Пищевая промышленность была одним из труднейших участков военной экономики. Пищевые предприятия до войны размещались в основном на юге и в центральных районах страны. В начале войны из 10,4 тыс. предприятий Наркомпищепрома около 5,5 тыс. оказались на временно оккупированной врагом территории, а значительное количество предприятий находилось в зоне военных действий, было разрушено или серьезно повреждено фашистскими захватчиками, что нанесло огромный ущерб основным фондам пищевой промышленности. В первый же год войны она потеряла 50% энергетического хозяйства, 40% всего технологического оборудования и лишилась важнейшей сырьевой базы для сахарной, маслобойной, табачной и других отраслей.

Помимо этого пищевая промышленность испытывала большие трудности с доставкой на предприятия сырья, материалов и топлива. Например, из-за недостаточной подачи вагонов сахарная промышленность не имела возможности переработать большое количество свеклы урожая 1941 г. В первом полугодии 1942 г. из-за невозможности доставки сырья значительно возросли простои оборудования на многих предприятиях маслобойной промышленности, особенно в Узбекской ССР, Краснодарском крае, Ростовской области, и спиртовой промышленности. Предприятия пищевых концентратов при наличии достаточного количества крупы на базах Наркомата заготовок тоже простаивали из-за трудностей с доставкой крупы на заводы. В таком же положении находились в первый год войны почти все пищевые предприятия Москвы, Горького, Казани, Новосибирска, Томска, Омска и других городов.

С большими трудностями решалась проблема обеспечения сырьем мясо-молочной промышленности. Для снабжения армии и городского населения мясом использовался скот, эвакуированный из прифронтовой полосы, а также выращенный в восточных районах страны. Из-за перебоев в снабжении сырьем неритмично работали молочные, маслодельные заводы и мясокомбинаты.

Партия и правительство оказывали большую помощь пищевой промышленности в быстрейшей переброске предприятий на восток и в организации производства на новом месте. Начиная со второго периода войны пищевая промышленность стала больше получать средств на строительство и расширение предприятий. В восточных районах в небывало короткие сроки было построено 10 сахарных, 16 маслобойных, 12 консервных, 26 спиртовых заводов, 18 табачных фабрик, десятки мясокомбинатов, молочных и других предприятий пищевкусовой промышленности.

Однако преодолеть все трудности военного времени оказалось невозможным. Так, к 1943 г. производство сахара в стране сократилось в 20 раз, поскольку до войны действовало 210 сахарных заводов, а в 1942 г. — фактически лишь 26. Падение производства в пищевой промышленности продолжалось и в 1943 г., только с 1944 г. начался некоторый его подъем. В 1945 г. валовая продукция пищевой промышленности составила 50% довоенного уровня, причем отставание ряда отраслей было еще больше: мясная промышленность дала стране 45% довоенной продукции, сахарная — 20%⁶³.

Производство основных видов продукции пищевой промышленности в 1945 г. характеризуется следующими данными⁶⁴:

Значительно увеличился в годы войны выпуск пищевых концентратов. Кроме Главпищеконцентрата к производству концентратов был привлечен ряд других главных управлений Наркомпищепрома СССР. Многие предприятия пищевой промышленности получили государственные задания в кратчайший срок увеличить выпуск концентратов и витаминов для снабжения армии. Производство концентратов во второй половине 1941 г. увеличилось в 2,5 раза по сравнению с 1940 г. В связи с неудовлетворительным выполнением плана выработки витамина «С» из шиповника Союзвитаминпром организовал производство витаминизированного хвойного напитка на подведомственных ему предприятиях и заводах других отраслей пищевой промышленности.

В период войны возросли темпы производства консервов, сухарей и других видов продовольствия длительного хранения.

В годы войны продовольственный вопрос приобрел особую остроту, поэтому большое внимание уделялось развитию рыбной промышленности и быстрому росту улова рыбы в тыловых бассейнах страны. Партия и правительство придавали огромное значение максимальному развитию рыбных промыслов в бассейнах рек Сибири и Дальнего Востока. В начале января 1942 г. ЦК ВКП(б) и СНК СССР приняли постановление, предусматривающее систему действенных мер по увеличению улова рыбы. В ходе ее реализации в Сибири были созданы новые рыбные тресты, моторно-рыболовецкие станции (МРС), 70 рыболовецких колхозов, большое количество рыболовецких бригад при сельскохозяйственных колхозах, организовывалось освоение новых рыбных районов. Так, на Крайнем Севере в совершенно не освоенных районах создавались рыбацкие рабочие поселки и рыболовецкие колхозы⁶⁵.

Расширение материально-технической базы рыбной промышленности и проведение ряда мероприятий организационного характера обеспечили успешные результаты работы. Труженики рыбной промышленности Сибири в 1943 г. почти в 3 раза превысили довоенный уровень улова рыбы. Рыбаки Дальнего Востока выловили рыбы в 1943 г. на 25% больше, чем в 1940 г. Рыболовецкие предприятия Камчатки увеличили добычу рыбы почти в 2 раза. Осваивая и развивая прибрежный лов, рыбаки Крайнего Севера выловили рыбы в 1943 г. вдвое больше, чем в 1942 г.⁶⁶

Наркомат заготовок проводил большую работу, направленную на максимальное увеличение ресурсов муки и крупы и всемерную экономию их расходования. В 1942 г. наркомат перевел подавляющее число предприятий мукомольно-крупяной промышленности с сортовых на обойные помолы, что позволило повысить выход муки, пшена, риса, овсяной крупы, увеличить их ресурсы и сократить расход зерна. Для восполнения потерь производственных мощностей мукомольно-крупяной промышленности осуществлялось строительство мельниц обойного помола по типовым проектам, главным образом на заготовительных пунктах. Для размещения мельниц использовались помещения зерноскладов, а основное техническое оборудование изготовлялось на эвакуированных предприятиях.