Ирландия, однако, оставалась Ирландией, и местные условия изменили первоначальные условия заселения. Основная причина — местные ирландцы продолжали жить на своей земле, поскольку новоприбывшим требовался дешевый труд и рента, которую платили им ирландские работники. Итак, хотя ирландские землевладельцы были вытеснены на запад, в глухую провинцию, их бывшие крепостные остались на месте. Это был отход от первоначальной схемы: не получилось заселить Ольстер целиком лояльным протестантским населением. Новые жители были окружены обиженными, лишенными прав гэльскими ирландцами (ситуация, похожая на ту, с которой столкнулись отцы-пилигримы в 1620 году сразу после высадки в Новой Англии). Неудивительно, что английские и шотландские колонисты беспокоились за собственную безопасность.

После 1610 года в Ольстере появился особенный анклав, при том что бывшие солдаты и гэлы получили больше земли вне Дерри. Этим анклавом была шотландская колония восточного Ольстера, причем главную роль здесь сыграла география: шотландские мигранты столетиями проплывали в Ольстер через узкий канал (в качестве примера назовем Макдоннеллов). В результате в 1606 году на полуострове Ардс образовалось небольшое поселение. Финансировали его два протестантских авантюриста, Монтгомери и Гамильтон, заключившие сделку с местным гэльским вождем клана. Колония разбогатела и в конце века сделалась для шотландской миграции чем-то вроде берегового плацдарма. Шотландцы заполнили пустоты, оставшиеся после колонизации, спонсированной английской короной. Их успех означал, что большая часть новых колонистов была скорее шотландской, чем английской.

Эти шотландцы были пресвитерианцами и не принадлежали к англиканской церкви; для современной ирландской истории это важно, в особенности для истории Северной Ирландии. Их вера восходила к доктринам французского теолога Жана Кальвина, придерживавшегося концепции «предопределения» рая для «избранных» и ада для остального человечества. В пресвитерианстве коренилась твердость убеждений шотландских колонистов, которой не обладали английские переселенцы.

После 1610 года в Ольстере ситуация все больше запутывалась, поскольку английские и шотландские колонисты смешивались с притесняемым гэльским населением. Опасность усилилась, когда в провинции появилось около 5000 бывших солдат графов Тиронского и Тирконелла, которые, по словам Роберта Ки, «угрюмо рыскали по лесам и болотам».

Беда пришла в октябре 1641 года, но Ольстером она не ограничилась, потому что угнетение гэльских ирландцев ощущалось на всем острове. И многие члены старой англо-ирландской аристократии, которую иногда называли «старыми англичанами», также почувствовали, что их позициям угрожает приток новых колонистов. Поэтому неудивительно, что представители этого слоя, такие как сэр Фелим О'Нейл и Рори О'Мор, возглавили ирландское восстание 1641 года.

Был и осложняющий фактор. Мятежники думали, что получили благословение короля Карла I (1625-1649). Такое впечатление произвели его распри с английской палатой общин: в 1620-х годах он назначил своим наместником в Ирландии Томаса Уэнтворта, графа Страффорда, проводившего на острове антишотландскую политику. У Страффорда были планы дальнейших конфискаций в Уиклоу и Клэре, однако парламент счел, что королевская сторона настроена сочувственно по отношению к католикам. В 1640 году Уэнтворта отозвали, обвинили в государственной измене и по распоряжению парламента казнили. Все это можно рассматривать как свидетельство ослабления королевской власти. Ирландские мятежники 1641 года рассматривали Карла как потенциального союзника. Король, с известной долей цинизма, готов был использовать ирландскую армию для борьбы с парламентом. Но для ирландских мятежников приоритетной задачей являлось уничтожение протестантизма в Ирландии, ведь последствием «смены вер» явилась колонизация страны.

События 1641 года внесли напряженность в жизнь острова. Нет сомнений, что ужасные избиения протестантских колонистов гэльскими ирландцами действительно имели место, особенно в Портадауне (графство Арма), где мятежники выгнали из дома сотни мужчин, женщин и детей и сбросили их с моста. Те, кто сумел доплыть до берега, были застрелены, а некоторые ирландцы якобы сели в лодки и били по голове людей, барахтавшихся в водах реки Банн.

Гравюра на дереве иллюстрирует жестокое обращение с протестантскими колонистами

Относительно количества жертв шли споры, особенно когда в библиотеке дублинского Тринити-коллдежа появились тридцать два тома свидетельств. Показательным примером может служить дело некой Элизабет Прайс из Армы: у нее отобрали пятерых детей и сбросили с моста в Портадауне:

Современные историки, такие как Рой Фостер, не сомневаются в том, что большая часть «свидетельств» является слухами и сильно преувеличена. Сам Фостер полагает, что погибли 4000 человек, около 20 процентов населения в 1630 году (с учетом прироста населения к 1641 году указанный процент снизится).

Более важным, однако, является то, что число убитых стало исторической легендой о 1641 годе в памяти протестантской общины в Ольстере. В коллективном сознании протестантов и в ежегодном распорядке жизни в провинции огненным клеймом выжжены слова «Помни 1641-й». Например, в 1662 году ирландский парламент объявил, что 23 октября, день восстания, «отныне должен праздноваться в этом королевстве как святой день». И в XVIII веке устраивали памятные демонстрации, а в протестантских церквях служили молебны в память о тех черных днях. Так в Ольстере началась нездоровая традиция напоминания о событиях, о которых следовало бы забыть.

После 1641 года ситуация переросла в так называемую «войну трех королевств»: в Ирландию вошли шотландская и английская армии, а ирландцы двинулись на помощь королю Карлу. 1642 год был отмечен двумя значительными событиями: началась гражданская война между английским королем и парламентом, а ирландские мятежники нашли командира — Оуэна О'Нейла (1590-1649), племянника великого Хью. В испанской армии он набрался военного опыта. О'Нейл был одним из ирландских лидеров, противостоявших жестокости. Историки считают, что зверства стали результатом недисциплинированности, а не плана по уничтожению протестантского населения. Следует также помнить, что часть англо-ирландской аристократии оставалась лояльной английской короне. Ее силами командовал Джеймс Батлер, граф Ормонд (1610-1688), ставший в 1644 году главой судебной и исполнительной власти острова.

Такой любопытный парадокс произошел из-за того, что Карл I, дабы избежать обвинений в связи с папистами (его жена была католичкой), утверждал, что не имеет отношения к ирландским повстанцам, хотя втайне надеялся на использование ирландской католической армии против своих врагов из парламента. В 1640-х годах католическая Ирландия была поделена между врагами и защитниками английской короны. Протестантская Ирландия также разделилась на людей, лояльных королю Карлу, и тех, кто желал победы парламенту. Ситуация еще больше запуталась, когда шотландская армия численностью 10 000 человек поднялась на борьбу за ольстерский протестантизм. Карл объединился с шотландцами и попытался навязать им англиканскую религию, а не пресвитерианство, бывшее нормой в Лоуленде (Хайленд оставался католическим).