17 февраля генерал-лейтенант А.А. Гулевич, начальник штаба Северо-Западного фронта, отдал приказ об аресте Мясоедова, для чего прибегли к грубому розыгрышу. 18 февраля (4 марта) начальник Ковенского жандармского управления послал Сергею Николаевичу приглашение на обед. Только Мясоедов приехал, его позвали к телефону. Оставив саблю, он подошел и взял трубку. В этот момент в комнату ворвались прятавшиеся за дверью полицейские и схватили его сзади⁴⁸. Мясоедов так мало уделял внимания окружившим его тайным недоброжелателям и до такой степени не замечал готовившейся ему ловушки, что вечером того же дня, уже будучи в ковенской тюрьме, тайно передал Дистергофу записку, предназначенную матери. Дистергоф сунул бумажку (в ней Сергей умолял мать обратиться к командующему фронтом Рузскому) в карман и не мешкая отдал ее военно-судебным властям⁴⁹. Разбирательство дела Мясоедова было с самого начала дискредитировано вопиющими процедурными нарушениями. Несмотря на то что по закону расследование дел в отношении находящихся на действительной службе офицеров находилось в ведении исключительно военной прокуратуры, первоначально дело Мясоедова собирались передать в гражданский окружной суд в Варшаве, специализировавшийся на политических преступлениях, под тем предлогом, что тут может быть замешано большое число гражданских лиц. Однако вскоре от этого способа рассмотрения отказались. По совету генерал-квартирмейстера Северо-Западного фронта М.Д. Бонч-Бруевича великий князь Николай Николаевич приказал судить Мясоедова особым военно-полевым судом в Варшавской цитадели⁵⁰. Теоретически военно-полевые суды создавались только для тех случаев, «когда учинение преступного деяния является настолько очевидным, что нет надобности в его расследовании», — случай Мясоедова заведомо не подходил под это определение⁵¹. Полиция немедля перевела обреченного в Александровскую цитадель, огромное мрачное здание на берегу Вислы в северной часта Варшавы. В цитадели имелись часовня, казармы и арсенал, а также печально знаменитая политическая тюрьма, где томились поколения поляков, боровшихся за национальную независимость.

Несмотря на предательство Дистергофа, Мясоедову все же удалось сообщить семье о своем аресте. Вскоре в Варшаву приехали его мать и сестра, 2 (15) марта к ним присоединился Николай Николаевич Мясоедов, старший брат Сергея. Все трое писали прошения и обращения с просьбами о скором и благоприятном рассмотрении дела Сергея. Вот типичное письмо Николая генералу Рузскому, написанное 6 (19) марта: «Страшный позор, обрушившийся на нашу семью, вынуждает меня беспокоить Вас в это горячее время». Если брат совершил хотя бы часть преступлений, в которых его очевидно обвиняют, тогда, уверял Николай Рузского, он желал бы «повесить его своими руками». Однако сердце и разум подсказывают Николаю, что Сергей ни в чем не виноват и его арест — ошибка. Если Рузский даст себе труд вникнуть в дело, ему придется с этим согласиться⁵². Рузский оставил прошение без ответа, такова же была судьба всех официальных обращений Мясоедовых в связи с делом Сергея.

Тем временем Сергея Николаевича допрашивал варшавский чиновник Министерства юстиции по фамилии Матвеев, на которого было возложено рассмотрение дел всех гражданских лиц, содействовавших Мясоедову в его преступлениях. Благодаря допросам у Матвеева Сергей по крайней мере начал понимать, в чем, вероятно, заключаются эти «преступления». Во-первых, его обвиняли в шпионаже в пользу Германии, которым он занимался еще до начала войны (хотя и без уточнений, где, как предполагалось, он этим занимался, в Вержболово или в Петрограде, или везде). Во-вторых, его обвиняли в том, что он возобновил свою предательскую деятельность, оказывая помощь и поддержку врагу уже после своего зачисления в состав 10-й армии. Матвеева особенно интересовал один документ, который оказался при Мясоедове в момент ареста. Эта записка, озаглавленная «Адреса 19 января 1915», представляет собой список диспозиций подразделений российской армии в районе Немана. Именно Бонч-Бруевич первым отметил очень нехороший смысл этих «Адресов». В письме Матвееву от 11 (24) марта он заметил, что «передача этого документа и сообщение из него сведений нашим противникам могли повести к неудачам наших войск в наступивших после 19 января этого года боях, так как давали возможность действовать наверняка, а не прибегать к ненадежным средствам использовать мелких шпионов для приоткрытая завесы над вероятными нашими действиями…»⁵³.

Таким образом, Бонч-Бруевич первым сформулировал идею о том, что Мясоедов один виноват в поражении России в зимних Мазурских боях, и катастрофический разгром 20-го корпуса есть исключительно дело его рук. Матвеев требовал от Мясоедова подробного отчета о его отношениях с Фрейдбергами, Евгенией Столбиной, военным министром Сухомлиновым, Борисом Сувориным, Александром Гучковым и множеством других лиц, а также специально интересовался еще одним вопросом. Говорят, что Мясоедов воровал вещи из домов, брошенных вражеским гражданским населением, — действительно ли он совершил это преступление, за которое в военное время полагается смертная казнь?

Именно туманность предъявленных обвинений — ведь не были приведены конкретные случаи шпионажа или предательства — затруднила Сергею Николаевичу их опровержение. Он категорически отверг обвинения в том, что когда-либо был замешан в предательстве, а также (и это, несомненно, было ошибкой) отрицал, что имел какое бы то ни было отношение к шпионажу во время своей столичной службы при Военном министерстве. Он утверждал, что никогда не был германофилом: «Я любил всегда германскую культуру, германский порядок, но я всегда оставался русским патриотом». Что касается «Адресов», этот секретный документ попал к нему законным путем, поскольку имел непосредственное отношение к его служебным обязанностям. Как штабной офицер разведки он, в частности, объезжал фронт 10-й армии по всей его длине, устанавливая контакты со штабами формирований, находящихся на передовой, обмениваясь с ними сведениями о тактических разведывательных задачах. Раз ему предписывалось посещать эти подразделения, следовательно, необходимо было знать их местоположение — это объясняет, почему у него находился экземпляр «Адресов». Более того, этот документ был им получен только 26 января (8 февраля) — через день после начала зимней атаки германцев. Что касается присвоения имущества врага, Мясоедов признался, что действительно взял кое-что из дома лесничего неподалеку от Иоганнесбурга. Среди этих вещей были оленьи рога, несколько книг, две картины маслом, пара гравюр, стол и памятная доска в честь пребывания там в 1812 году императора Александра I. Однако это не было мародерство в нравственном или юридическом смысле. Русское командование приказало сжечь этот домик вместе с другими постройками в Иоганнесбургском лесу. Поэтому спасение вещей оттуда едва ли можно назвать кражей. Кроме того, часть предметов он взял по прямому разрешению своего командира, в том числе памятную доску 1812 года, которую собирался отдать в музей⁵⁴.

Как уже говорилось, суд нал Мясоедовым состоялся 18 (31) марта; и обвинительный приговор, как мы уже знаем, был вынесен заранее. (Смертный приговор был подписан без предварительного утверждения высшим военным руководством, как того требовал закон.) Однако и помимо этого в вердикте обнаруживаются некоторые странности, заслуживающие внимательного рассмотрения. Прежде всего Мясоедов был признан виновным в том, что он шпионил в пользу Германии до августа 1914 года, хотя не было ни свидетелей, способных это подтвердить, ни основательных доказательств. Как бы то ни было, шпионаж в мирное время, в отличие от шпионажа во время войны, карался тюрьмой, а не смертью. А по обвинению в совершении каких бы то ни было актов предательства после начала войны Мясоедов был полностью оправдан, в том числе и в том, что касается предполагаемой передачи противнику «Адресов 19 января». Конечно, Сергей Николаевич был виновен в мародерстве, что в условиях войны каралось смертной казнью. Однако, как заметил позже один го присутствовавших на суде, если бы в этих случаях закон применялся всерьез, всех русских офицеров и солдат, прошедших по австрийской или немецкой территории после начала войны, пришлось бы признать виновными⁵⁵. Что же касается роковых обвинений в шпионаже, трибуналу не было представлено доказательств, определенно инкриминирующих это деяние Мясоедову до или после 1914 года. Таким образом, суд собирался обвинить экс-жандарма в предательских действиях, предпринятых им до начала войны, при отсутствии каких бы то ни было доказательств, подтверждающих либо опровергающих это предположение. Обвинения, выдвинутые в 1912 году Гучковым и упоминавшиеся в ходе процесса, не имели совершенно никакого веса. Но даже столь безвольный и податливый суд не должен был бы выносить обвинительный приговор при наличии положительных доказательств невиновности Мясоедова, а свидетельств тому за время службы полковника в штабе 10-й армии накопилось достаточно. Если Мясоедов действительно передал немцам сведения, позволившие им уничтожить 20-й корпус, ему, очевидно, нужно было войти в контакт с врагом и сделать это в январе. По меньшей мере он должен был каким-то образом подать сигнал. Однако на протяжении всего месяца Дистергоф неотлучно находился при Мясоедове практически 24 часа в сутки и ни разу не отметил случаев контакта Мясоедова с противником. Однако подробности того, по каким пунктам был Мясоедов обвинен и в чем оправдан, были намеренно скрыты от общества. 21 марта (3 апреля) Ставка выпустила официальное сообщение по этому делу. В нем говорилось, что наблюдение за Мясоедовыми установило его «несомненную виновность». Мясоедов был замечен в связях с агентами «одной из воюющих с нами держав». И на этом основании он был обвинен военно-полевым судом и повешен⁵⁶.