В Фуэнте-дель-Сас монах, который преподавал в колледже в Алькала, подошел к Каррансе и сообщил ему о слухах, ходивших по Вальядолиду, и о том, что был заговор, его решили арестовать и предать суду инквизиции. Этот монах посоветовал ему вернуться в Алькала или как можно быстрее добраться до Вальядолида, поскольку в тихой деревушке к нему могут подкрасться альгвасилы и потащить его в тюрьму, из которой он может не вернуться, Карранса ответил на это, что он уже слышал об этих чудовищных событиях. Его вызвала принцесса Хуана для того, чтобы он ждал короля, возвращающегося домой. Как его могут заподозрить в ереси? Разве он не вернулся недавно из Англии, где провел кампанию против еретиков?
Вальдес стремился его арестовать. Он опасался, что Карранса достигнет Вальядолида и что туда может прибыть сам Филипп. Если Карранса расскажет свое дело королю, то вполне вероятно, что он будет вне подозрений. Вальдес решил, что не следует предоставлять Каррансе удобный случай.
Когда Карранса достиг Торрелагуны в воскресенье, 20 августа 1559 г., там его ждал Фрей Педро де Сото, который предупредил его об опасности. Он сказал, что Каррансе грозит неминуемая опасность, поскольку его друг, Луис де ла Крое, уже арестован в Вальядолиде. Карранса спросил, по какому обвинению его могут арестовать, и сам же ответил: «Они сделают из меня еретика!» Беда нагрянула неожиданно. Альгвасилы пробрались к Торрелагуне. Себриан, начальник альгвасилов, член совета инквизиции, остановился в одной из гостиниц, где проводил дневное время в постели и выходил лишь ночью, когда его не могли заметить. Во вторник 22 августа сто человек расположились на небольшом расстоянии от Торрелагуны, готовые совершить арест.
В субботу, 27-го числа, Родриго де Кастро отужинал с архиепископом, затем, сославшись на усталость, оставил его и пошел в дом, в котором остановился, чтобы удостовериться, что находившиеся там альгвасилы пребывают в полной готовности. Затем он вернулся в дом, где находился архиепископ, и сказал хозяину гостиницы, что ему дала приказ Священная служба инквизиции и он должен беспрекословно его выполнять. Испуганный домовладелец немедленно заверил, что, как подданный короля, он готов стать верным слугой инквизиции. Это удовлетворило де Кастро. Домовладелец ушел и оставил все двери дома открытыми.
Ночью де Кастро вошел с несколькими помощниками в дом, где лежал архиепископ, поднялся по ступенькам, остановился возле комнаты, в которой спал монах, прислуживавший Каррансе. Де Кастро постучал в дверь. «Кто там?» — спросил монах. Последовал зловещий ответ: «Священная служба».
Родриго де Кастро вошел и позвал главного альгвасила, чтобы тот выполнил свои обязанности.
«Досточтимый сеньор, — обратился к Каррансе альгвасил, — Священная служба приказала мне заключить вас в тюрьму». Затем он зачитал приказ инквизиции и совета. Карранса заявил, что Великий инквизитор не имеет права арестовывать архиепископа Испании, Но после этого ему показали разрешение папы, и Карранса понял, что над ним навис злой рок.
Его забрали из города ночью, и все жители были предупреждены о том, что им запрещено смотреть в окна до рассвета. Никто не имел права выходить из дома. Когда злосчастный кортеж достиг Вальядолида, Карранса был помещен в дом Педро Гонсалеса де Леона, находившийся за пределами города.
Арест был произведен в обстановке крайней секретности, и многие боялись упомянуть имя архиепископа. Некоторых посадили в тюрьмы за то, что они говорили о нем и намекали на то, что его схватила инквизиция.
Все эти действия были весьма характерны для инквизиции. С Каррансой не обращались так скверно, как с другими заключенными, томившимися в тюрьмах инквизиции. Согласно Льоренте, у Каррансы был сопровождающий, Фрей Алонсо де Утрилья, и паж, Хорхе Гомес Муньос де Карракоса. Трое человек занимали две комнаты. Они могли бы чувствовать себя вполне комфортно, если бы окна не были заделаны ставнями, сквозь которые не могли проникнуть ни свет, ни воздух. Этим троим нельзя было никуда выходить. Из-за этого в комнате стояло зловоние, и очень скоро архиепископ тяжело заболел и был недалек от смерти. Врач, которого пустили к больному, сказал, что следует время от времени открывать окна, но Высший совет запретил это делать, разрешив лишь слегка приоткрыть дверную решетку и поставив снаружи стражу. Обвинение представлял один из инквизиторов Вальядолида Диего Гонсалес, личность весьма одиозная. Он был в восторге оттого, что человек, занимавший такое положение, попал в беду. Он специально неправильно истолковывал действия Каррансы в своих отчетах.
Было решено поставить Каррансу перед лицом судей, поэтому Вальдес явился вместе с членами Высшего совета в тюрьму, где находился Карранса. Последний проявил большую смелость, обвинив Великого инквизитора в том, что тот несправедливо отнесся к нему и вместо того, чтобы искоренять ересь, завидовал его успехам. Карранса и его друзья надеялись на то, что суд состоится в Риме, и они старались этого добиться. Однако Пий IV, который был другом Каррансы, очень не хотел обидеть Филиппа, и в этом проявилось стремление извлечь политическую выгоду вместо желания восстановить справедливость.
Филипп, который никогда не торопился с делом, подождал год, прежде чем избрал новых судей, и все это время инквизиция и Филипп пользовались несметными богатствами архиепископа Толедского, а бедный Карранса томился в зловонной тюрьме.
В марте 1561 г. Филипп назначил Гаспара Сунигу, архиепископа Сантьяго, главным судьей. Этот человек был известен своей ненавистью к Каррансе. Однако Каррансе предоставили право выбрать себе двух юристов для защиты. Он выбрал Мартина де Аспилькуэту и Алонсо Дельгадо. Таким образом судебное разбирательство началось через два года после ареста Каррансы. Карранса заявил, что на протяжении двух лет заключения он пытался установить причину ареста, хотя, конечно, понимал, что находится в руках инквизиции, где, согласно правилам этого учреждения, заключенные оставались в неведении по поводу своих грехов.
Ему предъявили двадцать три пункта обвинения, на каждый из которых он давал мгновенные ответы. Он понимал, что его враги изучили всю его прошлую жизнь с того времени, когда он был еще мальчиком, стараясь обнаружить что-нибудь написанное или сказанное, что могло бы содержать ересь.
Прошел еще год, прежде чем дело было решено. Пий IV выразил беспокойство, заявив, что достоинству церкви нанесен удар, поскольку архиепископ Толедский так долго находится в заключении. Он спросил, не собираются ли прекратить дело в Испании и перевести его в Рим.
В разгар спора между Испанией и Римом Пий IV скончался, и в январе 1566 г. на папский престол был избран Пий V.
Пий V был сильной личностью. Сын итальянского крестьянина, он был из тех людей, которые, обладая недюжинными способностями, достигают высших церковных званий, начиная с нуля. Он проявлял огромную энергию в преследовании еретиков, но в то же время сожалел о разрушительных методах инквизиции. Он был обеспокоен тем, что суд над архиепископом Толедским затянулся на столь долгое время, и вскоре после вступления в должность потребовал сместить Вальдеса с поста Великого инквизитора и отправить Каррансу в Рим, чтобы провести там суд под председательством самого папы.
Вальдес, конечно, был взбешен, не только потому, что его врага хотели отправить к папе, но главным образом оттого, что его желали сместить. Он пытался убедить Филиппа стать против папы Пия V, как это было с Пием IV, но этот Пий был сильным человеком. Когда Филипп стал колебаться, папа пригрозил, что отлучит от церкви тех, кто попытается ослабить его авторитет. Филипп уступил. Вальдес был смещен со своего поста, и Каррансу забрали из зловонной комнаты, в которой он просидел семь лет, и отправили под стражей в Картахену.
Архиепископ, который до ареста был здоровым человеком, теперь не мог ходить, и его понесли на носилках.
Когда он добрался до Картахены, то оставался там в течение четырех месяцев, поскольку инквизиция отказалась получить бумаги, касавшиеся дела Каррансы, которые привез папский нунций. Но в конце концов Карранса покинул Картахену и в мае 1567 г. прибыл в Чивитавеккья. Он за несколько дней добрался до Рима, и там его посадили в тюрьму в соборе Сент Ангело.
