В других письмах он снова призывает Лукрецию найти утешение в нежных чувствах друга: «Эти несчастья не сломили меня, они не смогли ослабить моих постоянных и страстных мыслей, они только укрепили и еще больше разожгли во мне желание служить вам». Постоянство поэта наконец вознаграждено. Лукреция признается ему в своей любви. Бембо не может сдержать радости. 5 октября он пишет ей, что пожертвовал бы любыми сокровищами, чтобы снова услышать признание, сделанное ею накануне. Он сожалеет, что она не сделала этого раньше. Далее он продолжает, что никогда ни один любовник не пылал более чистым и жарким огнем, чем тот, что в нем зажгли FF и его судьба. Он надеется что пытаясь потушить это пламя в своей собственной груди, молодая женщина сама в нем сгорит.

В другом послании его восторг достигает своего высшего выражения: «Я надеюсь только на то, что смогу еще раз созерцать мою дорогую половину, без которой я не только чувствую себя неполным, но скорее полностью не существующим».

Но письма становятся слишком частыми. Альфонс начинает что-то подозревать. 7 октября он объявляет, что приедет поохотиться в Остеллато. Ему нужна вилла Строцци, чтобы там разместить свою свиту. Он вынуждает, таким образом, Бембо уехать оттуда и оставить Лукрецию, которая по-прежнему находится недалеко — в Меделане. Молодая женщина не может пока вернуться в Феррару, где все еще свирепствует чума. В декабре поэт должен выехать в Венецию, там тяжело заболел его младший брат Карло. Когда он приезжает, тот уже умер. Страдая, он ищет поддержки в любви Лукреции: «Будьте уверены, что в печали, как и в радости, вы навсегда останетесь моим солнцем, а я всегда буду как зеркало отражать ваши лучи». Через некоторое время он посылает ей освященный медальон с восковым изображением агнца божия, который он носил на груди. Он просит ее надевать его на ночь из любви к нему, чтобы таким образом он мог быть с ней рядом, «на нежном алтаре ее сердца». Он клянется, что вернется после Пасхи. Но он не вернулся, и любовная переписка прекратилась, ее сменили благоразумные официальные письма: либо иссякли чувства главных действующих лиц этой идиллии, либо Альфонс стал уж слишком ревнив. Последнее доказательство любви поэта Лукреция получит гораздо позже — в феврале 1505 года, когда через своего типографа Альда Мануция он передаст ей экземпляр Asolani (Азоланские беседы), его диалогов о любви, с возвышенным посвящением прекрасной даме из Феррары.

Благодаря романтическому приключению с Бембо Лукреция занимает почетное место в утонченной культуре своего времени. Но события, происходящие в Риме, не дают ей забыть, что в мире царствует жестокость. Ее брат Чезаре на себе ощущает ее действие, потому что на сей раз не он направляет ход истории. После смерти Александра VI, после оказавшегося очень кратким понтификата Пия III, в начале правления Юлия II де Валентинуа чувствует себя неуверенно, он растерян и вскоре вынужден защищаться от ограбленных им сеньоров Романьи. Теперь ему нечего надеяться на помощь короля Людовика XII Французского — Борджиа для него уже никто. Суверен весьма недвусмысленно излагает свое мнение союзнику, герцогу Феррары: он ему советует отослать Лукрецию, которая еще не дала наследника его сыну! Он замечает, что причин для развода предостаточно, можно даже говорить о навязанном браке. Но ни Геркулес, ни его сын не собираются прислушиваться к этому дружескому совету: во-первых, они действительно привязались к Лукреции, во-вторых, развод опозорил бы их, а еще их останавливает то, что тогда пришлось бы вернуть огромное приданое молодой женщины.

В этой обстановке крайней враждебности Лукреция не колеблясь становится на сторону своего брата. Она сознает, что единственным залогом величия Борджиа является герцогство Романьи, завоеванное Чезаре. И крайне важно укрепить господство брата — это ее лучшая гарантия. Но Венеция вступает в борьбу, поддерживает бывших государей и помогает им вернуть их земли. Лукреция не располагает большими суммами денег, но ей удается собрать армию в 1000 пеших солдат и 150 лучников и направить их Педро Рамиресу. Это подкрепление совершает чудеса в Чезене и Имоле, где венецианцы не имеют влияния. Но верный лейтенант Чезаре не смог помешать Джованни Сфорца снова водвориться в Пезаро. Лукреция возмущена мелочностью своего бывшего мужа: он мстит, приказывая казнить гуманиста Пандольфо Колленуччо, который когда-то приехал к Чезаре с предложениями о заключении союза с Геркулесом д’Эсте.

Положение продолжает ухудшаться; используя политику то убеждения, то запугивания, Юлий II пытается вернуть крепости, а Лукреция тем временем поощряет неповиновение Риму. Вполне возможно, что она посоветовала коменданту Форли выдвинуть чрезмерные требования и потребовать вознаграждения у грозного понтифика. В любом случае не без помощи феррарской государыни гарнизон крепости добился почетного отступления. Юлий II был крайне недоволен ее поддержкой, оказанной капитанам-бунтовщикам. Он пожаловался герцогу Феррарскому, но Геркулес заявил ему, что он в этом не участвовал — все оплатила его невестка. Однако герцог позволил ей действовать и даже тайно способствовал этой затее: для него выгоднее, чтобы в Романье правили мелкие сеньоры, друзья или враги Чезаре, чем папа или грозная соседка Феррары — Венецианская республика. Помогая брату, Лукреция играет на руку интересам своего свекра и Феррары.

Не только интересы Чезаре побуждают Лукрецию пытаться спасти остатки величия Борджиа — она защищает будущее своих детей. Положение двух маленьких римских герцогов — ее сыновей Джанни и Родриго значительно ухудшилось после смерти их деда Александра VI До открытия первого конклава они препровождены в замок Сант-Анджело вместе с Чезаре. Опекун детей — Франциск Борджиа, кардинал Козенцы, готов отправить их Феррару, как только можно будет проехать по дорогам, занятым отступающими из Рима войсками. Юный Родриго и, возможно, другие дети (в крепости находятся также внебрачные дети Чезаре) страдают от эпидемии малярии, разразившейся в городе. Из-за лихорадки они не могут уехать из города. Кроме того, с момента избрания нового папы Пия III Геркулес д’Эсте считает, что не стоит привозить маленьких герцогов в Феррару. Для него предпочтительнее продать все их имущество в Италии и отправить получать образование за границу, например, ко двору Испании, откуда родом их предки. А затем они могли бы поселиться в Италии или в Испании. Особенно это касается законного сына Чезаре Родриго, который по отцу состоит в родстве с королевской фамилией Арагонов. Учитывая, что в браке с Альфонсом д’Эсте у Лукреции пока еще нет детей, Геркулес опасается, что приезд юного герцога де Бисельи в Феррару внесет сумятицу в порядок наследования герцогской короны.

Молодая женщина вынуждена повиноваться. У нее есть и другие заботы. После избрания Пия III она видит, что Чезаре разорен, и пытается воспрепятствовать распаду герцогства Романьи, но ей не удается спасти Камерино, принадлежащее маленькому Джанни Непи. С ее согласия кардинал Козенцы увозит маленьких князей в Неаполь, где в апреле 1504 года к ним присоединяется Чезаре с пропускным свидетельством Гонзальве Кордуанского. Детей опекает Санчия Арагонская — тетка юного Родриго. Она живет отдельно от мужа в прекрасном дворце, ведя княжеский образ жизни. Санчия в большой милости у Гонзальве Кордуанского, тайной советчицей которого она стала. Чезаре практически не может заниматься юными князьями. Он поглощен подготовкой своего мщения. В мае 1504 года Гонзальве приказывает арестовать его и в августе увозит в Испанию, в тюрьму. С согласия Лукреции детей отправляют в Бари к Изабелле Арагонской, вдове бывшего герцога Милана Джана Галеаццо Сфорца. Принцесса соглашается заняться их воспитанием.

Лукреции больше не довелось увидеть Родриго, умершего от болезни в августе 1512 года в возрасте 13 лет. Мы знаем, что скорбь ее была безгранична. Узнав 7 сентября страшную новость, она немедленно удалилась в монастырь Сан-Бернардино. Даже в разлуке с сыном она не переставала нежно заботиться о нем. Находясь в Ферраре, назначала интендантов в герцогстве Бисельи. Следила за тем, как они управляют, и не боялась их наказывать: за 10 лет сменилось четыре интенданта, дававших присягу сначала Гонзальве Кордуанскому, а потом кардиналу Пьетро Луиджи Борджиа. Из расходных книг Лукреции видно, какие подарки делались тем, кто опекал маленького князя: вышитые гувернанткой рубашки, маленькие шпаги из позолоченного дерева для пажей, шесть свор борзых для кардинала Пьетро Луиджи Борджиа, карнавальные маски для герцогини Бари и кукла для его дочери с гардеробом, в миниатюре воспроизводившим туалеты Лукреции.