С введением тактики групповых действий в сентябре 1943 года закончился период наступления одиночных подводных лодок на японскую метрополию. В течение 12 месяцев до этой даты американские подводные лодки, действуя в одиночку, успешно выполняли задания не только в центральной части Тихого океана, но и наносили удары по кораблям и судам врага на подходах к Японии.

Конец 1943 года ознаменовался морской кампанией на Соломоновых островах, наступлением армии на Новой Гвинее и амфибийными операциями по захвату островов Гилберта. Сухопутные, воздушные и морские силы США были готовы присоединиться к подводным лодкам для генерального наступления.

В то время как японцы находились в теплых водах центральной и юго-западной части Тихого океана, американские и канадские силы «не давали возможности замерзать алеутским водам». На протяжении всей зимы 1942/43 года постоянно прилагались усилия к уничтожению баз противника на островах Кыска и Атту. Корабли военно-морского флота продолжали боевые действия, базируясь на Датч-Харбор. Военно-воздушные силы совершали систематические рейды со своих передовых алеутских баз. И только суровая погода иногда прерывала боевую деятельность подводных лодок.

В период наиболее ожесточенных боев на Гуадалканале командование все же нашло нужным усилить соединение подводных лодок в Датч-Харборе. 2 октября 1942 года сюда прибыла подводная лодка «Кашалот», а тремя неделями позднее — «Дельфин». Эти подводные лодки хотя и редко встречались с противником в районах холодного архипелага, но они увеличили подводную угрозу и усилили боевую мощь соединения лодок в Датч-Харборе.

Постоянное наблюдение за базами противника, э также за морскими коммуникациями на севере, идущими из Японии, было трудной задачей в условиях суровой зимы 1943 года. Непрерывные ветры, сильные штормы, приливы и туманы затрудняли плавание. Всплывать на поверхность для зарядки батарей приходилось независимо от условий погоды, даже в очень сильные штормы, когда в отдельных случаях лодку кренило на 65°. Это было тяжелым испытанием для подводников. Из-за шторма подводные лодки часто теряли контакт с кораблями противника.

Американские военно-морские и сухопутные силы к концу января 1943 года заняли остров Амчитка, получив возможность создать там аэродром, находящийся всего лишь в 65 милях от острова Кыска. Строительство взлетно-посадочных полос аэродрома было закончено к середине февраля, американские самолеты начали совершать налеты на острова Кыска и Атту. Вскоре Кыска был окружен. Во время начала операции по окружению Атту 19 февраля остров был обстрелян соединением крейсеров и эскадренных миноносцев.

В этот период японский конвой под сильным прикрытием успешно производил переброску подкреплений с острова Парамушир (северная часть Курильских островов) на остров Атту. В связи с этим несколько подводных лодок пыталось перерезать японские коммуникации. Надводные корабли, действуя в этом районе, остановили движение транспортов противника. Патрулируя к юго-востоку от Командорских островов (советская территория), надводные корабли обнаружили при помощи радара утром 27 марта японский конвой, направлявшийся к Атту. Конвой под командованием адмирала Хосогая имел сильное эскортное прикрытие. Очевидно, японцы, увидев приближавшиеся американские военные корабли, приняли их вначале за свои. Завязавшийся бой закончился поражением японцев. Их флагманский корабль «Нати» был полностью выведен из строя, а несколько других получили серьезные повреждения. В свою очередь японцы артиллерийским огнем повредили американский крейсер «Солт-Лэйк-Сити» и эскадренный миноносец «Бэйли». Но, опасаясь, что к месту боя могут прибыть американские самолеты, японский конвой вынужден был вернуться назад в район Парамушира.

Это был последний японский конвой, шедший на Алеутские острова. После этого японцы возложили задачи по снабжению гарнизонов на островах Атту и Кыска на подводные лодки. В июне 1942 года 13 японских лодок содействовали вторжению на Алеутские острова, теперь же они должны были перевозить подкрепления гарнизонам островов.

Высадку войсковых подкреплений на острова осуществляли не только японские подводные лодки. Подобные задачи решали в начале апреля 1943 года и американские подводные лодки.

Подводная лодка «Наутилус» проводила учение в Пирл-Харборе, а «Нарвал» — в Сан-Диего (Калифорния) с 7-м разведывательным отрядом из 105 рядовых и офицеров.

20 апреля подводная лодка «Нарвал» вышла в Датч-Харбор. Предварительно было произведено некоторое переустройство, позволяющее разместить большое количество личного состава. Запасные торпеды и торпедные стеллажи пришлось убрать, чтобы освободить место для деревянных и парусиновых сидений. Поступление свежего воздуха всегда считалось радостью для команды после длительного нахождения под водой. В подводном положении проблема очистки воздуха частично разрешалась путем использования поглотителей углекислоты.

27 апреля подводные лодки «Нарвал» и «Наутилус» с десантниками на борту прибыли в Датч-Харбор. Там проводились объединенные учения по высадке десанта, и к 1 мая лодки были уже в море на пути к Атту. Туда же направлялось оперативное соединение, состоявшее из линейных кораблей «Айдахо», «Пенсильвания» и «Невада», эскортного авианосца «Нассау», большого числа эскадренных миноносцев и войсковых транспортов. Десантной операцией руководил контр-адмирал Томас Кинкэйд.

Из-за неблагоприятной погоды высадку десанта пришлось отложить на три дня; кораблям, вышедшим в открытое море, приходилось пробиваться сквозь туманы и пургу. Подводные лодки маневрировали, ориентируясь на то или иное судно.

Наконец, в ночь на 11 мая был отдан приказ о высадке. С подводных лодок первыми высадились разведчики. Они пересели в резиновые лодки и направились к берегу, едва различимому в условиях очень малой видимости. Обе разведывательные партии спешно высадились на остров.

Бой за Атту продолжался в течение трех недель. Окопавшись в горах, японцы держались настолько упорно, что американцы вынуждены были запросить подкреплений. Они получили дополнительно еще 12 000 человек. Оставшись без боеприпасов, японцы пытались удержаться, вступая в отчаянные рукопашные схватки и действуя ножами и штыками. Бои превращались в резню, однако к 30 мая все было кончено. Япония потеряла важную' военную базу на Алеутских островах.

Второго июня Атту был в руках американцев. Американцы потеряли при этом 550 человек убитыми и свыше 1100 ранеными. Японский гарнизон был фактически уничтожен.

Вторжение на Кыску намечалось на 15 августа. В районе Адака было сосредоточено около 100 кораблей с десантом из 29 000 американских и 5000 канадских войск с полным боевым вооружением.

Ожидая такой же примерно конец, как и на Атту, японцы заблаговременно покинули Кыску. Когда после сильной предварительной бомбардировки острова десантные силы вступили на берег, ни одного японца там не оказалось.

31 августа под прикрытием большого тумана японские быстроходные транспорты с помощью 15 подводных лодок эвакуировали весь гарнизон Кыски в район Парамушира.

В то время как американо-канадские силы осуществляли захват Атту и Кыски, подводные лодки из Датч-Харбора продолжали выходить в море для боевых действий против торговых судов и боевых кораблей Японии в районе Алеутских и Курильских островов.

В связи с окончанием алеутской кампании подводные лодки типа «S» прекратили боевые действия. В октябре они были разоружены: часть из них либо совершенно выводилась из строя, либо использовалась в качестве учебных кораблей. Одна из таких старых лодок успела нанести противнику весьма ощутимый удар. 10 августа 1942 года подводная лодка «S-44» потопила тяжелый японский крейсер «Како».