Ломоносов был основателем русской материалистической философии и естествознания Его называли «Новым Прометеем» за то, что он отважно сражался против «невежд свирепых полков», гонителей «науки Прометея». Ломоносов писал, что Прометей, овладев наукой, добыл огонь и стал жертвой гонителей света, ополчившихся на него «под видом почтения богов». Ученый восклицал: «Я к сему себя посвятил, чтобы до гроба моего с неприятелями наук российских бороться».

В 1753 году во время опытов по изучению грозового электричества был убит шаровой молнией петербургский физик Г. В. Рихман. Молодой ученый Д. С. Аничков вспоминал, что слышал «от невежд и пустомелей, будто они видели ангела с огненной проволокой, которой он ударил профессора Рихмана по голове». Ломоносов опасался, «чтобы сей случай не был перетолкован против приращения наук».

В 1759 году Ломоносов предложил внести в проект устава Московского университета такой пункт: «Духовенству к ученым, правду физическую для пользы дела и просвещения показующим, не привязываться, а особливо не ругать наук в проповедях».

Для Ломоносова не религия была спасительницей людей. Он считал, что «наука есть вождь к познанию правды, просвещения, разума, успокоения народов». Именно в распространении знаний «Российский Прометей» видел силу, способную рассеять религиозные суеверия.

В 1757 году Ломоносов написал антицерковную сатиру «Гимн бороде». Его вызвали в Синод — управление православной церковью. В Синод входили представители высшего духовенства, назначенные светским чиновником — обер-прокурором Синода, которого в шутку называли «Дух святой в генеральском мундире». Синод потребовал от Ломоносова, чтобы он прекратил сочинять «соблазнительные и ругательные пашквили», а иначе его заточат в Соловецкий монастырь.

Несмотря на угрозы, ученый написал в 1761 году письмо «О размножении и сохранении российского народа», обличая священников в том, что они крестят младенцев в холодной воде, иногда со льдом. Ломоносов называл таких «упрямых попов» «душегубцами», которые «желают после родин и крестин вскоре и похорон для своей корысти». Через семь лет после этого письма врач Иван Николаевич Михайлицкий подал императрице Екатерине «доношение» о том, что «обряд крещения младенцев через погружение в холодной воде не только опасен и вредителен, но часто и смертоносен». «Доношение» врача было оставлено «без последствий».

Труды Ломоносова вдохновляли молодых ученых на борьбу против мракобесия. Одним из них был Дмитрий Сергеевич Аничков (1733–1788). В 1761 году он окончил Московский университет и там же начал преподавать логику, философию и математику. В 1769 году Аничков решил защищать докторскую диссертацию о происхождении религии. Ученый доказывал, что вера в сверхъестественный мир возникла под влиянием страха древних людей, критиковал христианское духовенство за то, что оно «простирает алчные руки к ненасытному сребролюбию». Он осуждал тех, кто запугивает «нежное отрочество» вымыслами и пустыми страхами.

В 1769 году Аничков напечатал свой труд и представил его на обсуждение профессоров Московского университета. Молодого ученого обвинили в том, что он распространяет учение Лукреция, «пролетария между философами и свиньи из сада Эпикурова». Протоиерей Алексей сообщил в Синод, что Аничков опровергает священное писание, отрицает чудеса, рай и ад. Диссертация была изъята и сожжена палачом на Лобном месте в Москве, там же, где проклятый церковью почти сто лет назад был казнен вождь восставших крестьян Степан Разин.

…Весной 1941 года в Костроме на чердаке одного из домов разбирали хлам, скопившийся здесь за многие десятилетия. Среди пожелтевших от времен газет и журналов лежал старинный рукописный сборник. В нем оказался «Гимн бороде» Ломоносова, несколько переводных трактатов французских философов и русское анонимное сочинение «Зерцало безбожия», написанное в конце XVIII века.

Неизвестное произведение состояло из семи глав, посвященных опровержению веры в существование бога. В первой главе указывалось, что до сотворения мира бог не был творцом: «Ежели получил оное титло, то имеет началом своим качество, составляющее совершенство бога. Ежели бог существовал без некоторых существенных качеств, то он не есть бог, ибо не совершен». Во второй главе отмечалось, что разум составляет свойство человека, то есть несовершенного творения бога «Бог, поелику бог, должен быть чужд сущности твари. Следственно, бог не имеет разума». В третьей главе автор утверждал, что на земле попирается справедливость и беззаконно торжествуют порок и произвол, а «следовательно совершенной воли у бога нет». В четвертой главе доказывалось, что бог не есть творец мира, так как «из ничего ничто не бывает». В пятой главе, приводя примеры различных бедствий в природе и в обществе, автор писал, что «мир не зависит от бога». В шестой главе говорилось о несовершенстве бога.

Последняя, седьмая, глава содержала выводы из всех рассуждений автора о том, «что невозможно доказать бытие того, кого нет на свете». «Допустить существование бога это значит восстать против опыта, разума, совести, это есть малевать химеры». Рукопись заканчивалась словами: «Следственно, бога нет».

В царской России духовенство оправдывало жестокое угнетение народных масс, поддерживало эксплуататоров в борьбе против трудящихся. Всякий раз, когда народ восставал, священники уговаривали не бунтовать, запугивали проклятиями.

В 1783 году первый русский писатель-революционер Александр Николаевич Радищев (1749–1802) написал оду «Вольность». В ней «враг рабства» «зрел через столетия» падение самодержавия, разоблачал его связь с православием:

В мае 1790 года Радищев опубликовал свою книгу «Путешествие из Петербурга в Москву». Императрица Екатерина, прочитав это сочинение, заявила, что оно «противно закону божию, святому писанию, православию… Христианское учение сочинителем мало почитаемо». Писатель «надежду полагает на бунт мужиков», он — «бунтовщик хуже Пугачева». Книга была сожжена. Радищева арестовали, приговорили к смертной казни, которую заменили десятилетней ссылкой в Сибирь.

Новое поколение революционеров воспитывалось на идеях Радищева, вдохновлялось его любовью к труженикам земли русской. А С. Пушкин писал: «Вослед Радищеву восславил я свободу». Поэт сочинил оду «Вольность». В ней он называет основой «неправедной власти» «сгущенную мглу предрассуждений», то есть религиозные предрассудки, считает «оградами трона» алтари рядом с темницами.

Великий поэт — автор «Сказки о попе и работнике его Балде», язвительной пародии на Евангелия «Гавриилиады». Пушкину приписывали переделку строк из «Завещания» Мелье, желавшего, чтобы «все сильные мира и знатные господа были перевешаны и удавлены петлями из кишок священников»:

Пушкин любил среди друзей — будущих декабристов — рассуждать «насчет небесного царя, а иногда насчет земнова». Были декабристы, которые доказывали, что «вера противна свободе». В стихотворении «К Прометею» В. Кюхельбекер сравнивал страдания арестованных декабристов с муками богоборца, терзаемого орлом.