В Италии, где внутренние раздоры никогда не прекращались, Фридрих очень ловко воспользовался ими, поручив на первое время ведение борьбы против ломбардских городов (Милана, Брешии, Мантуи, Болоньи, Падуи, Виченцы, маркграфа д'Эсте и Бонифация Монферратского) своим приверженцам и итальянским союзникам, а сам с главными силами направился в Австрию, чтобы поскорее покончить начатую там войну. Он прибыл в Вену, которая уже в 1236 г. открыла ворота императорским войскам. Принятый населением весьма торжественно, он оставался в Вене ровно три месяца, собрал здесь съезд князей, которые избрали его 9-летнего сына Конрада в «короли Римские и будущие императоры»; затем Австрию, Штирию и Крайну присоединил к империи, а Вену причислил к имперским городам и наградил ее население такими вольностями и привилегиями, какими пользовались в империи немногие города. В довершение всего в Вене был основан университет.

После этого управление государством было передано в руки архиепископа Зигфрида Майнцского, как «архиканцлера и прокуратора Священной Римской империи», а сам император направился в Италию, где после тщетной попытки завязать переговоры в декабре 1237 г. нанес решительное поражение Ломбардской федерации при Кортенуове на реке Ольо. Ломбардцы потеряли убитыми около 10 тысяч человек, а на отбитой у них повозке со знаменем был привезен в Кремону взятый в плен подеста главенствующего города Милана. Быть может, именно теперь удобнее всего было бы заключить мир на снисходительных условиях. Но Фридрих придал слишком большое значение своему успеху и потребовал безусловного повиновения. Действительно, города сдавались ему один за другим; войско у него было собрано сильное и многочисленное; в нем были и английские, и французские, и испанские рыцари, — и с этой силой Фридрих надеялся окончательно сломить сопротивление, которое еще оказывали ему некоторые города. Однако же поход 1238 г. закончился неудачей: Фридрих в течение трех месяцев напрасно осаждал Брешию и наконец вынужден был снять осаду. Первым следствием этой неудачи было то, что его войско стало быстро редеть, т. к. его покинули все, кто рассчитывал на победу и добычу. А тут и папа поднялся против императора. Давно уже недовольный самовольными распоряжениями Фридриха, папа окончательно разгневался, когда Фридрих отдал одному из своих побочных сыновей Сардинию, которую папа считал леном святого Петра. И когда Фридрих оставил без внимания все жалобы папы, представленные ему папским легатом в Кремоне, — папа Григорий IX в обширном послании отлучил императора от церкви, «предав сатане его тело на погибель, дабы спасти — если возможно — его душу».

И вот началась горячая распря: обе стороны непрерывно обменивались посланиями, и в этой полемике впервые проявились такие идеи, о которых в прежнее время не было и помину. В своем ответе на послание, которому Фридрих также придал форму циркулярной ноты ко всем христианским державам, он требовал общего собора, на котором мог бы предъявить со своей стороны имеющиеся у него против папы обвинения. При этом он взывает ко всем государям, приглашая их быть с ним заодно, т. к. в его лице, императора Римского, всем им нанесена обида. Папа отвечал на эту императорскую ноту новым посланием, в котором возводил на Фридриха всякие небылицы. Так, например, сравнивая его личность с «чумной заразой», он обвиняет его в страшном богохульстве и отрицании основных христианских догматов; а затем возводит на него и такое — весьма опасное по тому времени — обвинение: будто тот заявлял, что человек не должен ничему верить, чего не может исследовать путем умозаключений. Для характеристики того времени важно уже то, что подобные идеи были тогда высказаны: это несомненно доказывает, что вера в церковное учение начинала колебаться, и надо предполагать, что подобные колебания были до некоторой степени следствием крестовых походов, во время которых крестоносцы успели познакомиться с магометанскими верованиями, суевериями и даже неверием и сравнить все это со своими религиозными понятиями и воззрениями. Точно ли позволял себе Фридрих высказывать мысли, навязываемые ему второй папской энцикликой, — неизвестно, хотя он, как человек живой, любил споры, и в споре, среди кружка доверенных лиц, у него могли срываться иногда весьма смелые фразы. Даже строгое преследование ересей, проводимое им, не служит доказательством в его пользу, т. к. во все времена высокопоставленные люди допускали по отношению к себе такое свободомыслие, за проявление которого строго взыскивали с подчиненных и ниже стоявших в общественном положении людей. Однако Фридрих не замедлил с ответом и на вторую энциклику, на «эти басни лженаместника Христова», — и ответил сильно и энергично. Оказалось, что папское отлучение на этот раз произвело на общество весьма слабое впечатление; попытка создать коалицию против Фридриха из преданных папе немецких князей не удалась. Германские прелаты старались всеми силами действовать как примирители: притом и гибеллины (партия императора) всюду в Италии торжествовали над врагами Фридриха. Сам император в начале 1240 г. был уже недалеко от Рима. Переговоры ни к чему не привели, т. к. папа потребовал, чтобы и «ломбардские мятежники» были включены в условия общего мира. Ввиду такой неудачи он созвал в Риме общий собор и стал высматривать между князьями такое лицо, которое он мог бы в качестве претендента на престол противопоставить Фридриху. Но и тут папе не посчастливилось. Граф Робер д'Артуа, брат французского короля Людовика IX, категорически отказался от роли, которую ему хотел навязать папа, а когда множество французских, английских, испанских и итальянских епископов и прелатов в апреле 1241 г. сели в Генуе на корабли, чтобы отправиться на собор в Рим, флот пизанцев, преданных императору, заградил им дорогу, вынудил их принять сражение и завладел 20 кораблями из 27. В числе пленных находилось много высших церковных сановников, которые вместе с двумя папскими легатами были отправлены по приказанию императора в Неаполь.

В это время до отдаленного Запада дошли слухи о новой грозившей европейскому миру опасности. Страшная волна татарского нашествия, сломившаяся о русскую грудь, чуть задела юго-восточную окраину европейских государств. Ничтожная часть монгольской орды заглянула в Венгрию и в Силезию, развеяла прахом выставленные против нее венгерские и силезские рыцарские дружины и вновь отхлынула в привольные степи русского Юга, оставляя после себя следы опустошения и грозные слухи о возможности грядущих нашествий. По Европе молнией пронеслись имена Чингисхана и Батыя и вызвали общий, потрясающий ужас. Все заговорили о необходимости объединения папы и императора против монголов, все спешили сплотиться около папы и императора, с которым по этому случаю примирились даже такие его ожесточенные враги, как, например, герцог Фридрих Австрийский.

А между тем распря между императором и папой продолжалась. Кое-какие упования на ее прекращение появились тогда, когда старый и раздражительный Григорий IX скончался — как раз в то время, когда императорское войско находилось уже близко от Рима. Однако новый выбор папы затянулся почти на два года, до июня 1243 г., и два года Фридрих стоял на высоте величайшего могущества, внушавшего опасения даже соседним государям. Наконец выбор пал на знатного генуэзца Синибальдо Фьески из графского дома ди Лаванья. Он издавна дружил с императором, и можно было надеяться, что и теперь не станет относиться к нему враждебно. Однако Фридрих, по-видимому, не склонен был обольщать себя суетными надеждами: когда его стали поздравлять с выбором нового папы, он отвечал коротко и сухо, что «ни один папа не может быть гибеллином». Однако он выказал себя весьма примирительно настроенным и тотчас вступил с новым папой Иннокентием IV в переговоры, которые длились в течение всего 1243 г., сопровождаемые приостановкой военных действий. Император спешил с окончанием переговоров, т. к. до него доходили весьма неблагоприятные слухи из Германии,[29] и в марте 1244 г. переговоры продвинулись уже настолько, что двое комиссаров Фридриха — высшие представители правосудия в его королевстве, Петр де Винеа и Фаддей из Сессы — уже отправились в Рим для принесения присяги по предварительным пунктам обусловленного мирного соглашения. А между тем обе стороны хитрили и не доверяли друг другу и зорко следили за обоюдными действиями. Фридрих из хода переговоров вывел заключение, что папа, следуя путем своих предшественников, стремится к абсолютной, безусловной власти, с которой возможно соглашение только на почве безусловного повиновения, к которому он не чувствовал расположения и готовности. С другой стороны, и папа не мог оставаться равнодушным к быстрому усилению императорской власти. И вот в то самое время, когда он прикидывался, что готовится к личному свиданию с императором, он приказал небольшой генуэзской эскадре приплыть в гавань Чивитавеккиа близ Рима, сел на корабль и отплыл в Геную, а оттуда направился в Лион, город, который de jure принадлежал к империи, а на самом деле как резиденция архиепископа был почти независим.