коими Евангелие очень просто, но премудро учит; там сказано, что Христос есть путь, истина и живот; следовательно, внутреннее образование юношей к деятельному христианству да будет единственною целию сих училищ». Если Комиссия духовных училищ, направляя духовное образование, будет руководствоваться этими основными требованиями, то «на сем основании можно будет созидать то учение, кое нужно им (учащимся. — Ред.) по их состоянию, не опасаясь злоупотребления разума, который будет подчинен освящению Вышнему» [1441]. Эти слова, в которых отражено умонастроение Александра I в период Священного союза, не столько очерчивали задачи духовной школы, сколько выражали тот дух, в котором надлежало воспитывать будущих пастырей Церкви и церковных ученых.
Современники высоко оценили реформу и ее принципы. О них с грустью вспоминали через 10 лет, когда дух преобразований, казалось, совершенно рассеялся. В начале царствования Николая I господствующим было критическое отношение к основным положениям реформ 1808–1814 гг.; в это время Филарет Амфитеатров, тогда епископ Рязанский, писал Филарету Дроздову: «На духовные училища смотрю я как на прекрасное растение, которое, благодатию Божиею и милостию монаршею было согреваемо и поливаемо, начинало только расцветать и обещало обильный плод, но вдруг засуха. Бог весть, откуда повеял засушительный ветр, и когда он перестанет, и что будет с сим растением» [1442]. Около 25 лет это «прекрасное растение», насажденное и опекавшееся Комиссией духовных училищ, медленно умирая, сопротивлялось «засушительному ветру». Как только после реформы 1867–1869 гг. оно успело пустить новые корни, грянула очередная «засуха» эпохи Победоносцева, окончательно погубившая его. В памяти последующих поколений деятельность комиссии осталась окружена ореолом славы, и дело тут не в ее практических успехах, а в ее принципах. Такова оценка, высказанная столетие спустя далеко не либеральным историком Церкви, профессором Киевской Академии Ф. Титовым: «Школа эта устроена знаменитою Комиссиею духовных училищ, в деятельности которой принимали участие лучшие представители Церкви и духовного просвещения 1–й половины XIX в. Школа эта, когда учился в ней Макарий Булгаков с своими товарищами, не была еще испорчена преобразованиями, какие были произведены в ней вскоре потом, по инициативе известного обер–прокурора Святейшего Синода гр. Протасова. То была школа идейная, возбуждавшая в своих питомцах дух самосознания, философского, серьезного отношения ко всему окружающему, располагавшая их к критическому свободному обсуждению всяких запросов духа и жизни» [1443].