Днями славы 13-й флотилии (и всего израильского флота) стала война «Иом Кипур» («Судного дня»). В ночь с 16 на 17 октября 1973 г. боевые пловцы, доставленные подводной лодкой, проникли на египетскую морскую базу в Порт-Саиде. С помощью магнитных мин они затопили ракетный катер советского производства типа «Комар» и по крайней мере два торпедных катера. Действия коммандос были скоординированы с ударом по базе израильских ракетных катеров.

В ночь с 21 на 22 октября израильтяне снова провели рейд на Порт-Саид. На этот раз их главным оружием стали не мины, а американские противотанковые гранатометы «Ло». Они обеспечивали штурмовым группам поражение целей с большого расстояния, что позволяло обойтись без самой опасной части операции — проникновения к цели и прикрепления мин. Добравшись до базы, израильтяне обстреляли с расстояния 110 м ракетные катера египтян. При этом они целились не в корпуса судов, а в ангары с управляемыми ракетами П-15. Предполагалось, что удастся взорвать, либо вывести из строя мощные боевые ракеты. В результате атаки был затоплен по крайней мере один ракетный катер.

В одну из июльских ночей 1985 г. в водах центральной части Средиземного моря появились два израильских ракетных катера типа СААР-4. Чтобы сделать суда «невидимыми», был предпринят ряд шагов в направлении радиодезинформации. Их радарные сигналы отражения тщательно сформировали таким образом, чтобы они не отличались от сигналов обычных траулеров. В окрестностях ливийского порта Триполи «рыбаки» начали «лов тралом». В это время с борта одного из судов в воду ушли 6 коммандос в костюмах аквалангистов и сели на ожившую под водой лодку мокрого типа, т.е. с заливаемыми морской водой отсеками для экипажей (в отличие от сухого типа, в которых команда находится внутри герметизированного аппарата и может обходиться без кислородных масок).

Подводный транспортер по форме своего корпуса напоминал самолет и имел специальные ниши для операторов. Он был оснащен объемистым контейнером для кислородных баллонов и мин. Благодаря мощному электрическому мотору он мог быстро двигаться к портовому рейду. По дороге коммандос нашли судно под каким-то экзотическим флагом, стоявшее в оговоренном заранее месте. Судно приняло на борт лоцмана и, как заранее планировалось, начало входить в арабский порт. Впрочем не исключено, что на его борту никто не знал, что под дном к корпусу с помощью мощных магнитов прилепился израильский «краб». Это было необходимо, чтобы штурмовое судно не было обнаружено чувствительными средствами противолодочной обороны. Благодаря сцеплению с большим корпусом миниподлодка надежно защищалась от глубинных бомб, которые каждые пять часов бросали во всех портовых бассейнах.

Хотя Ливия не граничит с Израилем, она считает себя воюющей с ним страной со всеми вытекающими отсюда последствиями. Ее танковые дивизии принимали участие в войнах, а террор ливийцы осуществляют непрерывно. Впрочем, глубинные бомбы сбрасывались и в израильских, египетских и сирийских портах. Заряды подбирались такими, чтобы не повредить грузовые суда, но убить или оглушить любого подводного пловца в «мягком» костюме.

Операция израильских подводников готовилась несколько месяцев. Перед этим была проведена блестящая разведывательная операция, в ходе которой в штат администрации порта Триполи был внедрен агент, который не знал, что он израильский шпион. Ему внушили, что он работает на страховую фирму, действительно существовавшую в Париже, которой нужны сведения о движении судов. Благодаря информации щедро оплачиваемого араба шестеро коммандос знали, к какому причалу подойдет их корабль-носитель. Кроме того они были уверены, что там будет достаточный запас глубины и им не грозит быть раздавленными на дне. Израильтяне также знали многое другое: точный план порта, расписание патрулирования для катеров и паромов и места, где находились их цели. А целью были два небольших невзрачных судна, принадлежащие террористической организации Абу Нидаля — крайнего крыла Фронта освобождения Палестины, не подчиняющегося Ясиру Арафату. Эта группа выделялась своими необычайно кровавыми антисемитскими нападениями во всем мире. Здесь, под опекой Каддаффи, террористы грузили оружие, боеприпасы и мины, чтобы доставить на Кипр, а затем в Ливан. Если бы этот груз был завезен на место назначения, Израиль уже не мог бы нейтрализовать последующие теракты.

Израильская операция планировалась как предостережение для ливийцев, которые давно поддерживали международный терроризм.

Проскользнув внутрь порта, коммандос переждали дежурную процедуру сброса глубинных бомб и быстро направились к берегу, где заканчивалась погрузка оружия террористов. Фиксация мин в нужных, наиболее чувствительных зонах корпусов, длилась недолго. Пошел отсчет времени до взрывов, а штурмовая группа начала отход. Для этого была использована несколько иная тактика ухода от гидролокаторов. В тот момент на внешний рейд уходил танкер. Израильтяне не «приклеились» к его дну из опасений, что после набора скорости танкер втянет их в свои винты, когда они сделают попытку отцепиться. Они просто двигались в непосредственной близости от судна, прикрываясь от локаторов его огромным корпусом. Их не обнаружили, и диверсанты смогли уйти от побережья. Все операция длилась 2, 5 часа, истощив как запасы кислорода, так и батареи электромотора. Пришлось всплыть. Коммандос дали короткий сигнал о месте своего нахождения, вызывающий корабль для эвакуации. Сами же они подкачали свои костюмы сжатым воздухом и, приобретя плавучесть, прикрепились к бую, образовав вокруг него нечто вроде «солнышка». Очередность бодрствования позволила наследникам Россетти и де ла Пенне спокойно подремать на волнах. Через несколько часов, еще до рассвета их подобрал израильский корабль, который двигался в направлении особого сигнала, принимаемого сонаром.

В 6.00 утра в Триполи раздались четыре мощных взрыва, которые сменились новыми. Два судна федаинов превратились в огненные вулканы. Таков был ход одной из удачных операций последних лет с использованием подводных штурмовых лодок. Данное описание операции не является точным, но оно позволяет установить ряд технических параметров используемого военного оборудования и тактику, применяемую в таких случаях. После 1960 г. было проведено несколько десятков подобных акций.

Во время войны «Судного дня» подразделения 13-й флотилии действовали и на Красном море. Так, в ночь с 14-го на 15-е октября коммандос вместе с группой артиллеристов напали на базу арабских сил специального назначения и нефтяные сооружения в Синае. Цель операции — лишить египетский спецназ транспортных средств — была достигнута. На якорной стоянке Рас Зафаранах израильтяне уничтожили по крайней мере 4 боевых корабля и 14 вспомогательных судов. Второй раз израильтяне атаковали стоянку в ночь с 17-е на 18-е октября и уничтожили склад горючего. Несмотря на первоначальную сумятицу, египтяне пришли в себя от неожиданности и метким огнем повредили три судна, эвакуировавших коммандос. На одном из них вышел из строя двигатель, судно начало сносить к берегу. К нему двинулась египетская пехота. Вначале египтян держала на расстоянии палубная артиллерия, но, когда кончились боеприпасы, египтяне ворвались на корабль, и начался рукопашный бой. В этот момент механикам удалось запустить двигатель, и экипаж ушел от берега. Оставшиеся на борту египетские солдаты спасались, прыгая в воду. Следующий раз израильтяне провели операцию в ночное время (с 19-е на 20-е и с 20-е на 21-е октября). В результате был взорван склад горючего в Аль-Илурханда.

Наряду со строго военными операциями силы 13-й флотилии использовались для борьбы с палестинским терроризмом. Морские коммандос преимущественно нацеливались на физическую ликвидацию лидеров террористических групп, находившихся в арабских странах. Например, 20 февраля 1973 г. подразделение 13-й флотилии вместе с парашютистами провело рейд под кодовым названием «Худ 54-55» на территории Ливана. Объектом нападения стали палестинские лагеря для подготовки террористов в Бадави и Нахар аль-Бадре. 9-го апреля 1973 г. они вместе с «Саерет Миткаль» ликвидировали руководство террористической организации «Черный сентябрь», состоявшее из 3 человек. Морские коммандос уничтожили также штаб-квартиру "Аль Фатх — вооруженного крыла Организации освобождения Палестины в Бейруте (операция «Весенняя молодость»).