В конце декабря недалеко от северной оконечности Мадагаскара флотилия разделилась: четыре судна направились к Сокотре, а три других продолжили обследование острова. Вскоре, правда, один корабль затонул, второй вернулся в Мозамбик, и лишь судно Жуана Гомиша Абреу обогнуло мыс Амбр и двинулось на юг вдоль восточного побережья. У устья р. Мататана, очевидно Манандзари (у 21°21' ю. ш.), к кораблю подошли 20 каноэ с подарками — рыбой и сахарным тростником. Дружелюбие туземцев вдохновило Абреу на рекогносцировочное сухопутное путешествие. На лодке он с большей частью офицеров высадился на берег, но внезапно обрушившийся шторм перегородил проход песчаным баром. Расчистить эту преграду удалось через четыре дня с помощью орудийных выстрелов. Оставшиеся на судне, услышав выстрелы, решили, что береговая партия погибла, подняли якорь и, обогнув с юга Мадагаскар, добрались до Мозамбика.

Когда лодка Абреу выбралась из песчаной ловушки, корабль уже ушел. Потерявшие надежду португальцы некоторое время жили в прибрежной деревушке, где после болезни скончалось 12 человек, в том числе и Абреу. 13 здоровых моряков, оставив троих выздоравливающих, нарастили борта лодки и, ведомые величайшим оптимизмом, отправились в тяжелейший морской поход. Они прошли вдоль южного и части юго-западного берега острова, обследовав таким образом более 3 тыс. км побережья Мадагаскара, и взяли курс на северо-запад; пресную воду им удалось добыть только на маленьком островке Европа (у 22°30' ю. ш. и 40°30' в. д.) после стычки с туземцами, причем несколько моряков погибло. Одиссея благополучно завершилась близ о-вов Ангоши (у 40° в. д.): их подобрало португальское судно и доставило в Мозамбик.

Сумма полученных сведений о Мадагаскаре создала у властей иллюзию о богатстве острова имбирем лучшего качества, чем индийский. Короля привели в восторг заверения «очевидцев» о наличии на острове специй и драгоценных металлов, главным образом потому, что он находится значительно ближе к Португалии, чем Индия. Для проверки этих сообщений 4 апреля 1508 г. Мануэл направил к Мадагаскару четыре корабля под командой Диогу Лопиша Сикейры с инструкцией провести тщательное исследование западного побережья; главной же целью экспедиции была Малакка. 4 августа Сикейра коснулся низменного юго-западного берега Мадагаскара у 24° ю. ш., 10 августа обогнул южную оконечность острова и — в нарушение инструкции — направил двух своих людей в пешую экскурсию вдоль восточного побережья с двумя проводниками-индийцами, потерпевшими кораблекрушение 30 лет назад. У р. Манандзари португальцы подобрали двух соотечественников из отряда Абреу и двинулись далее к северу. Они шли по низменному и плоскому берегу, лишенному заливов и бухт, переправлялись через многочисленные небольшие полноводные реки и нигде не видели следов драгоценных камней и пряностей. Надежда гасла с каждым днем. Как выяснилось позже, специи попали на остров в результате крушения у устья р. Мананара (близ Южного тропика) яванской джонки с этим драгоценным грузом. Приблизительно с 18° ю. ш. приморская равнина стала сужаться, берег потерял прямолинейность. В день святого Себастьяна (20 января 1509 г.) Сикейра открыл единственный крупный залив восточного побережья — бухту Антонжиль, завершил обследование 2 тыс. км береговой полосы у мыса Амбр и развеял надежды о богатстве Мадагаскара специями и золотом. И тем не менее на карте Диогу Рибейры 1519 г. он назван «островом, богатым золотом». Все исследователи отмечали горы, протягивающиеся в отдалении от моря.

Островное «ожерелье» Мадагаскара — вулканические Коморские и Маскаренские, коралловые Амирантские и сложенные гранитами и сиенитами Сейшельские о-ва — было обнаружено португальцами, вторично после арабов, в начале XVI в. Наибольшую известность позже получили два острова из группы Маскаренских — Маврикий и Борбон, ныне Реюньон, выявленные Перу Машкареньяшем в 1507 г. Тогда они были необитаемы, и потому португальцы не обратили на них должного внимания.

Ежегодно посылая флотилии в Индию, португальское правительство решило совершенно уничтожить египетско-арабскую морскую торговлю с этой страной. Учреждена была должность вице-короля Индии, и первым на нее назначен Франсишку Алмейда. Он отплыл из Лиссабона в марте 1505 г. во главе большой военной флотилии: на борту его 22 кораблей находилось около 1500 солдат. Штормы у берегов Южной Африки сильно мешали плаванию, и 22 июля лишь восемь судов достигли Килвы. Он захватил и разграбил город, а затем построил там форт. Опираясь на этот пункт, Алмейда разграбил ряд городов на берегах Восточной Африки, нанес смертельный удар арабскому могуществу на побережье и заложил фундамент португальского господства в Индийском океане. Он организовал торговую факторию в Кочине, который с того времени стал крупнейшим малабарским портом. Его корабли охотились за арабскими и иранскими судами на Аравийском море.

В период правления Алмейды на розыски команд двух португальских кораблей, потерпевших крушение у опасных берегов Африки, 19 ноября 1505 г. из Лиссабона отправились два судна под командой Сида Барбуду. В задачу этой первой специальной гидрографической экспедиции входило детальное изучение южного и части юго-восточного берега материка. У Столовой бухты, куда он прибыл в конце апреля 1506 г., Барбуду перешел с большого корабля на каравеллу. Согласно инструкции, он должен был держаться как можно ближе к берегу, действовать только днем, а к ночи становиться на якорь; ему рекомендовалось не оставлять неизученным ни одного участка побережья. Барбуду начал работу от р. Таурптс (34°20' ю. ш., 22° в. д.), но из-за плохой погоды далеко не всегда соблюдал инструкцию. Осмотрев около 2,3 тыс. км береговой линии континента до о. Базаруто (21°40' ю. ш., 35°30' в. д.), он не обнаружил никаких признаков пропавших моряков. Обследование пришлось прекратить, так как в Софале сложилась тяжелая обстановка, и Барбуду вынужден был оставить там каравеллу и часть провизии.

В 1507 г. эскадра, посланная из Лиссабона под командой Афонсу Албукерки, направилась к Ормузскому проливу. Португальцы разграбили и сожгли поселки у пролива, убили и захватили в плен много иранцев и арабов. Всем пленным Албукерки приказал отрезать носы, кроме того, мужчинам — правые руки, а женщинам — уши. Затем, обстреляв иранские суда, Албукерки захватил г. Ормуз, наложил на него дань и построил там форт. (Вскоре, однако, португальцы были оттуда изгнаны.) Через год египтяне сделали первую, и единственную, попытку защитить свою индийскую морскую торговлю. С помощью венецианцев они снарядили большой флот в Красном море и разгромили небольшую португальскую эскадру, крейсировавшую у северных берегов Аравийского моря. Ф. Алмейда собрал тогда все свои силы и в 1509 г. наголову разбил египтян в морском сражении у о. Диу. В том же году победитель был отозван в Лиссабон, а вместо него вице-королем Индии назначен А. Албукерки. На обратном пути 1 марта 1510 г. Алмейда высадился с небольшим отрядом на берег у мыса Доброй Надежды и во время стычки был убит готтентотами.

При А. Албукерки, которого португальцы прозвали «Великим», они стали бесспорными «владыками торговли» в Индийском океане. Они заложили ряд крепостей на западном берегу Индостана и господствовали над крупнейшими индийскими портовыми городами. Ни одно купеческое судно не смело плавать в Индийском океане без португальского паспорта, так как португальские военные корабли сторожили важнейшие морские пути, ведущие к берегам Индии, топили или захватывали суда, плававшие в этих водах без их разрешения, а с моряками расправлялись, как с пиратами. Арабские портовые города в Восточной Африке платили дань португальцам. Они проникали в Красное море, завязывали торговлю с христианской Эфиопией, нападали на западные аравийские порты, начали разведку глубинных районов Африканского материка.