Идея русского патриаршества не была еще предметом официальных переговоров с антиохийским патриархом Иоакимом. В «греческом статейном списке» 1586 года нет ни одного намека на обсуждение других тем, кроме помощи восточной церкви. Хотя, скорее всего, пожелания русского правительства были сформулированы и озвучены уже тогда. Об этом говорится в рукописи, сохранившейся в синодальной книгохранительнице (возможно, что она восходит к патриаршему архиву). В ней описывается порядок переговоров Бориса Годунова с патриархом Иоакимом «о патриаршестве московском всего росийскаго царствия» [291]. Царь Федор Иванович поручил «шурину своему» и советнику просить благословения вселенских патриархов на устройство в Московском государстве патриарха. Именно Борис Годунов, упомянутый по такому поводу с дипломатическим чином «ближнего великого боярина и конюшего и наместника Казаньского и Астороханского», и провел все переговоры. Патриарху Иоакиму было передано решение царя Федора Ивановича и его царицы Ирины, обсудивших с Боярской думой («и с бояры поговорили») возможность устроения «в государьстве нашем Московьском росийскаго государствия патриарха». Патриарха Иоакима просили известить об этом желании московского царя «цареградского» патриарха, чтобы далее глава восточной церкви «посоветовал о таком великом деле с вами со всеми патриархи… и со всем освященным собором» [292]. Патриарх Иоаким отвечал осторожно, что «такому великому достоянию в его Московьском государьстве Росийскаго царьствия пригоже быть». Однако ни в коем случае не брал на себя решение: «то дело великое, всего священного собора» [293].

На отпуске антиохийского патриарха, по официальному статейному списку его посольства, наградили «милостиней», за которой тот и приехал. Одновременно щедрые дары были отправлены константинопольскому и александрийскому патриархам (возможно, в видах дальнейших переговоров о русском патриаршестве). Церковные власти просили молиться за умершего царя Ивана Грозного и погибшего царского брата царевича Ивана Ивановича, а также за всю царскую семью. В грамоты антиохийскому и александрийскому патриархам вписали еще дополнительную просьбу — молитву о чадородии царицы Ирины. Московские политики свой ход сделали, теперь они ждали ответа на свои инициативы. Однако вместо этого, услышав о царской щедрости, в Москву стали тянуться разные просители, преимущественно с Балкан. Им тоже не было отказа, но, принимая сербских архиереев и священников, хотели, прежде всего, услышать ответ константинопольского патриарха. Наконец, в июне 1587 года, спустя целый год после приема патриарха Иоакима, в Москву приехал «греченин» Николай. В расспросе в Посольском приказе он ссылался на устное поручение ему от константинопольского и антиохийского патриархов, которые якобы послали к иерусалимскому и александрийскому патриархам, чтобы учредить собор: «и о том деле соборовать хотят, что государь приказывал, и с собору хотят послати патреарха Ерусалимского и с ним о том наказать, как соборовать и патреарха учинить» [294]. Так и осталось неясно, говорил ли «греченин» Николай то, что от него хотели услышать, или же выдумывал на ходу, заботясь больше о получении из Москвы денег. Во всяком случае, прошел еще почти год, прежде чем стало известно, что в Москву едет сам константинопольский патриарх — но не Феолипт, которому была передана просьба об учреждении патриаршества, а вернувший себе вселенский престол его предшественник патриарх Иеремия.

Появление вселенского патриарха на смоленском рубеже в июне 1588 года стало полной неожиданностью для смоленских воевод (им даже выговорили, чтобы они вперед «так просто» не делали и не допускали безвестного приезда посланников или подданных других стран). В своей грамоте царю Федору Ивановичу патриарх Иеремия много говорил об отце нынешнего царя — Иване Грозном, к которому ему так и не удалось приехать, хотя он и хотел. Ныне же, как только он получил возможность, сразу отправился в путь из Константинополя в Московскую землю. Причина приезда была все та же: во время правления Феолипта казна константинопольского патриарха исчезла, а соборный храм был превращен в мечеть. Турецкий султан, сначала изгнавший Иеремию с патриаршества, а потом вернувший на престол, разрешил ему собирать милостыню в христианских странах. Москва оставалась единственным местом, где патриарху могли помочь возродить константинопольскую кафедру в прежнем блеске и силе.

Явление нового старого патриарха чрезвычайно озадачило московских дипломатов, тайно пытавшихся разузнать, что стало с его предшественником. Оставалось неясным, везет ли с собой патриарх Иеремия соборные постановления, о подготовке которых говорил ранее «греченин» Николай. Приставу Семейке Пушечникову было велено тайно расспросить, «каким обычаем патриарх ко государю поехал, и ныне патриарх патриаршество держит ли и нет ли ково иного на ево место и о прочей его нужи, что он едет о милостине просити мил остины, есть ли какой с ним ото всех патриархов с соборного приговору ко государю приказ» [295]. Оказалось, что два года в Москве напрасно тешили себя иллюзией продвижения вопроса о русском патриаршестве. Предстояло начинать все заново. Но, несмотря на это, царь Федор Иванович и его советники решили не упускать своего шанса.

Приезд константинопольского патриарха Иеремии в сопровождении митрополита Иерофея Монемвасийского и архиепископа Арсения Элассонского все же стал великим событием в истории русской церкви. Не приходится сомневаться, что именно Борису Годунову удалось решить главную задачу и убедить константинопольского патриарха и приехавших с ним архиереев учредить новую патриархию в России. В ход был пущен весь арсенал способов достижения цели: за полгода, проведенные в Москве, константинопольский патриарх и его свита испытали многое. Сначала их удивила пышная встреча в Смоленске, куда они попали на большой «двунадесятый» церковный праздник — день Петра и Павла 29 июня 1598 года. Затем их с честью встретили в Москве, разместив на подворье рязанского архиепископа. Был устроен пышный царский прием; занявший русскую кафедру митрополит Иов, не в пример своему предшественнику, соблюдал иерархию и смиренно первым подходил под благословение константинопольского патриарха. При этом, обнадеженные в успехе своей миссии, члены посольства иногда чувствовали себя арестантами, не понимая причин своего стесненного положения. Такова была обычная практика Посольского приказа, пресекавшего любые контакты и попытки получения информации о том, что делается в Московском государстве. Но у московских дипломатов были и другие виды, они усиленно наблюдали за окружением патриарха Иеремии. Монемвасийский митрополит Иерофей пытался удержать его от создания патриаршей кафедры в Москве (впрочем, безуспешно), предвидя будущие соборные затруднения в Константинополе.

Самому константинопольскому патриарху демонстрировали все знаки почета и уважения, особенно зорко следя за соблюдением норм церковного этикета. Правда, настоящую цену московских церемоний патриарх Иеремия узнал тогда, когда, убеждаемый со всех сторон учредить патриаршество, решил остаться в Московском царстве и править здесь. Так было бы проще, но не этого хотели в Москве. Жизнь в Московском царстве, безусловно, облегчила бы участь главы восточной церкви, жаловавшегося на притеснения басурман. Однако царь Федор Иванович не хотел портить отношений со своим «братом» — турецким султаном Мурадом. Постоянное присутствие константинопольского патриарха в Москве могли расценить в Османской империи как вызов и чуть ли не оживление старых претензий русских князей на Царьград. Патриарху Иеремии предложили, если он действительно хочет остаться, ехать во Владимир. Всё это дипломатично обосновывалось тем, что именно во Владимире находилась древняя кафедра русских митрополитов. Переговоры с патриархом «по боярскому приговору» должен был вести боярин и конюший Борис Федорович Годунов. Царь Федор Иванович «велел» ему «о том с патриархом поговорити и с ним посоветовати, возможно ли тому статися, чтобы ему быти в его государьстве в Росийском царьстве в стольном граде в Володимере». Годунов вел переговоры «тайно»; от имени царя он предложил патриарху Иеремии «быти на патриаршестве в нашем государьстве в Росийском царьствии, на владимирьском и всея великия Росии». Патриарх соглашался остаться в Российском царстве, если это было угодно царю Федору Ивановичу, однако настаивал на том, чтобы постоянно находиться в самой Москве. «И яз от того не отмещуся, — отвечал вселенский патриарх Борису Годунову, — толко мне в Володимере бытии не возможно, заиже патриархи бывают при царе всегда, а то что за патреаршество, что жити не при государе, тому статься никак невозможно».