Авторы «Записки…» утверждают, что современный режим просвещения в России «представляет собой общественное и государственное зло», подрывающее авторитет науки и просвещения. Наука может развиваться только там, «где она свободна», ограждена от постороннего посягательства, «где она беспрепятственно может освещать самые темные углы человеческой жизни. Где этого нет, там высшая школа, и средняя, и начальная должны быть признаны безнадежно обреченными на упадок и прозябание».

До последней части текста авторы «Записки…“ ограничиваются сферой положения науки и просвещения, хотя и связывают эту сферу с общим отношением к ней государственных инстанций. Но в конце, в последних трех абзацах, они прямо переходят к вопросу несостоятельности всего государственно-общественного порядка России и необходимости изменения его. Деятели науки и высшего образования убеждены, что положение с народным просвещением и наукой неразрывно связано с необходимостью “''полного и коренного преобразования современного строя России'' на началах законности, политической свободы, народного представительства для осуществления законодательной власти и контроля над действиями администрации» (83). В «Записке…» высказана мысль, что «…академическая свобода несовместима с современным государственным строем России. Для достижения ее недостаточны частичные поправки существующего порядка, а необходимо полное и коренное его преобразование. В настоящее время такое преобразование совершенно неотложно <…> мы, деятели ученых и высших учебных учреждений, высказываем твердое убеждение, что для блага страны безусловно необходимо установление незыблемого начала законности и неразрывно с ним связанного начала политической свободы. Опыт истории свидетельствует, что эта цель не может быть достигнута без привлечения свободно избранных представителей всего народа к осуществлению законодательной власти и контролю над действиями администрации. Только на этих условиях обеспеченной личной и общественной свободы может быть достигнута свобода академическая — это необходимое условие истинного просвещения» (НЗ88-89). «Записка…» — не революционный документ. Более того — она осуждает насилие. Но при этом она требует коренного изменения существующего порядка.

«Записка…» задумана «как учредительный манифест и идейная декларация» полупрофессиональной — полуполитической организации деятелей науки и высшей школы — Академического союза. Постановление о необходимости создания его было принято «Союзом освобождения» и поддержано участниками «банкетной кампании» в ноябре — декабре 1904 года. Учредительный съезд Академического союза состоялся 26–28 марта 1905 года (83). Он возник не сам по себе, а в контексте идеи создания профессиональных союзов интеллигенции, руководимых Союзом союзов. Образование последнего было оформлено на его первом съезде 8–9 мая 1905 года, в присутствии делегатов 14 профессионально — политических союзов, в том числе и Академического. В 1906 году их состав расширился до 19 организаций.

Ученые ожидали от власти существенных реформ самодержавного государственного строя, надеялись на царя, но они и открыто заявили о коренной несостоятельности существующего порядка, выступая смело и прогрессивно. Не многие были способны на такие заявления в более поздние времена, вплоть до нынешних. Для того, чтобы подписать «Записку…» требовалось гражданское мужество. Ученые — государственные служащие, которые могли лишиться не только средств существования, но и возможности заниматься наукой, любимым делом. Но эти соображения их не остановили.

Смелость ученых не осталась без внимания начальства, выразившего недовольство. Председатель ученого комитета Министерства народного просвещения (Н. Сонин) в специальном письме главе ведомства генералу В. Глазову отмечал, что «выходка» профессоров, подписавших «Записку…», «не должна пройти для них без самых серьезных последствий», в виде освобождения их от должности или «приостановления им выдачи вознаграждения». Глазов предложил министрам финансов, внутренних дел, путей сообщения, земледелия и государственных имуществ выработать согласованные меры, направленные против подписавших «Записку…», работающих в подчиненных им высших учебных заведениях. Своих подчиненных Глазов готов был подвергнуть даже уголовному преследованию или увольнению, как лиц, которые могут нанести ущерб «интересам учебного дела и долгу службы» (84).

Лишь неблагоприятная для властей обстановка революционной ситуации помешала привести эти меры в действие. Однако, каждый из 342 работников Академии, подписавших «Записку…», получил «циркулярное письмо» президента Академии Наук великого князя Константина Романова, в котором ставилось им «на вид внесение в науку политики и нарушение долга подданных». Князь саркастически рекомендовал ученым отказаться от жалованья, получаемого от «порицаемого ими правительства».

Ученые ответили отповедью на письмо князя. От их лица академик Карл Залеман заявил: «Молчать в данный момент — значит одобрять всё, чего одобрять мы не можем». Другой академик, Алексей Ляпунов, писал великому князю: «Мы считаем, что наша прямая обязанность была высказать, в чем мы видим исход из настоящего тяжелого состояния. На нас лежит этот нравственный долг перед отечеством, перед которым мы обязаны своим высоким положением, и перед народом, из средств которого составляется получаемое нами казенное содержание» (84–85). В том же ключе ответили другие ученые. Некоторые направили князю демонстративное прошение об отставке (Иван Бородин). Скандал разрастался, и великий князь был вынужден принести коллегам-академикам свое извинение. В итоге ни один из академиков, профессоров, приват-доцентов не отозвал свою подпись под «Запиской…». Рост членов Академического союза не только не прекратился, но и увеличился. К октябрю 05 г. он достигнул максимума в 1800 человек, состоявших в 44 организациях 39 высших учебных заведений. Отделение Союза образовали и профессора, находящиеся по разным причинам во Франции — преподаватели Высшей вольной школы политических наук в Париже (Илья Мечников, Максим Ковалевский, Юрий Гамбаров, Павел Виноградов, Николай Кареев, Иван Лучницкий, Максим Винавер).

Но вскоре в Академическом союзе произошли изменения… Уже во второй половине сентября 1905 года профессорские коллегии столкнулись с непреодолимым препятствием — со всенародными антиправительственными митингами в помещениях университетов и институтов, находившихся под защитой академической автономии. Сначала митинги проходили во внеучебное время, а потом без всяких ограничений. К октябрю высшие учебные заведения превратились в легальные центры подготовки всеобщей политической стачки и вооруженного восстания. Оживившаяся на время учебная жизнь в такой обстановке быстро заглохла. Академические либералы (кроме петербургской профессуры), никогда не сочувствовавшие студенческим демонстрациям, сочли за благо, для спасения высшей школы, подчиниться правительственному приказу от 14 октября 1905 года и закрыть высшие учебные заведения. Такое послушание было неодобрительно встречено большинством участников Союза союзов. Трещина между руководством последнего и Академическим союзом все более углублялась. Тенденция к выделению «академиков» из Союза союзов становилась очевидной. По инерции еще проводились какие-то общие мероприятия. Так профессура признала обязательность постановления общего собрания союзов от 14 октября о присоединении к всероссийской забастовке. Академический союз, как и другие, создал фонд помощи бастующим рабочим. Участвовали профессора в сборе средств «для помощи бывшим и настоящим узникам Шлиссельбурга». Видимость единения была окончательно подорвана Манифестом 17 октября 1905 года. Академический союз отверг отрицательную оценку манифеста, принятую Союзом союзов, посчитавшим манифест не удовлетворяющим «неотложным требованиям». Академический союз призвал же к немедленному претворению в жизнь декларированных манифестом свобод. Либеральная профессура сочла, что революция исчерпала себя, а Манифест создал необходимые конституционные предпосылки для мирного превращения самодержавия в ограниченную, подобную английской, монархию. Академические либералы, не без основания, полагали, что дальнейший революционный натиск на власть неминуемо приведет к кровопролитию и политической реакции. Декабрьское вооруженное восстание и события после 3 июня 1907 года оправдали их худшие опасения.