План рекатолизации страны (правда, без каких-либо изменений ее политического строя) на рубеже XVI–XVII вв. получил поддержку влиятельных группировок в Речи Посполитой. Католицизм представлялся идейной силой, способной создать успешные условия для восточной экспансии. Одним из первых проявлений новой политики стала принятая в Бресте при участии некоторых православных епископов и под давлением правительства уния Православной и Католической церквей на территории Речи Посполитой (1596), что должно было не только содействовать упрочению католицизма на белорусских и украинских землях Речи Посполитой как господствующей религии, но и создать благоприятные условия для экспансии католицизма на русские территории. Эти шаги, совпавшие с массовым переходом белорусских и украинских дворян в католическую веру и их полонизацией, имели весьма важные и далеко идущие последствия, хотя и не соответствовавшие расчетам политиков.

Изменение международной ориентации Речи Посполитой наложило отпечаток и на политику ее соседей. В начавшейся в 1600 г. войне Швеции и Речи Посполитой за передел бывших владений Ливонского ордена Сигизмунд III искал поддержки своим планам похода на лютеранскую Швецию не только у австрийских, но и у испанских Габсбургов. Обсуждался, в частности, проект отправки испанского флота на Балтийское море. Шведское правительство пошло на сближение с протестантскими державами, противниками Габсбургов. Новые тенденции в международных отношениях в регионе получили развитие в XVII в., в ходе Тридцати летней войны и открытой интервенции Сигизмунда III в Россию.

Османские завоевания XIV–XV вв. сопровождались турецкой колонизацией завоеванных территорий, ассимиляцией отдельных групп местных жителей, обращением части христианского населения в ислам. В первые века турецких завоеваний переселение значительных масс населения из Анатолии на Балканы являлось частью османской государственной политики. Среди переселенцев было много кочевников, которые компактно расселились в долинах рек Марица и Вардар и в Причерноморье. Эти племена, ведя полукочевое скотоводческое хозяйство, составляли своего рода этническое целое и получили впоследствии общее название «племен юрюков» (букв, «кочевников»). Вначале из них формировались вспомогательные отряды османской армии, но уже в XVI в. их привлекали лишь для дорожно-строительных работ и разработки рудников. Насчитывая к XVI в. около 250 тысяч человек, балканские юрюки стали заметным этническим вкраплением в среду местного населения. На Балканах они включили в свой состав родственные тюркские группы, в частности татар-ногайцев, переселившихся из южнорусских степей и Крыма после распада Золотой Орды.

Кроме кочевников переселялись на новые земли и оседлые турецкие жители. Они обосновывались прежде всего в городах, а также вокруг различных объектов, передававшихся в вакф, т. е. в распоряжение мусульманских благотворительных и религиозных организаций — мечетей, медресе, караван-сараев. В вакуфных владениях собирались как вновь прибывающие люди, так и потомки различных групп военных, действовавших в этих районах в период завоеваний. Переселением и расположением на определенном месте жительства руководили османские власти. После завоевания Константинополя, который турки называли Стамбулом, часть оставшихся в живых горожан-греков была отправлена в другие города страны. На их место поселялись турки и другие мусульмане из Малой Азии и Балкан. Появились на новых землях и сипахи-тимариоты, получавшие свои тимарные пожалования в Балканском регионе. Однако в количественном отношении турецкое население на Балканах составляло меньшинство, колонизация затронула лишь восточные и центральные районы полуострова. Как считают исследователи, соотношение мусульман и христиан на Балканах никогда не превышало 1:4. Значительную массу мусульман постепенно стали составлять принявшие ислам представители покоренных народов.

Установление османского господства вызвало значительные миграционные процессы и среди местного балканского населения. Часть греческого, болгарского и сербского населения Балкан, спасаясь от разрухи, истребления и угона в рабство, сопровождавших завоевание, уходила в горы и другие труднодоступные районы, переселялась в безопасные города и области, либо туда, куда еще не дошли турецкие завоеватели. Однако в стратегически и хозяйственно важных районах османские власти сумели количественно восстановить население.

Для этого его отдельным группам, которые использовались османами как военно-вспомогательные силы для охраны дорог, перевалов, мостов, предоставлялся особый статус. Они явились для османов той опорой в местном населении, которая была необходима, чтобы установить господство над регионом. С этой же целью практиковалось насильственное переселение значительных групп местных жителей. При заселении обезлюдевшего после покорения Стамбула греков переселяли из Кафы, Трапезунда, с Пелопоннеса и островов Эгейского моря, малоазиатских и балканских городов, армян — из различных районов Анатолии и Балкан, евреев — более чем из 30 балканских городов; они приезжали также из Испании и других стран Европы, где подвергались преследованию.

Одновременно с переселениями и тюркской колонизацией шла и исламизация отдельных групп местных жителей. Она происходила как насильственно, так и добровольно. Помимо принуждения, работорговли и прямого захвата рабов, особенно женщин и девушек, исламизации способствовали и материальные стимулы. Налогообложение для мусульман устанавливалось на более низком уровне. Для части господствующего класса балканских народов переход в мусульманство способствовал сохранению прежнего социального положения. Многие из так называемых христиан-сипахи (конников), сохранившие свои небольшие землевладения (тимары) после перехода на службу к османам, вынуждены были принять ислам, так как только это позволяло надеяться на получение тимаров большого размера и в какой-то мере охраняло от произвола властей. Принявших ислам христиан с самого начала османского утверждения на Балканах было много среди крупных османских военачальников и сановников самого высшего ранга.

Имелись и другие причины обращения в ислам. Так, в районах, где с XII в. среди крестьянства получило распространение учение богомилов, Католическая и Православная церкви вели против этого учения, еретического с их точки зрения, беспощадную борьбу. В этих условиях народные массы видели в переходе в ислам избавление от религиозных гонений. Кроме того, к исламу зачастую обращались те христиане, которые в результате военных действий оказывались вынужденными покинуть прежние места обитания и обустраиваться на новых землях, не сохранив при этом ни имущества, ни старых духовных ценностей и традиций. Наиболее массовый характер исламизация приобрела в Боснии и в той части албанских земель, где проходила главная дорога османского продвижения в Европу. Такие компактные этнические массы, как боснийцы, албанцы и некоторые иные, сохраняли свое этническое самосознание, но обычно местные жители, принимавшие ислам, теряли свои этнические корни и ассимилировались турками. Добровольное принятие ислама, связанное с желанием получить облегчение податного бремени и сохранить свой привилегированный статус, отличалось наибольшей массовостью.

Правда, бывали и взрывы воинствующего исламизаторства. В период завоеваний исламизаторами выступали зачастую многочисленные исламские секты. К XVI в., когда города на Балканах стали преимущественно мусульманскими, местные власти и мусульманское большинство также выступали порой как воинствующие исламизаторы, о чем свидетельствуют балканские жития христианских мучеников. Государственной же политики, рассчитанной на массовое обращение в ислам населения Балканского полуострова, в Османской империи не существовало. Более того, уже Мехмед II Фатих начинает регулировать межконфессиональные отношения в стране. Утверждаются так называемые миллеты — религиозные общины, которые получали от султана официальный статус и определенную внутреннюю автономию. Первым таким миллетом был объявлен Рум миллети, т. е. православная религиозная община. Ее главой стал назначенный султаном новый православный патриарх Геннадий Схоларий. Патриархия получила резиденцию в стамбульском квартале Фанар (Фенер). Хотя ее часто называют Греческой патриархией, предоставленная ей власть распространялась на всех православных империи — греков, болгар, сербов, молдаван, валахов, позднее православных арабов и др. Немного позднее были созданы яхуди-миллети и эрмени-миллети (еврейский и армянский). Мусульмане были объявлены миллети хакиме («господствующей общностью»), представители других религий — миллети махкюме («руководимыми, подчиненными»).