5 июня 1998 г. началась война в воздухе. Пара эфиопских истребителей-бомбардировщиков МиГ-23БН атаковала международный аэропорт Асмэры и базу эритрейских ВВС. Один из самолетов был сбит огнем эритрейских сил ПВО. На следующий день атаку повторили два МиГ-21МФ, и вновь один из самолетов был сбит (в тот же день под Мэкэле (Mekelle) был сбит эритрейский Aermacchi MB-339FD). Пилот сбитого МиГ-21МФ, один из наиболее опытных эфиопских летчиков полковник Беззабых Пе-трос, попал в плен. После этого в эфиопских ВВС осталось всего четыре опытных летчика, причем один из них превысил возрастной ценз для полетов. На тот момент еще 26 пилотов армии Менгисту находились в заключении, но соглашались вернуться на службу только после выплаты компенсации и принесения официальных извинений[160].

Эфиопское командование явно стремилось уничтожить на земле крайне небольшие ВВС Эритреи в самом начале войны. Однако это стратегическое решение реализовать не удалось, прежде всего из-за отсутствия точных разведданных, использования для нападения слишком небольших сил и хорошей работы эритрейской системы ПВО[161].

В воздушных боях кампании 1999 г., где впервые проверили друг друга на прочность российские истребители Су-27 и МиГ-29, верх одержали «Сухие», достоверно сбив один МиГ-29 (эфиопы заявляли об уничтожении пяти машин)[162].

В целом господство в воздухе принадлежало эфиопским ВВС. С самого начала войны ударная авиация Эфиопии наносила удары на всю глубину территории Эритреи по военным и промышленным объектам, аэродромам, авиабазам. Самой успешной операцией стала атака главной базы эритрейских ВВС в Асмэре 29 мая 2000 г.[163] Впрочем, четверка эфиопских МиГ-23БН вывела базу из строя на заключительном этапе войны, когда ее исход уже был ясен.

Эритрейские ВВС не нанесли по территории Эфиопии ни одного значительного удара после кампании 1998 г. На воздушные атаки населенных пунктов противоборствующие стороны ввели взаимное эмбарго 14 июня 1998 г. при посредничестве США.

Штурмовая и вертолетная авиация Эфиопии осуществляли поддержку своих войск на линии фронта, нанося ракетно-бомбовые удары по позициям противника. Эритрейские штурмовики и боевые вертолеты активно поддерживали свои войска в ходе кампаний 1998 и 1999 гг., но в 2000 г. эритрейские части действовали фактически без воздушного прикрытия. Исключением стал момент, когда при отступлении из Бадме эритрейское командование бросило в бой все имеющиеся штурмовики Су-25, задержав продвижение противника.

В то же время эритрейская ПВО продемонстрировала хорошую тактическую гибкость, мобильность и, как следствие, высокую эффективность. Ее подразделения использовали старую тактику, с успехом применявшуюся повстанческими отрядами во время войны за независимость. Примерные маршруты движения авиации противника тщательно вычислялись, на них размещались зенитные установки и ПЗРК. Они также достаточно эффективно прикрывали свои части во фронтовой полосе. По разным данным, расчетам эритрейских ПВО удалось сбить шесть-восемь эфиопских боевых самолетов и три вертолета[164]. Один Ми-35 был захвачен эритрейцами вместе с экипажем, который совершил вынужденную посадку на вражеской территории.

 6 февраля 1999 г. эритрейские части перешли в общее наступление в районе Бадме, но были остановлены и отброшены. В ответной контратаке двух элитных бригад, состоящих из бывших партизан НФОТ, эфиопам удалось взять поселок Гэза-Герласе (Gaza Gerlace) — один из ключевых пунктов всей эритрейской обороны в этом секторе[165]. Отчаянные контратаки противника были безуспешными. Кроме того, в результате комбинированного удара артиллерии и боевых вертолетов была уничтожена РЛС эритрейской системы ПВО в Ади-Квала (Adi Kuala).

8 февраля эфиопская армия нанесла удар на центральном фронте в районе Тсерона, взяв две укрепленные позиции эритрейцев Конин (Konin) и Конито (Konito)[166]. 14 февраля третья атака при мощной поддержке тяжелой артиллерии была произведена на восточном фронте в направлении на Асэб[167]. Эти операции стоили огромных потерь, но они заставили эритрейское командование направить подкрепление в центр и на восток, а не западный фронт.

Эфиопы же 23 февраля вновь перешли в наступление в секторе Бадме. Эта долго готовившаяся операция получила название «Закат». Против 40-тысячной группировки армии Эритреи было сосредоточено до 80 тыс. военнослужащих эфиопских войск (шесть дивизий) и 70 танков Т-55.[168] В течение восьми месяцев передышки эритрейцы создали в Бадме мощный укрепрайон с фортификационными сооружениями, длинными линиями окопов и большими минными полями. Одной из главных проблем эфиопского командования при подготовке наступления стало обеспечение бесперебойного снабжения такого количества войск в условиях почти полного бездорожья после сезона дождей. Для ее решения из заключения были освобождены несколько генералов службы тыла армии Менгисту.

Эфиопская пехота наступала «волнами» на широком фронте (60 км) прямо через минные поля под ураганными огнем противника, многочисленные огневые точки которого по большей части не были подавлены[169]. Следовавшие за пехотой танковые подразделения пробили бреши в линии обороны эритрейцев, отрезав часть их подразделений от основных сил. Остальные отступили в полном порядке на позиции по линии разделения двух государств до 6 мая 1998 г. (в 25 км к северу)[170]. Через три дня был взят административный центр Бадме.

Развивая успех, 16 марта 1999 г. эфиопские войска вновь попытались прорваться в районе Цороны и Заламбессу, но были остановлены. Эфиопы провели самоубийственную танковую атаку на фронте в 4 км через минные поля вдоль поворота реки Мэрэб. Противник сконцентрировал на столь узком участке огонь всей имеющейся в этом секторе тяжелой артиллерии. Было подбито 57 эфиопских танков[171]. По некоторым оценкам, в боях в феврале-марте 1999 г. погибли 20 тысяч человек, из них 3 тысячи эритрейцев[172].

Очередной спад боевой активности продлился полтора месяца. 24 мая эритрейская группировка силой до четырех бригад безуспешно пыталась прорвать позиции эфиопов вдоль левого берега реки Мэрэб (сектор Бадме). Их попытки прорыва в этом секторе продолжались до середины июня. Последние серьезные столкновения произошли 25-27 июня, в которых с обеих сторон погибло и было ранено до семи тыс. человек[173]. На восточном фронте эфиопские части предприняли попытки прорыва 10—16 июня, но вновь были отбиты с большими потерями.

Потерпев поражение в Бадме, Исайяс Афеворки был вынужден принять рамочное соглашение ОАЕ об урегулировании конфликта. Однако теперь соглашение отказывалась выполнять Эфиопия. Мелес Зенауи не мог вывести войска из Бадме, взятого с огромными потерями. Во второй половине 1999 г. возобновился переговорный процесс при посредничестве алжирского президента Абдельазиза Бутефлики. Однако эритрейская сторона постоянно выдвигала одно за другим неприемлемые условия с тем, чтобы затянуть переговоры и выиграть время.