Важным фактором развития Южной Африки стало создание в 1652 г. Капской колонии. Она постоянно расширялась; все больше иммигрантов уходило в глубь континента, создавая там фермерские хозяйства. К 1689 г. коренное население — скотоводы-готтентоты — было вынуждено прекратить борьбу против отторжения своих земель. На фермах европейских переселенцев и их потомков широко использовался труд рабов. Пока Капская колония только укреплялась, европейцы не решались вступать в конфликты с автохтонным населением — готтентотами и бушменами, и рабов завозили из Западной Африки, Южной Азии, с Мадагаскара. Однако затем их основной контингент составили готтентоты. Бушмены же, охотники-собиратели, «непригодные» для сельскохозяйственных работ, подвергались истреблению.
Из переселенцев, в основном голландцев, но также немцев и бежавших сюда после отмены в 1685 г. Нантского эдикта французов-гугенотов на юге Африки сложился европейский по происхождению и языку этнос — буры, или африканеры. Результатом создания Капской колонии стало и появление так называемых «цветных» — потомков детей от расово смешанных браков (первое время разрешавшихся) и внебрачных связей.
Карта Мыса Доброй Надежды. Около 1682 г. Королевская библиотека Гааги
Развитие Мадагаскара и большинства архипелагов в Индийском океане (Коморских, Маскаренских и Сейшельских островов) в раннее Новое время, как и в Средние века, протекало в изоляции от африканского континента. На Мадагаскаре наиболее сложно организованное общество — Имерина — возникло в гористом центре острова, населенном народом мерина. Согласно его устной традиции, записанной в XIX в., сложение Имерины началось в XIV–XV вв., однако значительное расширение ее территории произошло только в XVI–XVII вв. при мпанзака (правителях) Андриаманалу (ок. 1540 — ок. 1575), Раламбу (ок. 1575 — ок. 1610) и Андриандзаке (ок. 1610 — ок. 1630). Согласно устной традиции, институты центральной власти и система распределения земель между членами правящей династии были созданы Раламбу, при нем же страна получила название, а Андриандзака основал г. Антананариву. Наконец, на грани XVII и XVIII вв. все земли мерина были объединены Андриамасинавалуной (ок. 1675–1710). Даже при нем территория Имерины не превышала в ширину 50 км, но население ее росло, и возникали новые поселения. Для управления ими правитель назначил особых администраторов, контроль за которыми должны были осуществлять четыре его сына. В конце концов Андриамасинавалуна официально разделил Имерину между ними. Начавшаяся с его смертью эпоха междоусобиц продолжалась до 1794 г.
С конца XVI — начала XVII в. общество Имерины делилось на слои: аристократов (андриана) во главе с мпанзака, получавших от него, считавшегося верховным собственником всей земли, обширные наделы в условное владение; простолюдинов (хува) — в основном крестьян, живших на землях, не переданных во владение какому-либо аристократу, и обязанных податями и повинностями непосредственно монарху, а также торговцев, лично зависимых крестьян, проживавших на землях аристократов (менакели), и рабов (андеву). Одновременно каждая из этих страт состояла из билинейных родственных групп (каразана), внутри которых обычно и заключались браки. Таким образом, с появлением деления общества на страты в Имерине установилась жесткая социальная иерархия родственных групп. Ее идеологическим обоснованием являлось представление о том, что чем выше общественное положение родственной группы, тем большая часть жизненной силы, даруемой предками (хасина), ей достается. Мпанзака, как считалось, правили совместно с предками, более могущественными, чем монархи. Внутри же любой каразана обладателями большей хасина виделись ее старшие члены мужского пола.
Имерина была далеко не единственным политическим образованием на Мадагаскаре: к концу рассматриваемого времени не только мерина, но и некоторые другие народы создали более или менее обширные и сложно организованные политии. Так, «королевства» сакалава — Менабе и Буэни (или Буйна) — занимали обширную, хотя и слабо заселенную территорию на западе острова и богатели за счет торговли рабами. Во главе них стояли представители двух ветвей одной династии — Марусерана.
Из европейцев первыми у берегов Мадагаскара появились португальцы (в 1500 г.), но все их попытки закрепиться на юго-восточном, восточном или западном побережье Мадагаскара, предпринимавшиеся вплоть до 1619 г., заканчивались неудачей. В середине XVII в. свой форт возвели голландцы, но после основания Капской колонии ликвидировали его за ненадобностью. Судьба английских колоний, созданных в 1644 и 1650 гг., оказалась особенно трагичной: в первой через год в живых осталось лишь двенадцать человек, эвакуированных на родину, от второй вообще не сохранилось никаких следов. Серьезные попытки закрепиться на острове были предприняты в 1642–1671 гг. французами. Однако в 1674 г. воины народа антануси перебили большую часть колонистов и разрушили их факторию Форт-Дофин.
В то время гораздо увереннее чувствовали себя на Мадагаскаре европейские пираты, с 1687 по 1724 г. фактически бывшие хозяевами его восточного побережья и близлежащих мелких островов. Пираты вели активные действия практически по всей акватории Индийского океана; их добыча была столь велика, что на Мадагаскаре возник настоящий «рынок черного паруса».
Лежащие между Мадагаскаром и африканским континентом Коморские острова с XII в. находились под властью Килвы, причем ислам и его культура утвердились на островах еще раньше. К рубежу XV–XVI вв., когда Коморы стали известны европейцам, Килва ослабела и на островах шла ожесточенная борьба между мелкими султанатами. Попытка португальцев в 10-е годы XVI в. закрепиться на Коморах оказалась неудачной из-за сопротивления местного населения. Столь же нелюбезно в конце XVI в. были встречены голландцы и англичане. Однако в XVII в. европейские корабли заходили сюда для пополнения запасов продовольствия. Тогда же имела место волна миграций на острова выходцев из Африки, арабских стран, Индонезии и Мадагаскара. В тот же период использовавшие Коморы как базу европейские пираты начали завозить плененных индийцев и китайцев. В результате в сформировавшийся еще в Средние века на основе смешения африканцев с арабами народ анталоатра (основное население Коморских островов и в наши дни) влились новые этнические компоненты.
Расположенные к востоку от Мадагаскара Маскаренские острова получили свое название по имени португальца Педру ди Машкареньяша, достигшего их в 1507 г. На тот момент острова были необитаемы и интерес у европейцев вызвали не сразу. В 1613 г. к острову Реюньону пристали голландцы, но, не найдя удобной гавани, тут же его покинули. В 1638 г. на островах высадились французы, и в 1642 г. Реюньон был провозглашен владением Франции, каковым остается по сей день. Островом владела французская Ост-Индская компания, во второй половине XVII в. завезшая рабов из Африки для работы на основанных ею кофейных плантациях. Со временем в результате смешения потомков рабов и их хозяев образовался креольский этнос, представители которого сегодня составляют большинство населения Реюньона.
Второй по величине остров архипелага Маврикий в 1598 г. начали осваивать голландцы. Его фактическим владельцем стала нидерландская Ост-Индская компания. Поначалу остров служил лишь стоянкой для торговых судов, но с 1638 г. голландцы начали создавать на острове плантации сахарного тростника, табака и хлопка, а также заниматься скотоводством. На плантациях использовался труд рабов, завозившихся с Мадагаскара и из Индонезии. В 1706 г. численность населения Маврикия составляла всего 236 человек. Отсутствие должной поддержки со стороны руководства Ост-Индской компании, истощение запасов ценного черного дерева и выступления рабов привели к тому, что в 1710 г. голландцы покинули остров.
Сейшельские острова к северо-востоку от Мадагаскара были открыты для Европы португальцами в первое десятилетие XVI в. В 1609 г. на Сейшелах высаживались английские моряки, но еще в конце XVII — начале XVIII в. эти острова служили лишь прибежищем для пиратов.