Сам же арестованный, переживший нервное потрясение, заболел, и к нему допустили одного из его слуг, который стал ухаживать за ним. Как это часто бывало в инквизиции, дело Вильянуэвы тянулось года-два, пока в 1647 г. не был вынесен приговор. Вильянуэву обязали никогда не посещать обители Сан Пласидо и не жить с ней по соседству и на три года изгнали из Мадрида и Толедо. Сравнительная мягкость наказания объяснялась его знатностью и связями. Однако маркиз, услышав приговор, пришел в ярость и стал оскорблять судей, вследствие чего его увели в одну из тайных камер. Братья Вильянуэвы, занимавшие высокое положение в стране, обратились в Рим к папе с просьбой вмешаться в это дело, и, несмотря на сопротивление Филиппа, поддерживавшего инквизицию, папа Римский принял ходатайство к рассмотрению.

Это едва не привело к конфликту между королем и папой Иннокентием X. Великий инквизитор даже отказался принять папское послание. Однако совет, состоящий из шести знатнейших людей Испании, подготовил записку, в которой доказал, что, принимая во внимание усиление сепаратизма в Неаполе, продолжение конфликта могло бы угрожать потерей испанских владений в Италии.

Иннокентий, возмущенный поведением Великого инквизитора, пригрозил ему отлучением от церкви. Тот написал папе письмо, в котором стал оправдываться, объясняя, что с Вильянуэвой обошлись еще мягко, принимая во внимание опасное распространение ереси в стране. Папа, однако, решил добиться от испанских инквизиторов повиновения и назначил одного из епископов для рассмотрения этого дела. Началась переписка между Мадридом и Римом, а Вильянуэва мечтал уже только о том, чтобы его оставили в покое. Но сам он мало интересовал обе конфликтующие стороны, так как Рим боролся за власть в Европе, а Великий инквизитор и король боролись за самостоятельность. Папа даже угрожал вовсе ликвидировать испанскую инквизицию. Филипп, будучи слабым королем, не склонен был продолжать сопротивление, считая его опасным. Он решил принять рекомендации совета знати. Король вынужден был выслать папе требуемые документы по делу маркиза.

Но и после этого дело продолжало тянуться, вплоть до кончины Вильянуэвы в 1653 г. Однако конфликт между королевской властью и папским престолом имел более глубокие корни, а дело это было только предлогом. Поэтому вражда между папой римским и Испанией продолжалась и в царствование следующих монархов.

Когда близкий к слабоумию сын Филиппа, Карл II, взошел на престол, в Испании все, кроме инквизиции, пришло в упадок. Через пятнадцать лет после кончины Филиппа состоялось одно из самых многолюдных аутодафе, которое почтили своим присутствием Карл и королева. Были оглашены приговоры в отношении ста пяти человек. Между тем страна находилась в очень тяжелом положении, страдая от бремени налогов, нищеты и депопуляции.

Король так и не смог дать стране наследника. Его мать Мариана стала регентшей, когда сыну было четыре года. Это была властная женщина, австрийка по происхождению, которая хотела прежде всего укрепить в Испании власть своей династии. Хотя она объявила, что решительно против фаворитизма, ее собственный духовник отец Хуан Нитард вскоре стал ее фаворитом. И был назначен Великим инквизитором.

Ситуация в стране осложнялась еще и тем, что королева была иностранкой и покровительствовала иностранцам, таким, как Нитард. Поэтому дон Хуан Австрийский, незаконный сын короля, снова стал популярен. В ответ на это королева и ее советники инициировали арест Маллядоса, одного их друзей дона Хуана (никаких видимых оснований для таких действий не было). За этим последовали новые аресты его друзей.

Сам он, не дожидаясь, пока и его арестуют, уехал в Барселону, где был принят с восторгом.

Это привело к фактическому расколу в стране. Фаворит королевы был немцем, а незаконный сын короля — испанцем, и при этом человеком сильным и мужественным, что лежало в основе роста его популярности.

Королева пыталась найти компромисс со своим противником, но он требовал отставки Нитарда, что для нее тогда было неприемлемо.

Кончилось тем, что дон Хуан собрал войско и отправился в поход на Мадрид. После этого королева, зная, что народ поддерживает дона Хуана, вынуждена была удалить от себя фаворита. Нитард отправился в Рим, где и оставался до конца своих дней, а дон Хуан стал вице-королем Арагона.

Однако вскоре у королевы появился новый фаворит, некий Валенсуэла, который сделался ее любовником. Воспитанием юного Карла при этом никто не занимался, править он сам не мог и целиком находился под влиянием матери, хотя уже достиг пятнадцати лет, когда, по завещанию Филиппа, должен был быть признан совершеннолетним. Дон Хуан и его сторонники попытались добиться от короля разрешения для побочного сына Филиппа вернуться в Мадрид. Они хотели также, чтобы он был приближен ко двору, но этому решительно воспротивились королева и Валенсуэла. Затея дона Хуана не удалась, а Валенсуэла был назначен премьер-министром.

Между тем положение в Мадриде и во всей Испании стало еще хуже. В письмах того времени есть сообщения, что на улицах можно было видеть людей, умирающих от голода. По сравнению с эпохой Филиппа II население столицы уменьшилось с 400 000 до 200 000 человек, и положение в Мадриде отражало положение во всей стране. Во всем этом обвиняли Валенсуэлу. Врагам фаворита и королевы удалось уговорить безвольного короля на время покинуть свою резиденцию, после чего от него добились указа, запрещающего его матери, Мариане, покидать дворец. При этих обстоятельствах дон Хуан организовал новый поход на столицу, где его встретили с радостью. Он потребовал, чтобы королева удалилась в Толедо, а Валенсуэла был арестован и выслан из страны. Эти условия были выполнены.

Но и при диктатуре дона Хуана положение в Испании было не лучшим, чем при регентстве. Его интересовало главным образом укрепление собственной власти и введение при испанском дворе французских обычаев, хотя Людовик XIV вел успешные военные действия в Каталонии и Фландрии.

В 1678 г. был, наконец, заключен мир с Францией, скрепленный браком Карла с французской принцессой Марией-Луизой, племянницей французского короля. Это был прямой выпад против королевы-матери, которая надеялась женить сына на ком-то из представительниц своей династии (хотя состояние ее сына, с его низкими умственными способностями и невнятной речью, было следствием того, что Габсбурги сочетались браком с Габсбургами). Однако королеве оставалось только принять этот брак сына. Ее враги понесли утрату. Дон Хуан Австрийский скончался, по официальной версии, от малярии, хотя сразу же появились слухи, что он был отравлен.

Карл был в восторге от своей жены, у самой же французской принцессы оснований для восторгов не было. А испанских придворных она шокировала тем, что, будучи воспитанной в Версале, игнорировала торжественную важность мадридского этикета и вела себя естественно и непринужденно. Королева-мать вернула себе власть, хотя ее и раздражала невестка-француженка. Сама же Мария-Луиза избрала себе двух фаворитов — королевского конюшего Вирмонта и его жену мадам Квинтин. Враги француженки нашептали королю, что эти двое интригуют против него, и он добился их удаления. После этого короля удалось убедить, что и Мария-Луиза участвовала в заговоре против него, и таким образом ее влиянию на Карла был положен конец. Брак их был бездетным, и в 1689 г. Мария-Луиза скончалось (как сочли многие, также от яда). Не прошло и года, как Карла женили на Анне-Марии. Нейбургской. Новая королева была властолюбивой и амбициозной и возглавила партию сторонников королевы-матери. Этот брак также был бездетным, и теперь стало ясно, что король Карл бесплоден.

Европейские государи заинтересовались вопросом об испанском престолонаследии. Людовик XIV был внуком Филиппа III и зятем Филиппа IV, так же как и император Леопольд, и оба они претендовали на испанский престол. Мариана скончалась в 1696 г., после чего и без того слабое здоровье короля сильно пошатнулось. Он быстро понял разницу между своей бывшей и новой женой, между веселой француженкой и скрытной, склонной к интригам немкой, и заподозрил, что королева хочет от него избавиться. Королева же была озабочена тем, чтобы трон достался потомкам императора, и стремилась удалить от двора всех, кто мог помочь сторонникам французской династии. Сам король Карл, которому не было и сорока, по отзывам современников, страдал уже от старческого слабоумия. Его духовник Матилья был сторонником королевы, и это означало успех прогерманской партии. Но один из придворных, граф Бенавенте, тайный сторонник французской партии, однажды ночью привел в спальню короля архиепископа Портокарреро, и Карл во время исповеди рассказал о том, что он боится покушения на свою жизнь со стороны королевы. Архиепископ заявил, что короля надо спасать, а для этого ему надо прежде всего поменять духовника. В результате Матилья был заменен Флорианом Диасом, ставленником французской партии. Диас узнал, что в одном из женских монастырей некоторые монахини одержимы бесом. Тогда считалось, что во время заклинания бесов, угрожая им изгнанием, можно добиться от них сведений, которые неизвестны обычным людям. Может быть, заявил он, бесы расскажут о причинах болезни короля, а тогда будет видно, как его следует лечить. Тогда уже считалось, что короля околдовали или навели на него порчу (к этому мнению склонялись и высшие чины инквизиции). В 1695 г. сам король тайно обратился к новому Великому инквизитору Рокаберти с просьбой проверить, могли ли его действительно околдовать.