Советское командование решило произвести подъем затонувшей лодки, оказавшейся на глубине 27 метров. Немцы и финны делали все, чтобы не дать русским поднять лодку, поскольку знали, что на лодке есть опытные образцы новых акустических торпед. Финны подключили береговую артиллерию, немецкие катера сбрасывали глубинные бомбы на месте гибели лодки и даже пытались его минировать, но напрасно. В сентябре U-250 была поднята и отбуксирована в Кронштадт на экспертизу. Там на ней обнаружили торпеды Т-5, прозванные «Цаункёниг», или «Крапивник».

Позже с акустическими торпедами ознакомили британских моряков, и, когда Т-5 были запущены в серийное производство, английские конвои уже обзавелись устройствами-ловушками «Фоксер», позволявшими снизить возможные потери. Правда, применять «Фоксер» можно было на скорости не более 15 узлов.

5 августа U-679 снова появилась у советских берегов, только теперь в Нарвском заливе. В это время дивизион катеров-тральщиков проводил контрольное траление под охраной бронированного малого охотника БМО-522. Немецкая лодка, действовавшая очень дерзко, всплыла в 9.20 утра в трех милях от катеров и сразу начала их обстреливать из бортового орудия.

Отстрелявшись, U-679 ушла под воду, а через 28 минут снова всплыла, но опять под огнем охотника ушла на глубину. Когда через два часа БМО-522 снова обнаружил всплывшую лодку, прилетели два штурмовика Ил-2. Самолеты и катер сбросили бомбы по лодке, после чего на поверхности воды появились пузыри и масло. Через некоторое время самолеты снова отбомбились по масляному пятну, сбросил остатки запаса противолодочных бомб и БМО-522. Однако немецкая лодка осталась целой и практически невредимой, получив незначительные повреждения.

В августе 1944 года обстановка сильно изменилась — советские войска вышли к Балтийскому морю в районе Рижского залива. Вскоре, в середине сентября, капитулировала Финляндия, и немецкие минные заграждения, запиравшие Финский залив, потеряли свое значение. Советские подводные лодки вновь появились на Балтийском море, представляя большую опасность для германского судоходства. Все это, особенно появление русских вблизи шведского восточного побережья, вдоль которого шли транспорты с рудой для Германии, вынудило Швецию с 26 сентября 1944 года прекратить поставки железной руды. Коммуникация была практически ликвидирована.

Наступление советских войск продолжалось, и перед Кригсмарине ставились все более серьезные задачи по доставке морским путем военных грузов или эвакуации личного состава с блокированных участков фронта. К многочисленным транспортным заданиям флота в последние месяцы войны прибавилась необходимость эвакуировать морским путем на запад беженцев из германских восточных областей. С этого момента до самого конца войны корабли Кригсмарине и суда торгового флота, непрерывно действовавшие на Балтийском море, выполняли именно эти операции.

Тем временем германские лодки продолжали патрулирование в восточной части Балтики. 4 ноября злополучная U-679 снова вышла в море из Либавы, в этот раз под командой другого командира, обер-лейтенанта Эдуарда Ауста. 18 ноября в девяти милях северо-западнее Палдиски Ауст потопил сторожевой катер СК-62, а 27 ноября недалеко от Таллина — тральщик Т-387.

9 января 1945 года шесть советских тральщиков в устье Финского залива выставили противолодочное минное заграждение, на котором позже погибло несколько немецких субмарин. Во время постановки у острова Пакри МО-124, эскортировавший с двумя другими катерами отряд минных заградителей, неожиданно установил контакт с подводной целью. Командир катера приказал сбросить весь боезапас глубинных бомб. Видимость была очень плохой, и никаких следов на поверхности воды не заметили, но, как выяснилось позже, под бомбами МО-124 погибла лодка U-679 вместе со всем экипажем.

Уже в самом конце войны, 5 мая 1945 года, самолеты 88-й британской эскадрильи атаковали и повредили в Балтийском море новую, вставшую в строй в сентябре 1944 года, большую немецкую лодку типа XXI — U-3503. Проторчав в море еще несколько дней, обер-лейтенант Диринг, убедившись, что война проиграна, затопил субмарину у Гетеборга в шведских водах, чтобы экипаж получил статус интернированного, а не сдавшегося в плен. Шведы очень оперативно провели судоподъемные работы силами спасателей военно-морского флота, и в августе 1946 года лодка была поднята, а позже оказала очень серьезное влияние на конструирование первой серии шведских послевоенных субмарин.

Когда в боевых действиях в Атлантике наметился кризис и появилась необходимость перевести субмарины в менее опасные районы и расширить «охотничьи угодья», Дениц направил лодки в Индийский океан. Походы туда были обычно недолгими — лодки вскоре возвращались в недружелюбные воды Атлантики, чтобы вновь стать охотником либо жертвой.

Хотя это вряд ли в полной мере относится к «девяткам» из группы «Эйсбэр», которые после действий у Кейптауна во второй половине 1942 года переместились в Индийский океан, вплотную подошли к берегу у Лоренцо-Маркеса и до конца года потопили там около 20 судов.

Еще одно примечательное событие в Индийском океане произошло 28 ноября 1942 года, когда U-177 капитан-лейтенанта Роберта Гюзе потопила британский транспорт «Нова Скотиа» из конвоя КР-83. Все, что произошло дальше, может служить примером обычно несвойственного подводникам гуманизма. Оказалось, что на борту судна находились 768 пленных итальянцев. После того как Гюзе вытащил из воды одного из них, он отвернул с места атаки и послал в штаб радиограмму, практически нарушив злополучный приказ «Лакония» от 17 августа 1942 года, в котором Дениц запрещал любую форму помощи потерпевшим. Извещение переслали из Берлина в Мадрид, оттуда — в Лиссабон. Вскоре из Мозамбика вышло учебное судно португальских военно-морских сил, которое подобрало 183 человека. За свои действия Гюзе не был наказан, более того, именно он и еще несколько подводников пользовались у Деница особым доверием.

Об этом говорит тот факт, что Гюзе стал командиром лодки, минуя должность старпома. Подобное случалось не часто.

Продолжив успешные действия в Индийском океане, лодка U-177 за два похода потопила 14 судов общим тоннажем 87 388 брт. По возвращении в базу в октябре 1943 года к своему Рыцарскому кресту Роберт Гюзе добавил Дубовые листья, которые ему «даровал» Дениц еще в мае. После этого Гюзе был назначен командиром 25-й учебной подводной флотилии. После войны, пробыв несколько недель в плену, Гюзе сделал себе вторую карьеру в Бундесмарине.

В свое время нацистское правительство Германии обращалось к своей союзнице — Японии с предложениями, касающимися расширения зоны действий германских подводных лодок. Но только в декабре 1942 года Япония сама предложила использовать оккупированные ею порты Пенанг и Сабанг в качестве баз германских подводных лодок, действовавших в северной части Индийского океана. Дениц понимал, что такое базирование без обеспечения топливом и смазочным маслом, запасными частями, боеприпасами и прежде всего консервами — привыкшие к европейской пище подводники не смогли бы обходиться японским продовольствием — невозможно. Поэтому прежде всего было начато техническое оборудование базы в Пенанге.

Когда весной 1943 года с точки зрения японцев все было готово, они вновь несколько раз повторили просьбу прислать германские субмарины.

До тех пор пока в Атлантике было достаточно возможностей для успешных действий лодок, японские предложения отклонялись. Необходимость в базах в Индийском океане почувствовалась зимой 1943 года, незадолго до последнего японского предложения. Тогда одиночные суда совсем перестали ходить у южных берегов Африки, в районе Кейптауна. Вместо них там появились конвои, маршруты которых проходили вдоль самого побережья. Транспорты в конвоях хорошо охранялись военными кораблями и авиацией, поэтому в конце февраля 1943 года немецкие субмарины вынуждены были отойти в Индийский океан, в район Дурбана и Лоренцо-Маркеш. В том же месяце в течение трех суток они атаковали конвой, шедший из Сиднея к Кап-Претон, и потопили 10 судов. Значительных успехов к югу от Дурбана добилась U-160 капитан-лейтенанта Лассена, потопившая четыре судна общим тоннажем 25 852 брт, а также повредившая торпедами еще два судна общим тоннажем 15 224 брт.