Стрелецкие бунты. После смерти царя Федора Алексеевича претендентами на российский престол стали двое его младших братьев: Иван, сын царя Алексея Михайловича от первой жены Марии Милославской, и Петр — его сын от второй жены Натальи Нарышкиной. Эта ситуация породила соперничество между кланами Нарышкиных и Милославских. Когда в 1682 г. с благословения патриарха Иоакима царем был провозглашен царевич Петр — младший, но выгодно отличавшийся от старшего брата крепким здоровьем, Милославские остались недовольны. Они воспользовались крайне озлобленным состоянием стрельцов, которым недавно было вдвое урезано жалованье при разрешении (в виде компенсации) заниматься ремеслом и торговлей. Однако эти занятия облагались налогами, платить которые служилым людям было и обидно, и невыгодно. Стрельцы собирались на тайные сходки, составляли списки неугодных им лиц, хотели «кинуть на копья» своих мздоимцев-начальников. Среди стрельцов распространился слух, что Нарышкины «извели» царевича Ивана. Стрелецкие полки в боевом порядке вошли в Кремль. С Красного крыльца им показали обоих живых и невредимых царевичей. Однако желание «побить бояр» уже стало непреодолимым: в кремлевских палатах началась резня, продолжавшаяся три дня. Погибли многие бояре, в первую очередь из клана Нарышкиных. По требованию стрельцов царями были провозглашены оба брата — Иван и Петр, а до их совершеннолетия опеку над ними осуществляла их старшая сестра Софья Алексеевна.

С мая по октябрь стрельцы чувствовали себя хозяевами Москвы, как и их начальник, глава Стрелецкого приказа боярин князь И.А. Хованский. Царевна Софья укрылась в Троице-Сергиеве монастыре. К ней на совет съехались думные люди, приговорившие князя Хованского как бунтовщика к казни. Князя вызвали из Москвы якобы для участия во встрече сына гетмана Самойловича, по дороге у с. Пушкино он был арестован и вскоре казнен. Софья стала собирать дворянское ополчение, а стрельцы приготовились к вооруженной защите Москвы. Однако они быстро поняли всю бесперспективность такой стратегии и принесли царям повинную. В ноябре царский двор вернулся в Москву.

Новый бунт московские стрельцы подняли в 1698 г., когда царь Петр находился за границей. Пройдя с Петром тяготы Азовского похода, стрельцы надеялись на возвращение в Москву, но их удалили из столицы. Им не нравились новшества, происходившие при дворе, возросшая роль иностранцев, задержки с выплатой жалованья. Стрельцы пытались связаться с царевной Софьей и возвести ее на престол. Все это заставило царя срочно вернуться в Москву. Но к его приезду восставшие уже потерпели поражение на реке Истре под Новоиерусалимским монастырем от войск, возглавленных боярином А.С. Шеиным. Петр сам провел следствие по этому делу, более тысячи человек было казнено, а стрелецкое войско расформировано.

Русскую культуру XVII в. часто характеризуют, заимствовав выражение И. Хейзинги, как «осень Средневековья». В этот период светские элементы культуры явственно потеснили церковные, наметились изменения в основополагающих мировоззренческих понятиях — о познании Бога и мира, о человеке и его возможностях, особенно о возможностях человеческого разума.

После Смутного времени русская культура призвана была осмыслить потрясения начала XVII в. Русское общество открыло для себя культуру Речи Посполитой (как светскую, так и православную). Но следы проникновения западной учености сначала оказались немногочисленны, и официальная Церковь стремилась их уничтожить. Смута повлияла на формирование мировоззрения «осажденного града»: Россия как последний оплот православия, Третий Рим, мыслилась в окружении постоянного натиска врагов-еретиков. Чистое православие виделось патриарху Филарету единственной консолидирующей силой общества, которое необходимо было неустанно охранять от внешних влияний. Ориентация на собственную культурную и богословскую традицию, когда все остальные версии православия виделись искаженными, не исключала использования для усиления аргументации переводных украинских и белорусских сочинений. Они присутствуют и в публицистике Смутного времени, и в богословской полемике. Это скрытое влияние начинает нарушаться в 40-е годы XVII в., когда часть интеллектуальной элиты сменила «изоляционизм» на западничество в версии украинофильства, а затем полонофильства, а другая, назвавшаяся старообрядцами, пыталась сохранить мировидение первой половины XVII в.

Важные новшества появились в сфере обучения. В Москве свои школы имели иноземные землячества: лютеранская школа существовала в Немецкой слободе, в Мещанской слободе по просьбе проживавшего здесь белорусского и украинского населения была создано училище по типу братских украинских школ. Однако среди русского населения до середины века обучение грамотности осуществлялось во внешкольных формах: в семье, в учреждениях (приказах), индивидуально у мастера грамоты, который мог иметь как одного, так и нескольких учеников. Среди горожан было немало людей, занимавшихся обучением грамоте одновременно с ремеслом или торговлей, а среди подьячих мало кто не имел учеников. В дворянских семьях учительством занимались грамотные холопы, часто пленные поляки.

Одной из главных причин отсутствия в Московском государстве школьной системы была позиция Православной церкви, отличавшаяся от католической недопущением разума в дела веры. Если католическому богословию для обоснования догматов веры требовались в качестве «служанок» науки, порождавшие схоластическую систему образования, то в православии богопостижение происходило не через разум и «внешнюю мудрость», а через нравственный подвиг и душевное умиление. Отказавшись от схоластической философии, православие не нуждалось и в схоластическом (т. е. школьном) образовании. Появление первых московских школ на фоне этой традиционной системы обучения стало удивительным новшеством. Образцом для этих школ, созданных при правительственной поддержке, послужили средневековые школы Запада. Их опыт был воспринят через школьную практику южно-русских и западно-русских земель, откуда и были приглашены учителя. Еще в 30-40-е годы XVII в. предпринималось несколько попыток пригласить к патриаршему двору греческого дидаскала для обучения греческому и латинскому языкам и другим «наукам», но тогда они не увенчались успехом. Это начинание было успешно продолжено патриархом Никоном, и греки учили детей в патриарших монастырях и при патриаршем дворе. В конце 40-х годов при активном участии окольничего Ф.М. Ртищева был организован «училищный монастырь» на Воробьевых горах, куда в качестве учителей принимали старцев из юго-западных русских земель. Это училище поддерживалось, в том числе и финансово, правительством. Достоверно известно, что здесь шло преподавание польского и латинского языков, возможно, обучали грамматике, риторике и богословию. В середине 60-е годов действовала Заиконоспасская школа, в которой постигали науки под руководством учителя царских детей монаха из Белоруссии Симеона Полоцкого несколько подьячих Тайного приказа и один певчий. Их учили латинскому языку, основам грамматики, риторики, поэтики, логики. После смерти Полоцкого в 1682 г. занятия продолжил его ученик Сильвестр Медведев, имевший уже более 20 учащихся. Наиболее многочисленной являлась Типографская школа при Печатном дворе. Здесь получали навыки славянского чтения и письма, продвинутые ученики изучали греческий. Школа готовила справщиков и переводчиков для Печатного двора. В связи с планами правительства Федора Алексеевича открыть высшее учебное заведение — Академию, «Привилегия» (Устав) для которой создавалась в 1682 г., были приглашены два ученых грека братья Лихуды. Для них при Богоявленском монастыре в 1685 г. была построена специальная «школьная палата», в которой занимались 30–40 учеников — дети людей из разных сословий. Лихудам было разрешено преподавать «все свободные науки» на греческом и латинском языках. Типографская и Богоявленская школы стали базой для создания Славяно-Греко-Латинской академии. Последняя давала схоластические знания и являлась органом надзора над религиозными убеждениями учащихся.