Хоть Норвегии удалось остаться вне первой мировой войны, Нансен жестоко страдал из-за ежедневного истребления людей, из-за будущего, которое сулит война человечеству. Он писал: «Должно наступить возрождение, новая эпоха придет с новыми идеалами, духовные ценности снова будут почитаться, а материальные — ничего не будут стоить. Будут уважать только разум. Тогда толпа и посредственные люди не будут править миром, а великие личности поведут человечество навстречу величественному золотому веку».

Германия объявила о начале неограниченной подводной войны, и маленькая Норвегия, обладавшая большим торговым флотом, жестоко страдала. Положение страны стало отчаянным, когда в 1917 г. США заявили о прекращении снабжения продовольствием нейтральных стран из-за необходимости поставлять продовольствие своим союзникам. Нансен был командирован в Вашингтон. После длительных переговоров он обеспечил Норвегии наиболее благоприятные условия в соглашении с США.

Во время первой мировой войны Нансен выступал за нейтралитет Скандинавских стран. Он говорил, что великий долг малых стран, стран нейтральных, — бороться за сохранение лучших сторон человеческой морали, хранить и развивать свое культурное наследие и во время войны, и после нее. Нансена чрезвычайно заботило то, что воюющие страны нарушали этические и возвышенные стремления людей в отчаянной схватке за существование и победу. «Без подлинной морали, — говорил Нансен, — подлинная культура обречена».

Каннибальские оргии первой мировой войны окончились. 13 миллионов растерзанных тел было погребено. Бесчисленное множество людей стали калеками, больными, контуженными, безумными, горе и отчаяние пришло в миллионы прежде счастливых семей. Хаос, уныние овладели Центральной Европой. Революция пылала на востоке Европы. Спекуляция и озлобление расцвели в других уголках континента. Наука стала производить во все большем количестве страшное оружие для уничтожения еще больших масс людей в случае новой мировой войны.

Предпринимались попытки борьбы с безумием, попытки предотвратить новую войну. Нансен был избран Англией и США арбитром в случае спора этих держав-победительниц. Он мужественно поддержал идею Лиги Наций и был главным действующим лицом в движении за вступление в Лигу Норвегии и остальных Скандинавских стран. На предварительных переговорах в Лондоне и Париже Нансен представлял взгляды нейтральных стран и поднимал свой голос против планов превращения Лиги Наций в расширенный блок держав-победительниц.

В 1919 г. Нансен писал: «Спасение и будущее человечества — в союзе народов, в объединении наций».

В 1920 г. была создана Лига Наций со штаб-квартирой в Женеве, а спустя два месяца здесь же обосновался Международный Красный Крест. В это время проблема военнопленных казалась неразрешимой. Национальные организации Красного Креста были беспомощны, и Международный Красный Крест обратился к Лиге Наций, которая занялась этим трудным вопросом еще до своей первой ассамблеи. Секретарь Лиги Наций Филипп Ноэль Бейкер был направлен в Норвегию, чтобы уговорить Нансена оставить научные занятия и посвятить себя организации репатриации сотен тысяч исстрадавшихся военнопленных.

В свое время Нансен обратился к соотечественникам с призывом принять в свои семьи голодающих детей из Германии и Австрии. Более шестидесяти тысяч детей были доставлены поездами в Скандинавские страны. Но задача, возложенная теперь на Нансена, была неизмеримо более обширной и трудной. Самый благородный период его жизни начался, когда Нансен приближался к своему шестидесятилетию.

В России — в Сибири и Туркестане — более полумиллиона пленных уже гибли от тифа, холода и голода. В дополнение к бесчисленному множеству пленных солдат царское правительство переселило в различные области России около 350 тысяч гражданского населения — мужчин, женщин, детей и стариков — из Польши и Галиции. Их страдания были неописуемы. Скандинавский Красный Крест оказывал им медицинскую помощь и еще до победы Октябрьской революции вывез 60 тысяч тяжело раненных пленных. После революции в России пленные, захваченные царскими войсками, неожиданно стали свободными гражданами, и переполненные поезда везли их на запад, навстречу свободе. Из отдаленных районов Сибири и Причерноморья бесконечные толпы пленных пробивались пешком через гигантскую страну в поисках свободы. Многие находились в плену уже пять лет. Восстали чехословаки, захватили Сибирскую магистраль и присоединились к белым армиям, на помощь которым пришли державы Антанты. Белые наступали с юга — к северу от Украины — и с востока. В Польше и Прибалтике кипела ожесточенная борьба. Красные и белые схватились в смертельной борьбе, а измученные и вырвавшиеся из плена люди оказались в ловушке, снова отрезанные от родных рубежей.

Первым делом Нансена было добыть средства на репатриацию пленных. После отчаянных призывов и долгих переговоров отозвались некоторые из малых стран — Норвегия, Швеция, Дания, Голландия, Швейцария, а позднее также Англия и Франция. Нансену удалось обеспечить средства (полмиллиона долларов) для начала своего колоссального труда. Сам Нансен работал без вознаграждения, он разъезжал в вагонах третьего класса и останавливался в самых дешевых гостиницах.

Лига Наций не признавала Советскую Россию, и в качестве ответной меры Советское правительство отказывалось вести переговоры с Нансеном, действовавшим по поручению Лиги Наций. Без тесного сотрудничества советских органов с властями западных держав усилия Нансена были бесплодны. Однако русские были готовы сотрудничать с Нансеном как уполномоченным отдельных правительств.

В самый короткий срок Нансен создал частную центральную организацию путем координации работы Красного Креста с существовавшими благотворительными обществами в США — с квакерами и другими корпорациями, представительства которых вместе с уполномоченными от Советского, германского и австрийского правительств были собраны в Литве, в Каунасе. Созданная Нансеном организация получила название «Помощь Нансена» и пользовалась непосредственным правом сношений с Западом и Востоком — с Советской Россией. Товарные составы с продовольствием, одеждой, медикаментами под контролем Советского правительства шли в лагеря военнопленных в Сибирь, Туркестан и Причерноморье. Пломбы и подпись Нансена на опечатанных в вагонах грузах должным образом уважались всеми. Все грузы доходили по назначению. Поезда, доставлявшие освобожденных военнопленных, немедленно возвращались для дезинфекции в сборный пункт — порт Нарву.

Между Советской Россией и Польшей вспыхнула война, транспорты были вынуждены уходить из Нарвы морем. После ряда бесплодных жалоб Нансен лично направился в Лондон и добился освобождения 14 захваченных немецких судов. Эти суда были приспособлены под транспорты, перевозившие пленных из Нарвы в родные места. В обратный рейс транспорты брали партии русских пленных, возвращавшихся из лагерей Центральной Европы на территорию Советской России. Свыше 200 тысяч русских военнопленных было возвращено таким образом на Родину.

Балтийское пароходство не могло разрешить все транспортные проблемы. Как-никак военнопленные принадлежали к 26 нациям Европы, многим из них предстояло проделать путь от северных морей до Афганистана, Китая и Владивостока. Нансену удалось организовать американское благотворительное общество, и оно вместе с Красным Крестом предоставило средства в один миллион долларов. Были зафрахтованы по невысокому тарифу суда. Открылись новые сборные пункты на Кавказе и на русском побережье Черного моря.

Целый поток проблем хлынул также с Балканского полуострова. Греция и Югославия, например, пытались эксплуатировать труд 25 тысяч болгарских военнопленных. Сотни греческих детей потеряли родителей и в военное время были усыновлены в Болгарии. Пришлось создать особую организацию для выявления этих детей и обмена их на заложников, которых удерживало греческое правительство.

Нансен преодолел все препятствия. Менее чем через год, в сентябре 1921 г., Нансен — верховный комиссар Лиги Наций — смог доложить Ассамблее Лиги, что 447 604 военнопленных из 26 стран возвращены к родным очагам. Расходов потребовалось менее одного фунта стерлингов на человека. Секретарь Лиги Наций Ноэль Бейкер имел основание воскликнуть, что едва ли есть страна в Европе, где бы матери и жены не плакали от благодарности за содеянное Нансеном.