Одной из новых форм организации научной деятельности в военные годы стало создание ряда специальных комиссий, которые объединяли и направляли усилия крупных коллективов ученых различных отраслей знаний на быстрейшую разработку проблем, имеющих оборонное значение и способствующих укреплению военного и экономического потенциала страны. Главное внимание советские ученые сосредоточили на изучении производительных сил Урала, Сибири, Поволжья и Средней Азии с целью быстрейшего переключения их производственных мощностей, а также сырьевых и трудовых ресурсов на обеспечение нужд войны. Значительный вклад в разработку проблем военной экономики и организации народного хозяйства в условиях военного времени внесли советские экономисты.
Перестройка промышленности на военный лад началась в крайне неблагоприятных военных условиях и потребовала преодоления огромных трудностей. В первую очередь было необходимо преодолеть резкий спад промышленного производства, вызванный временной потерей важнейших экономических районов в результате первых неудач на фронте. В первые месяцы войны промышленные мощности страны сократились примерно на 38%. Кроме того, часть предприятий в связи с переходом на новую, военную продукцию уменьшила объем производства. По этим причинам выпуск валовой продукции всей промышленности СССР снизился с 12 млрд. руб. в июне 1941 г. до 5,6 млрд. руб. в ноябре 1941 г., или до 47%. К тому же имели место диспропорции между отдельными отраслями промышленности, возникавшие в ходе перебазирования промышленности на восток и восстановления эвакуированных предприятий в тыловых районах. Остро чувствовался недостаток металла, угля, рудного сырья, электроэнергии, стройматериалов.
Значительно отставала от растущих нужд военного хозяйства черная металлургия из-за неудовлетворительного хода работ по наращиванию новых производственных мощностей. Так, если в первой половине 1941 г. черная металлургия, включая добычу руд, увеличила выпуск продукции на 5% по сравнению с предшествующим периодом, то в 1942 г. она снизила, его до 62% довоенного уровня. В результате возникла явная диспропорция между размерами производства металла и потребностью в нем металлообрабатывающей и военной промышленности, а также строительства.
Резко отрицательно влияли на работу промышленности отставание по добыче угля, особенно коксующихся углей, из-за невыполнения плана ввода в действие новых шахт, а также снижение добычи нефти в основном нефтяном районе — Баку и недостаточный рост нефтедобычи в новых нефтяных районах.
От растущих нужд военной экономики отставало и производство электроэнергии вследствие невыполнения плана ввода в действие новых мощностей и аварийного состояния таких действующих электростанций, как Березниковская, Красногорская, Кизеловская, Орская и некоторые другие.
Развертывание тяжелого машиностроения сдерживалось тем обстоятельством, что во второй половине 1941 г. многие заводы по производству котлов и турбин для электростанций, гидропрессов, крупных паровых молотов, крупных кранов и т.д. перебрасывались в глубокий тыл и находились еще «на колесах».
Развитие военного хозяйства тормозило отставание ряда отраслей химической и резиновой промышленности, прежде всего производства соды и синтетического каучука, промышленности стройматериалов, лесной и деревообрабатывающей. В 1942 г. выпуск продукции химической и резиновой промышленности снизился до 79%, лесной и деревообрабатывающей — до 48, промышленности стройматериалов — до 26% довоенного уровня. Между тем в условиях войны этих видов продукции требовалось значительно больше, чем в мирное время.
Война резко ограничила возможности для роста розничного товарооборота, крайне обострила продовольственную, сырьевую и кадровую проблемы, чрезвычайно осложнила работу транспорта.
Огромных усилий требовало налаживание новых экономических связей между Центральным промышленным районом, Закавказьем и Средней Азией, с одной стороны, Уралом и Кузбассом — с другой. Система межрайонных экономических связей была нарушена в результате быстрого продвижения немецко-фашистских армий в глубь страны и нуждалась в коренной перестройке.
В этих неимоверно тяжелых условиях в гигантских масштабах развертывалось военное производство в восточных районах, предпринимались героические усилия для увеличения производства военной техники, вооружения, боеприпасов, горючего и других материальных средств, необходимых фронту.
Государственный Комитет Обороны 9 ноября 1941 г. утвердил мероприятия, направленные на значительное расширение производства военной промышленности. Намеченная программа предусматривала среднегодовой выпуск 22—25 тыс. боевых самолетов и свыше 22 тыс. танков, а также резкое увеличение производства боеприпасов. В результате принятых мер с декабря 1941 г. прекратилось падение промышленного производства в целом и наметился переход к росту выпуска военной продукции.
Во второй половине 1941 г. объем военного производства увеличился, однако выпуск боеприпасов все еще сильно отставал от выпуска вооружения. Требовалось в кратчайший срок ликвидировать разрыв между уровнем производства снарядов, мин и патронов, с одной стороны, и артиллерийских орудий, минометов и стрелкового оружия — с другой.
Действующие военные заводы при всем напряжении сил не могли сразу восполнить огромные потери в технике и вооружении, которые понесла Красная Армия в начальный период войны, а многие крупные металлообрабатывающие и машиностроительные предприятия не были тогда готовы вследствие эвакуации к выполнению даже тех военных заказов, которые предусматривались довоенными мобилизационными планами. В первые месяцы перевода народного хозяйства на военные рельсы базой снабжения фронта кроме продукции текущего производства служили государственные резервы и запасы.
С марта 1942 г. прекратилось падение производства в ведущих отраслях тяжелой промышленности, быстро возрастало производство промышленной продукции в отраслях, снабжавших военную промышленность сырьем, топливом, а фронт — горючим, снаряжением и продовольствием. В марте 1942 г. выпуск военной продукции только в восточных районах достиг предвоенного уровня производства оборонной продукции на всей территории СССР.
С середины 1942 г., когда была полностью завершена военная перестройка народного хозяйства страны, начался значительный подъем всех основных отраслей народного хозяйства. С января по декабрь 1942 г. валовая продукция промышленности увеличилась более чем в 1,5 раза, причем ускоренными темпами рос выпуск продукции военной промышленности, которая во всевозрастающем количестве снабжала Красную Армию вооружением, боеприпасами, военной техникой. Однако дальнейшее развитие военного производства и увеличение выпуска военной продукции сдерживались отставанием важнейших отраслей, обслуживающих военную промышленность, и прежде всего угольной, нефтяной и металлургической промышленности. В этих отраслях широко развернулось капитальное строительство.
В конце 1942 — начале 1943 г. достигнутый уровень развития военной экономики в тыловых районах обеспечил дальнейший количественный и качественный рост технической основы боевой мощи Красной Армии и Флота, что дало возможность создать необходимые условия для коренного перелома в ходе Великой Отечественной войны.
1943 год явился годом коренного перелома не только на фронтах Великой Отечественной войны, но и в работе советского тыла. Этот год ознаменовался ростом против 1942 г. объема основных производственных фондов более чем на 11%, валовой продукции промышленности на 17%, производства электроэнергии на 11%, добычи угля более чем на 23%, выплавки чугуна почти на 17%, выплавки стали примерно на 5%, выпуска самолетов на 46%, тяжелых и средних танков на 23%.
Характерно, что начиная с 1943 г. доля военного производства в общем объеме промышленной продукции стала уменьшаться, а доля гражданской продукции — расти. Если в 1942 г. на долю гражданской продукции приходилось 36,1%, а на долю военной — 63,9% валовой продукции промышленности страны, то в 1943 г. удельный вес военной продукции снизился до 58,3%, в 1944 г. — до 51,3 и в 1945 г. — до 40,1%. Этот факт свидетельствует о том, что оборонная промышленность СССР подошла в 1945 г. к полному удовлетворению потребностей Вооруженных Сил в военной технике. В конце 1943 г. был достигнут общий экономический и военный перевес СССР над фашистской Германией.