Появилась новая система государственного управления. Во главе государства стоял царь. Роль законодательного и совещательного органа при нем, как и прежде, играла Боярская дума. Но теперь ее состав увеличился почти втрое, что дало возможность ослабить в ней роль старой боярской аристократии. Новым государственным органом стал Земский собор, впервые созванный в 1549 году. Он принял решение составить новый Судебник и наметил пути дальнейших преобразований. Впоследствии соборы созывались нерегулярно, но все же достаточно часто, вплоть до 80-х годов XVII века. На них решались важнейшие государственные дела, прежде всего связанные с внешней политикой и финансами. Впоследствии в периоды междуцарствий на соборах выбирались и новые цари. В состав соборов входили Боярская дума, так называемый Освященный собор, состоявший из высших иерархов Русской православной церкви, представители различных сословий России — дворянства, посадских, на соборе 1613 года присутствовали даже черносошные крестьяне. Таким образом, это был сословный орган, принимавший участие в управлении страной.
К середине XVI века начала складываться система приказов — учреждений, ведавших отдельными отраслями государственной жизни или даже отдельными регионами государства. Само слово «приказ» произошло от того, что эти функции управления стали поручаться, «приказываться» боярам. При Иване Грозном сформировалось около двух десятков приказов, а впоследствии их число увеличивалось и к концу XVII века достигло 50. Одним из первых приказов стал Посольский, занимавшийся внешней политикой государства. Его возглавлял дьяк Иван Михайлович Висковатый. Адашев стоял во главе Челобитного приказа, высшего контрольного органа, разбиравшего просьбы, о которых шла речь в челобитных. Поместный приказ ведал распределением поместий между служилыми людьми, Разрядный — военной службой бояр и дворян, Пушкарский — артиллерией, Разбойный боролся с «лихими людьми», разбойниками. Некоторые приказы занимались отдельными территориями государства, так, после присоединения Казанского и Сибирского ханств возникли приказы Казанского и Сибирского дворцов. Во главе приказа стоял боярин или дьяк — крупный государственный чиновник, которому подчинялись подьячие. Число их было невелико, но они вели всю делопроизводственную работу. Формой приказного делопроизводства были столбцы, то есть свитки склеенных друг за другом листов бумаги, достигавшие иногда нескольких десятков метров в длину.
Изменилась и система местного управления. Если раньше сбор налогов поручался боярам-"кормленщикам», которые становились фактически правителями отдельных областей и жили за счет поборов с населения, то в 1556 году кормления были отменены. Власть на местах полностью перешла в руки выборных из местного населения: губных старост из дворян — в районах дворянского землевладения, земских старост из зажиточных крестьян — в районах черносошного крестьянства, городовых приказчиков или излюбленных голов из посадских — в городах. Это позволило укрепить местную администрацию, ограничить боярский произвол, ввести элементы самоуправления.
Территория страны в административном отношении была разделена на уезды, границы старых удельных княжеств перестали существовать. Таким образом, государство приобрело единую территориальную структуру и четкую систему управления — сформировалась сословно-представительная монархия.
Изменения в государственном управлении вызвали необходимость в новом своде законов — в 1550 году был принят новый Судебник, взамен старого, существовавшего с 1497 года. Составители нового Судебника внесли в законодательство ряд изменений, связанных с усилением центральной власти. Текст свода был четко систематизирован по отдельным статьям. Впервые вводились наказания для взяточников — от самых мелких, подьячих, и кончая боярами. Право ухода крестьян от владельца в Юрьев день хотя и подтверждалось, но плата за «пожилое» была увеличена. Феодал теперь отвечал за преступления своих крепостных, что еще больше связывало крестьян с их господином. Отдельные положения Судебника в последующей законодательной деятельности царя уточнялись и даже изменялись. Тем не менее вплоть до 1649 года Судебник Ивана Грозного оставался основным сводом законов Московского государства.
Единое государство нуждалось и в единой денежной системе. Она была создана еще во время регентства Елены Глинской в 1534—1535 годах. Раньше на Руси существовало две системы денежного счета — московская и новгородская. Теперь основной денежной единицей страны стал московский рубль (200 денег). Была изменена и налоговая система. Население России обязано было нести тягло — целый комплекс натуральных и денежных повинностей. В середине XVI века единицей налогообложения стала соха. В нее входило определенное количество четвертей земли в зависимости от качества земли (земли делились на «добрые», «середние» и «худые») и ее принадлежности разным категориям владельцев (служилые, церковные и государственные). С каждой сохи население платило определенный налог.
Важные изменения затронули и вооружённые силы государства. Ядро армии составляло тогда дворянское ополчение. Для того чтобы сделать его сбор быстрым в случае военной необходимости, в 1550 году решено было отобрать тысячу «лутчих слуг» из числа дворян и выделить им поместья под Москвой. Всего таких дворян оказалось чуть больше тысячи — 1078 человек, они должны были стать верной опорой царской власти. Но, судя по всему, большинство из них так поместий и не получило, поскольку свободной земли в районе Москвы не нашлось. Зато правительство Ивана приступило к формированию постоянного стрелецкого войска. Первоначально его численность была невелика — около 3000 человек, однако они составили важную часть русского войска, входя в категорию так называемых «служилых людей по прибору», то есть по набору. Для унификации военной службы было принято в 1555 — 1556 годах соответствующее уложение. Оно ввело точный порядок службы, определило, с какого количества земли — вотчины или поместья — дóлжно выставлять одного вооружённого воина на коне. Было даже определено, что тот феодал, кто «выставит» больше людей, получит «помогу», своеобразную премию, а тот, кто меньше, должен будет заплатить определенный штраф. Все эти меры укрепили русское войско и подняли его боеспособность.
Четкой структуризации высшего сословия способствовало и ограничение местнических споров, зачастую вносивших сумбур в государственную и военную жизнь. Около 1555 года был составлен «Государев родословец», официальный справочник о происхождении и генеалогии знатных русских родов. Тем самым оформилось объединение феодалов различных русских княжеств в единое сословие Московского царства.
Не обошли реформы и церковную жизнь. В 1551 году был созван церковный собор, получивший название Стоглавого, поскольку его решения были сформулированы в ста главах единого документа — «Стоглава». Непосредственное участие в организации собора принял и сам царь. Собор унифицировал церковные обряды для всей Русской православной церкви. Ещё так называемыми Макарьевскими соборами 1547 и 1549 годов был определён общерусский пантеон святых, многие местнопочитаемые святые были канонизированы официально. Регламентации подверглось и церковное искусство: предписывалось создавать новые произведения, следуя определенным образцам, среди которых особое место заняли творения Андрея Рублева. Возник вопрос и о церковном землевладении. Было решено оставить церкви все земли, приобретенные до Стоглавого собора, но впредь покупка и получение земли в дар должны были производиться только с царского разрешения. Таким образом, церковное землевладение было поставлено под царский контроль. Большое внимание собор уделил нравам духовенства. Монахам было запрещено пить водку, а протопопам предписывалось следить за поведением рядовых священников, чтобы «не билися и не лаялися и не сквернословили и пияни бы в церковь и во святый олтарь не входили, и до кровопролития не билися». Борьба за чистоту нравов должна была поднять авторитет духовенства и способствовать усилению престижа церкви в общественной и государственной жизни.
