Падение Ордена было чрезвычайно важно для России. Но теперь на земли Ордена претендовали сразу несколько государств. Во-первых, Великое княжество Литовское, находившееся в унии с польским королевством — Речью Посполитой. Северные территории мечтали захватить также Швеция и Дания. Так вместо одного противника перед Россией встали сразу три. Всё это сильно затянуло войну. Русские войска надолго «увязли» в Ливонии. Обстановка осложнялась и внутренними непорядками. В России началась опричнина.

В Речи Посполитой после смерти короля наступило «бескоролевье», когда на корону претендовало сразу несколько кандидатов. Возникли противоречия между Швецией и Данией. Военные действия велись с переменным успехом, то замирая, то разгораясь вновь. Наконец, на королевский трон Речи Посполитой взошёл венгерский аристократ Стефан Баторий. Талантливый полководец, он сразу возобновил войну. Собрав стотысячное войско, Баторий взял Полоцк, ещё в начале войны отвоёванный русскими, и вынашивал планы похода на Москву. Северную Ливонию (территория нынешней Эстонии) оккупировали шведы. Война вплотную подошла к старым русским границам.

Здесь на пути Батория стоял древний Псков. Город окружали мощные каменные стены с башнями. Гарнизон города был невелик — всего около 20 тысяч человек, но на защиту Пскова поднялись все его жители. Обороной руководил опытный воевода князь Иван Петрович Шуйский. «За Псковград и русскую землю биться всем до смерти» поклялись защитники Пскова. В августе 1581 года войска Батория подошли к стенам города. Король предполагал взять крепость за один день. Его солдаты пообещали отужинать в русском Пскове. Для устрашения жителей они прошли перед городом военным парадом.

Но всё обернулось по-иному. Осада Пскова продолжалась около пяти месяцев! Захватчики били из пушек по стенам, но, когда ринулись в образовавшиеся провалы, на их пути встали деревянные стены, сооружённые псковичами. Защитники города сражались отчаянно. В строй встали все — от мала до велика. Женщины и дети помогали воинам: подносили боеприпасы, провизию, ухаживали за ранеными. В бой устремлялись даже священники и монахи. Более десяти раз штурмовал Баторий непокорный город, и каждый раз его атаки кончались безрезультатно. Однажды полякам удалось захватить две крепостные башни. Но псковичи устроили в них подкопы, заложили порох и взорвали башни вместе с вражескими солдатами.

Героическая оборона Пскова сорвала планы Батория. Мужество и стойкость русских людей преградили врагам путь на Русь. Столкнувшись с таким упорным сопротивлением и потеряв немало сил, Речь Посполитая согласилась на мирные переговоры. В 1582 году Россия заключила перемирие с Баторием, а в 1583-м — со шведами. Ливонская война завершилась.

Для России она окончилась поражением. Все земли, захваченные во время войны, пришлось отдать. Более того, к Швеции отошли и русские земли, включая города Ивангород, Копорье, всё течение реки Невы и часть Карелии. Россия не только не вышла к Балтийскому морю, но и оказалась ещё больше от него отброшена. Задачу, которую не выполнил Иван Грозный, спустя полтора века осуществил Пётр I.

Вместе с внешними неудачами происходил поворот во внутренней политике. Он был связан с началом опричнины — страшного порождения русского царя.

Иван Грозный отличался непомерным властолюбием и маниакальной подозрительностью. С годами эти качества усилились. Он не доверял своим приближенным, всюду ему мерещились заговоры и измена. В неверности бояр он убедился еще в 1553 году. Тогда царь тяжело заболел. Думая о скорой смерти, он приказал боярам присягать своему малолетнему сыну. Но знать не спешила этого делать, начались сомнения. Иван выздоровел, но поведение бояр запомнил. Кроме того, у Ивана ведь был двоюродный брат — Владимир Андреевич, владевший небольшим Старицким княжеством (столица — город Старица на Волге). Владимир Андреевич был абсолютно безобидным человеком, но он пользовался некоторой популярностью у родовитой аристократии. Иван постоянно подозревал Владимира в измене, в желании захватить престол.

С детства Иван свято верил в безграничность царской власти. Любое ослушание расценивал как преступление. В отличие от деда противоречия себе не терпел и только свое мнение считал истинным. Присутствие в его окружении Сильвестра и Адашева все больше и больше внушало царю беспокойство, поскольку их идеи нередко не соответствовали его собственным. Единодержавная власть не приемлет разногласий, но она может принять во внимание другие точки зрения и править, опираясь на свой авторитет. Однако Иван пошел по другому пути. Он стал подавлять несогласных силой, главным своим методом сделал террор и превратил самодержавную власть царя в открытую тиранию.

В 1560 году царь разогнал Избранную раду. Ее участников ждали опала и ссылки. С этого времени Грозный стал править абсолютно самолично. А в декабре 1564 года неожиданно для всех Иван уехал после богомолья из Троице-Сергиева монастыря в Александровскую слободу (ныне город Александров Владимирской области). Люди не знали, что и думать. В начале 1565 года царский гонец привез в Москву два послания. В них государь объявил, что отказывается от царства из-за измен бояр и духовенства, но на посадских людей зла не держит. Так Иван столкнул высшие сословия с городскими низами. Конечно, он был уверен, что его призовут назад. А когда так и случилось, выставил свои условия и, прежде всего, заявил о своем праве казнить изменников по собственному усмотрению. Руки у Ивана теперь были развязаны. А чтобы эффективнее проводить свою политику, он разделил всё государство на две части.

Одна часть называлась земщиной, вторая — опричниной (от слова «опричь», то есть «кроме», поскольку в опричнину вошли земли, не попавшие в земщину). Опричнина была личным царским владением. В нее Иван забрал центральные и северные районы страны, наиболее доходные и развитые в хозяйственном отношении. Те землевладельцы, кто не хотел остаться в опричнине, должны были поменять свои владения на земские. Таким образом происходила перетасовка в высшем сословии России. На смену старому боярству приходили новые люди. В опричнине была даже своя Боярская дума. Забрал к себе царь и часть дьяков из московских приказов. По сути своей, опричнина становилась государством в государстве.

Для своей охраны и поддержки царь создал и собственное войско. Поначалу в него входило около тысячи человек, но число это постоянно росло. В опричники пошли не только бояре и дворяне, но и всевозможные авантюристы, в том числе и иностранного происхождения. Главное, что роднило их, — личная преданность царю и полная зависимость от него. Иван хотел создать слой, на который мог опереться и тем самым еще больше укрепить свою безграничную власть. Центром опричного войска стала Александровская слобода.

В своем безумии Иван дошел до прямого издевательства над церковью. Сам он был своего рода игумном опричников, а опричники — монахами. Они одевались во все чёрное, а к седлам своих коней привешивали собачьи головы, означавшие собачью преданность царю, и метлы, чтобы «выметать» из страны измену. Только в отличие от монахов опричники занимались совсем другими делами.

Начался беспредельный террор. По приказу царя опричиники громили усадьбы бояр и крестьянские дворы. Они грабили, убивали и насиловали. Кровь лилась рекой. Жесточайшие казни и разгульные попойки сменялись молитвами и постами. Царь буквально упивался убийствами. Казнили всех подряд — и аристократов, и незнатных дворян, и представителей духовенства. С прочим людом и вовсе не считались. Страну уничтожал собственный правитель. Временами, казалось, Иван одумывался. Он бросался на колени перед иконами и отбивал земные поклоны. Но потом все начиналось снова. Безумие царя, которому всюду мерещились измены и крамола, толкало его на самые подлые преступления. В огне террора погибли десятки боярских родов. Земский собор обратился к царю с просьбой отменить опричнину. В ответ царь приказал казнить около двухсот челобитчиков. Решительно осудил опричнину и митрополит Филипп. Грозный приказал лишить его сана и сослать в монастырь. Там страдальца задушил один из главных опричных палачей — Малюта Скуратов. Пал жертвой и Владимир Андреевич. По приказу Ивана его отравили вместе с молодой женой и маленькими детьми. Мать Владимира Андреевича княгиню Евфросинью, утопили в реке. Больше никаких родственников, кроме собственной семьи, у царя не осталось. Опричный разгул, массовые казни, грабежи и погромы превратили опричное войско в банду убийц и мародеров. В 1570 году с этой бандой царь двинулся на Новгород.