Когда Изабелла финансировала экспедиции по открытию новых земель, она заявляла (и сама верила в это), что ее цель — распространение католицизма по всему миру. Конечно, Филипп II разделял, эти чувства своей прабабки, хотя для многих авантюристов, отправлявшихся в такие путешествия, главной целью являлось не спасение душ, а богатая добыча.

Как и следовало ожидать, среди тех, кто покидал Испанию в поисках новых земель, было и много иудеев, которые, отчаявшись найти покой в Испании, искали спокойной жизни на новом месте. Предпринимались попытки не допустить иудеев до участия в этих экспедициях, однако Фердинанд, нуждавшийся в деньгах, принял закон, согласно которому любой купец, уплативший 20 000 дукатов, получал право два года торговать в колониях. Император Карл отменил этот закон, но после переговоров с купцами его возродили, увеличив, однако, плату до 80 000.

До учреждения инквизиции в испанских владениях доставка еретиков в метрополию была делом дорогостоящим. Примером тому может быть случай некоего Педро де Леона, произошедший в 1515 г. Этот человек с семьей отправился на Эспаньолу, надеясь, что там, здали от Святой палаты, он сможет жить спокойно. Он ошибся. Великий инквизитор послал эмиссара с целью доставить Педро и его семью обратно. Для этой цели туда был отправлен корабль, чтобы можно было вернуть и других бежавших еретиков. Конечно, было бы проще и дешевле справиться с этими делами, создав инквизицию непосредственно в колониях.

Император Карл хорошо понимал это и в 1519 г. назначил в Вест-Индию Великим инквизитором кардинала Адриана и дал ему в помощь епископа Пуэрто-Рико и доминиканца Педро де Кордову. За ними последовал и францисканец Мартин де Валенсиа с дюжиной своих собратьев по — Ордену.

Сохранился рассказ Ли в его «Инквизиции в испанских владениях» о том, как фламандский художник Перейнс в разговоре с коллегой заявил, что блуд — это не грех. Тот стал спорить, но художник настаивал на своем мнении. Однако позднее, поразмыслив над случившимся, Перейнс решил сам сообщить о своих высказываниях в трибунал и покаяться, рассудив, что будет лучше, если это сделает он, а не кто-то еще. Это мнение не было тогда редкостью в Испании, и инквизиция старалась поправить такое положение. В 1559 г. в Севилье состоялось аутодафе, на котором предстали двенадцать человек, делавших подобные заявления. Одних просто наказали бичеванием, других бичевали публично, проведя по улицам обнаженными до пояса. В 1562 г. было еще двадцать пять подобных случаев. Часть виновных наказали бичеванием, других же — крупными штрафами. Большинству из них закрыли рты кляпами, видимо в знак того, что им следовало держать язык за зубами.

Очевидно, художник Перейнс считал, что отделается выговором, но ошибся. Его посадили в тюрьму, а когда вызвали для допроса коллегу, на которого Перейнс ссылался, тот еще вспомнил, что Перейнс-де заявлял, будто писать портреты выгоднее и интереснее, чем писать иконы. Такое утверждение сочли отчасти еретическим и подвергли обвиняемого пытке на дыбе и пытке водой. Он и после этого не признал себя еретиком, однако не был просто освобожден. Перейнсу было приказано оплатить издержки, связанные со следствием, и написать для церковного алтаря икону Милосердной Мадонны.

В то время в Мексике судебные дела решали не чиновники Святой палаты, а просто представители церковных судов, которые во всех серьезных случаях обращались за инструкциями в испанскую инквизицию. В начале 1569 г. было решено создать автономную инквизицию непосредственно в испанских колониях, и через год, после обычных проволочек, 3 января 1570 г., доктор Морейя де Контрерас был назначен Великим инквизитором Мексики. Он не жаждал принимать подобное назначение, расценивая его как своего рода ссылку, и его заверили, что это лишь временное поручение и он будет вознагражден за это саном архиепископа Мексики. Он согласился, а его преемникам в дальнейшем всегда обещали ту или иную почетную награду за это назначение. Контрерас прибыл в Мексику в сентябре 1571 г. Его утверждение в должности носило торжественный характер, так как население должно было понять важность этого события. При этом был оглашен католический Эдикт веры, и все присутствовавшие в церкви на этой церемонии должны были поклясться, что будут отныне повиноваться инквизиции. Вскоре в тюрьмы Мехико стали поступать обвиняемые в ереси. Контрерас назначил главного альгвасила столицы, распорядителя конфискованным имуществом, смотрителя тюрьмы инквизиции и других чиновников.

Первое аутодафе состоялось в Мексике 28 февраля 1574 г. и было обставлено с такой же мрачной торжественностью, как и в больших испанских городах. Жертвами здесь стали около 80 человек, 36 из которых были протестантами, преимущественно английскими моряками. Контрерас еще в 1573 г. ушел в отставку, так как обещание о предоставлении ему сана архиепископа было выполнено. Его преемником стал Бонилья, который также потом стал архиепископом, а Контрерас вернулся в Испанию. Следующим главой инквизиции стал Гранеро де Авалос. С его деятельностью связан характерный эпизод, показывающий, в каком страхе должна была держать людей инквизиция. Этот Гранеро имел обыкновение произвольно штрафовать людей для оплаты своих расходов. Нотариус инквизиции написал стихи об этой привычке Великого инквизитора, но они попали в его руки. Нотариус был арестован и подвергнут пытке на дыбе. После этого его приговорили к тремстам ударам плетью и шести годам каторги на галерах.

Одним из самых жестоких инквизиторов считается Алонсо де Перальта, возглавивший это ведомство с 1594 г. При нем аутодафе участились, и чаще стали приговаривать людей к сожжению на костре. По свидетельству историка Ли, одна из жертв, Луис Карвахал, даже не мог смотреть в лицо Перальте, так как ему становилось страшно при одном взгляде на это лицо. Его вина состояла в том, что он не осудил своих сестер, виновных в ереси. За это он был уволен со своей должности, подвергнут пытке и затем сожжен в 1596 г.

Чтобы понять, как работала инквизиция в Мексике, лучше всего рассмотреть рассказы о некоторых делах. Одно из самых интересных — дело ирландца Вильяма Лампорта (Ломбардо де Гусмана). В то время королем был Филипп IV, а Лампорт объявил, что он сам является незаконным сыном Филиппа III и единокровным братом царствующего короля. Рассказывают, что он планировал организовать мятеж с целью отделения Мексики от Испании, а в этом случае ее правителем стал бы он сам, как незаконный сын короля. Инквизиция арестовала его не по этому обвинению, а за то, что он, готовя свой преступный клан, советовался с колдунами и астрологами, что было преступлением против церкви.

Неизвестно точно, был ли Лампорт сыном Филиппа III, Сам он утверждал, что король будто бы принимал его, дал титул маркиза и бумаги о том, что он, Лампорт, назначен вице-королем в Мексику. Бумаги эти признали подложными. Вместе с тем Лампорт хорошо знал жизнь двора, и, главное, хотя он был в заключении (где провел семнадцать лет), с ним обращались, как с привилегированным заключенным, и он имел право на товарища по камере. Такой товарищ у Лампорта появился, и вскоре заговорщик разработал подробный и продуманный план побега. Все же за время нахождения в тюрьме ум Лампорта стал, видимо, несколько расстроенным, и в ночь Побега, вместо того чтобы укрыться в безопасном месте, он задержался в городе, чтобы отправить письма каким-то важным лицам, и пытался уговорить одного человека отправить письмо вице-королю с требованием ареста инквизиторов. Беглец все же спрятался, но поздно, уже в дневное время, и вскоре был найден и водворен на место.

На этот раз на него надели кандалы и поместили под усиленную охрану. Лампорт потребовал перо и бумагу и получил все это, ввиду приказа об особом обращении с ним. Он тут же написал памфлет на инквизицию, после чего бумаги ему больше не давали, и он писал на простынях. С течением времени этот человек становился все менее психически уравновешенным, а в 1659 г. он был приговорен к сожжению на костре за ведовство, ересь и подготовку мятежа. Он был бы сожжен живым, но перед казнью ему удалось покончить с собой.