После избрания Сергия в патриархи всея Руси в 1943 году, немецкие власти пытались сделать все, чтобы его избрание в сфере их влияния было объявлено недействительным. В Берлине прошло церковное собрание, представленное в основном эмигрантами. «Архиерейское совещание иерархов Православной Русской Церкви», как оно себя официально назвало, приняло резолюцию и воззвание. В них утверждалась незаконность избрания патриарха Московского. Этот акт назывался не церковным, а политическим. Сергий и его сподвижники обвинялись в том, что они — простые марионетки безбожной власти, принимающие «дары от сатаны». Воззвание лживо утверждало, что совещание — это честный, правдивый голос «наиболее свободной части русской церкви», никакой внешней силой не продиктованный.

Совещание приняло решение добиваться следующего:

1. Свободного развития православия во всех оккупированных областях и объединения всех сил «под одним общим церковным возглавлением», т. е. под эмигрантским Карловацким синодом.

2. Активизации духовенства в борьбе против коммунизма.

3. Предоставления вывезенным в Германию русским рабочим «свободного удовлетворения всех церковных нужд».

4. Введения института военных священников при всех русских воинских подразделениях в германской армии с тем, чтобы ими ведал тот же Синод, который именовал себя здесь «Русским церковным центром».

7. Широкого издания духовной литературы для перевоспитания народа, подвергшегося «растлевающему действию большевистского влияния».

8. Создания миссионерского комитета по борьбе с большевистским безбожием.

9. Организации регулярных религиозных радиопередач.

10. Организации духовных библиотек.

11. Предоставления Церкви права открывать духовные школы, семинарии, пасторские курсы¹⁰⁵.

Однако экзарх Сергий убеждал немцев в том, что необходимо признать избрание патриарха и использовать его в антибольшевистской пропаганде: допущение патриарха, возрождение Церкви, мол, является доказательством полного банкротства коммунизма¹⁰⁶.

Приступить официально к исполнению своих патриотических обязанностей Русская Православная Церковь смогла лишь слета 1943 года (исключение составили проводившиеся с 1941 года сборы в фонд обороны).

Всё это позволило силам сопротивления ещё активнее идти на связь с честным духовенством. Его можно разделить на следующие категории:

1. Священнослужители, активно помогавшие партизанам. Используя свой сан и определённое доверие со стороны оккупантов, они осуществляли разведывательные и террористические акции.

2. Священнослужители, оказывавшие содействие в области агитации и пропаганды: распространяли в церквях советские листовки и газеты, вели патриотические проповеди.

3. Священнослужители, предоставившие свои средства в фонд обороны. Последних было более половины от общего числа служителей культа¹⁰⁷.

Практически одновременно с активизацией деятельности Православной Церкви в Советском Союзе на оккупированной территории России шёл процесс становления Русской освободительной армии под командованием генерал-лейтенанта А. А. Власова.

В конце 1942 года, во время своей поездки по оккупированным районам России, генерал А. А. Власов встретился с митрополитом Рижским Сергием. Последний выдвинул идею о необходимости создания в занятых немцами областях Святейшего Синода во главе с одним из иерархов Русской Православной Церкви. Сергий выражал опасения из-за активизации эмигрантов-карловчан (Русская зарубежная Православная Церковь). Он отмечал, что карловчане, давно оторвавшись от российской действительности, в работе с населением обнаружили свою полную непригодность и зависимость от немецких властей. Власов в беседе с экзархом Сергием заявил, что он считает: «Религия — личное дело каждого русского человека. Религия должна быть свободной. Верить — дело личной совести каждого»¹⁰⁸. Через несколько дней во Пскове во время выступления перед горожанами им было сказано: «Нет ничего прекраснее обрядов Православной Церкви. За две тысячи лет христианство сделало так много хорошего для нашего многострадального отечества»¹⁰⁹. В августе 1943 года во время встречи с клиром Стругокрасненского района Власов заявил о необходимости создания института полковых священников в РОА¹¹⁰.

Активная деятельность с двух сторон привела к расколу духовенства. Это наиболее ярко проявилось в вопросе отлучения от церкви и проклятии московского митрополита Сергия рижским митрополитом Сергием. Большая часть духовенства отказалась это делать, заявив, что «Митрополит Московский есть патриот Русской Православной Церкви. Помолимся Богу за его здоровье»¹¹¹.

Деятельность сторонников московского патриарха изображалась оккупационной прессой как предательство и подлое забвение того, что большевики сделали с церковью за годы своей власти. Сбор пожертвований в фонд обороны назывался «утончённым обиранием трудящихся». Несмотря на все это многие священники активно помогали советскому сопротивлению. Лишь в районе, где находилась 5 партизанская бригада, действовавшая на территории Ленинградской области в основном через церковь, население добровольно сдало 1200 тысяч рублей на танковую колонну для Красной Армии¹¹².

С лета 1943 года Ленинградский штаб партизанского движения наладил поставку литературы издательского отдела Русской Православной Церкви в тыл врага. Доставлялись первые номера журнала Московской патриархии и воззвания к населению, подписанные иерархами Православной Церкви, в том числе митрополита ленинградского Алексия¹¹³.

Все распространявшиеся печатные материалы можно разделить на две основные части.

В материалах первой категории верующие оккупированных районов призывались на борьбу с врагом. В посланиях к пастырям и пастве говорилось о благословении Русской Православной Церковью «подвига ратного» и «вере, что Господь сил с Вами в этой священной борьбе, что этому благородному порыву он подаёт свою дивную помощь и силу… Мир нельзя иметь без помощи военной. Этому подтверждение вся история России и её святителей». В листовках Ленинградской митрополии говорилось о том, что первейший долг каждого православного христианина всеми силами помогать партизанам бороться с врагом за веру, свободу, за честь Родины. Целью войны называлось благословленное Святым Александром Невским и Святым Сергием Радонежским избавление от впавшего в кровавое безумие насильника и ненавистника славянства¹¹⁴.

Во второй группе прокламаций говорилось об отлучении от церкви всех верующих и лишении сана епископов и клириков, сотрудничающих с фашистами. Особым грехом называлось предательство партизан и подпольщиков, жертвующих собой за Родину. За это преступление отступникам уготавливалась участь Искариота. «Как Иуда погубил свою душу — телом он понёс исключительное наказание ещё здесь, на земле»¹¹⁵.

С конца 1943 года материалы о патриотической деятельности Русской Православной Церкви появились на страницах периодической печати, в том числе и в центральном органе ЛШПД — газете «Ленинградский партизан». В них говорилось об участии священнослужителей в комиссиях по расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков и даже об их участии в партизанских судах и процессах над предателями¹¹⁶.

Подобные факты не могли быть проигнорированы нацистами. Вскоре после того как в Москве было заключено соглашение между Сталиным и руководством Русской Православной Церкви, германское руководство инспирировало совещание в Риге православных архиереев Латвии, Эстонии и Литвы. В совещании принимали участие Сергий, митрополит Литовский, экзарх Латвии и Эстонии, архиепископ Иаков Елгавский, Павел, епископ Нарвский и Даниил, епископ Ковенский.

Участники совещания с подачи оккупантов высказали своё мнение по поводу воззвания к русскому народу патриаршего местоблюстителя Сергия, митрополита Московского и Коломенского о сопротивлении германской армии. Они заявили о том, что «высокочтимый иерарх, глава Русской Православной Церкви, не мог составить или по крайней мере добровольно подписать это воззвание. Целый ряд обстоятельств доказывает, что это воззвание сфабриковано кремлёвскими властителями и распространяется от лица патриаршего местоблюстителя».