Католических мятежников в Ирландии после 1641 года называли «конфедератами». Однако и они были разделены. С одной стороны, был Оуэн О'Нейл и гэльские ирландцы, вознамерившиеся защищать католическую религию и уничтожить колониальную систему (их намерение стало еще тверже при известии о том, что английский парламент планирует в Ирландии новые поборы — до одного миллиона фунтов). Даже здесь имелись различия, ибо О'Нейл был сыном контрреформации в Испании, а у этого движения не было ничего общего с протестантизмом. Он был мятежником, желавшим, как и гэльские ирландцы, получить назад утраченные земли.

Их поддерживала англо-ирландская аристократия, за исключением сторонников Ормонда, наивно веривших, что при власти английской короны их католицизм будут терпеть. Возможно, так бы и случилось, если бы английскую гражданскую войну выиграл Карл I, а не парламент. О'Нейл считал такой взгляд абсурдным: он привык к яростным религиозным войнам на континенте, где тогда бушевала Тридцатилетняя война (1618-1648).

Впоследствии оказалось, что О'Нейл прав. Он успешно командовал силами конфедерации. В 1646 году его талант засвидетельствовала победа при Бенбербе над шотландской армией Монро. Лорды Лейнстера нуждались в помощи О'Нейла: они хотели выгнать из Пэйла английскую армию. Но победы оказались иллюзорными. Даже в период относительного успеха внутри самой конфедерации существовала значительная напряженность. Помимо других жалоб отмечалось, что англо-ирландские лидеры восстания не дают гэльским ирландцам пользоваться мушкетами и амуницией.

Судьбу католической Ирландии решили события в Англии 1642-1649 годов. Кульминацией их стало поражение, смещение с трона и казнь Карла I, а одновременно с этим — приход к власти Оливера Кромвеля, который стал лордом-протектором только что созданной республики. Отразив вызов шотландцев в августе 1649 года, Кромвель обратил внимание на Ирландию. Нюансы ирландской политики для него мало что значили. Его совершенно не беспокоило, что Ормонд и другие англо-ирландские лорды лояльны английской короне. В глазах Кромвеля паписты были папистами, и он поставил себе задачу внедрить протестантизм во всей Ирландии и восстановить порядок. Как и все протестанты, он помнил об убийствах 1641 года и считал себя рукой Божьего гнева. Беззаконность действий католических ирландцев усугублял тот факт, что в английской гражданской войне они держали сторону Карла Стюарта, «кровавого человека».

Для осуществления возмездия у Кромвеля была армия численностью в 20 000 человек, в то время едва ли не лучшее европейское войско. Этой армии предстояло залить Ирландию кровью. Страна так и не забыла и не простила поход Кромвеля.

Свою мрачную репутацию Кромвель заслужил во время жестокого разграбления Дрогеды, города к северу от Дублина. Армия окружила город в сентябре 1649 года, и Кромвель потребовал, чтобы гарнизон сдался «во избежание кровопролития». Гарнизон отказался, и английская армия атаковала город — проделала брешь в крепостной стене, однако не сразу прорвалась через защитников и понесла тяжелые потери.

Такая задержка, похоже, разъярила Кромвеля и его солдат. В следующем штурме они ворвались в город и уничтожили около тысячи мужчин, женщин и детей (в том числе и младенцев). Католических монахов и священников убили в церкви, других защитников Дрогеды сожгли заживо еще в одной церкви. В письме к английскому парламенту Кромвель писал: «Я убежден, что это справедливый суд Господа над варварами».

Трудно оправдать поведение Кромвеля в Дрогеде, и его биограф, Антония Фрейзер, даже не пытается этого сделать. Она считает, что «в Дрогеде Кромвель потерял самоконтроль. Кровь в буквальном смысле залила ему глаза — кровь товарищей после провала первой попытки штурма». Она, правда, отмечает, что такое поведение было необычно для Кромвеля, бывшего до той поры милосердным к врагу, но, возможно, на него повлияла внушенная самому себе роль мстителя за 1641 год. Он, кажется, уверил себя, что жители Дрогеды принимали участие в резне того года. Это, разумеется, абсурдно: ведь Дрогеда находилась внутри Пэйла, к тому же в гарнизоне Дрогеды состояли бывшие королевские офицеры. Рассказывают, что Эштона, английского командира гарнизона, забили до смерти его же собственной деревянной ногой. Он был давним врагом Кромвеля.

В каком-то смысле кровопролитие в Дрогеде достигло своей цели, так как новость о побоище распространилась по Ирландии. Ормонд писал будущему королю Карлу II:

(Англичане, как и Ормонд, были лояльны короне, а не парламенту.)

Из страха перед еще одной Дрогедой крепость за крепостью без всякого сопротивления сдавались Кромвелю. Уэксфорд стал исключением. Войска Кромвеля разграбили город в процессе переговоров, убили 2000 человек, включая 200 женщин и детей. К этим потерям прибавилась гибель жителей других городов, хотя некоторые из них, как Клонмель, сумели некоторое время продержаться.

Мало что можно сказать в оправдание ирландской кампании Кромвеля, однако следует помнить, что XVII век в Европе был временем религиозной нетерпимости (ужасное нападение на германский Магдебург произошло лишь за год до побоища в Дрогеде и Уэксфорде), так что поведение Кромвеля следует рассматривать в этом контексте. Он был достаточно терпимым, чтобы позволить евреям остаться в Англии, но такая терпимость не распространялась на католиков, будь они ирландцы или англичане.

Кромвелевской Ирландии историки уделяют мало внимания. Учитывая традиционное ирландское «проклятие Кромвеля», это, возможно, и неудивительно, хотя один или два британских историка, такие как Дж. Фрауд в XIX веке, пытались представить роль Британского содружества наций в Ирландии как модель просвещения. Главным аргументом против были новые карательные колонии, возникшие после победы Кромвеля. Католических ирландских землевладельцев переселили в западную провинцию Коннахт. Почва там была каменистая и непригодная к земледелию. Католикам пришлось служить своим новым протестантским хозяевам, но кромвелевские колонии стали символом унижения всей католической гэльской Ирландии и старой англо-ирландской аристократии. Кромвель сместил даже Ормонда, только потому что тот был лоялен английской короне.

Католических землевладельцев сменили так называемые авантюристы. Надеялись, что продажа им ирландской земли покроет издержки в три миллиона фунтов, понесенные в 1641 году. На самом деле вырученные деньги и не приблизились к этой сумме, хотя английский парламент привез людей даже из Голландии. Да и в других отношениях кромвелевская колонизация окончилась неудачей. Надеялись, например, что католиков полностью выгонят из ирландских городов, но этого не случилось, несмотря на невероятные идеи, такие как продажа всего Голуэя городу Глостеру.

Отличительной чертой этого исторического периода было наступление на католическую церковь. Примечательно, что парламентские уполномоченные, назначенные Кромвелем в Ирландию, не слишком старались обратить в протестантизм гэльских ирландцев, возможно, поняв, что те не поддадутся. Однако священников безжалостно преследовали, и были приняты значительные меры для предотвращения служения католической мессы. В результате появилась традиция mass-rocky или массового богослужения, — люди собирались на каком-либо заранее назначенном пустыре, и мессу служили на открытом воздухе.