Цыси бежала из столицы и вернулась обратно только в январе 1902 года. Последний переезд от станции Чжэндин она впервые в истории династии совершила на поезде. Пекин повсюду хранил следы разрушений и нашествия иностранных пришельцев. Шесть восточных и шесть западных дворцов, императорская библиотека и священные храмы подверглись разграблению, их сокровища исчезли. На полу императорских дворцов всюду валялись осколки фарфора, нефрита, мрамора, слоновой кости, бронзы, клочки шёлковой материи. Цыси остановилась в наспех восстановленном пекинском дворце. Душа её скорбела об утрате былого величия империи, но она хорошо понимала — возвращение к прежнему уже невозможно! Требовались кардинальные реформы. Несмотря на весь свой консерватизм и прямую реакционность, несмотря на преклонный возраст, императрица сумела подняться над частными интересами и открыла дорогу новому. Она заинтересовалась проектами сторонников реформаторского движения, стала читать их доклады. В 1905 году был издан целый ряд важных указов о реорганизации армии по европейскому образцу, об отмене государственных экзаменов при занятии чиновничьих должностей, о преподавании, наряду с конфуцианским каноном, естественных наук. Стали создаваться школы для учащихся всех возрастов, поощрялось развитие торговли и промышленности, намечалось строительство железных дорог. Цыси живо заинтересовалась европейской техникой. В 1905 году ей прислали трёхколесный велосипед, на котором императрица несколько раз каталась по двору. В следующий раз ей прислали автомобиль, вызвавший у Цыси неподдельный восторг. Однако воспользоваться им не пришлось: никто из евнухов не умел водить машину. Дело дошло до того, что в 1905 году Цыси объявила о твёрдом намерении ввести в стране конституцию. В европейские страны и США были отправлены комиссии для изучения конституционного строя этих стран. В 1907 году Цыси обнародовала указ с обещанием дать Китаю конституцию и заявила, что сама будет председательствовать на заседаниях первого китайского парламента. В дальнейшем предполагалось установить в Поднебесной конституционно-монархическую форму правления. Но исполнить задуманное Цыси не успела — в 1908 году она умерла.

Отец Али, Абу Талиб, и отец пророка Мухаммада, Абдаллах, были родные братья. После смерти родителей Мухаммад несколько лет воспитывался в семье своего дяди. В свою очередь, когда Абу Талиб разорился, а дела Мухаммада вследствие удачной женитьбы, напротив, пошли на лад, он взял к себе на воспитание Али — самого младшего из своих двоюродных братьев. Как известно, у пророка не было сыновей, и он всегда питал к Али поистине отцовские чувства. Когда последнему исполнилось девять лет (около 608), он принял мусульманство. В дальнейшем Али был активным и неизменным участником всех событий ранней истории ислама и всех битв, которые пророку пришлось вести с противниками своего вероучения. В бою ему обычно поручали самые трудные участки, и Али, отличавшийся могучим сложением и замечательной храбростью, всегда оправдывал возлагавшиеся на него надежды. В 624 году Мухаммад выдал за Али свою младшую дочь Фатиму.

Согласно легенде, молодые первое время жили очень бедно. Чтобы купить подарок своей невесте, Али пришлось продать кольчугу. В их доме была одна только кожаная подстилка. На одном её конце они спали, а на другом Фатима месила лепёшки.

Близкое родство с Мухаммадом и личные заслуги доставили Али выдающееся место в мусульманской общине. Многие считали, что после смерти пророка именно он должен был стать во главе правоверных. Однако халифом тогда избрали Абу Бакра. Умирая, тот назвал своим преемником Умара. По кончине Умара Али вновь был одним из главных претендентов на халифат и лишь немного уступил своему сопернику Усману. С этим халифом у Али не сложились отношения. И хотя открытыми врагами они не стали, их взаимная неприязнь была всем хорошо известна. Поэтому Али ничего не сделал для Усмана в то время, когда мятежники сорок дней осаждали его дом. А когда халиф был убит, он согласился в июне 656 года принять после него власть. Эта поспешность сильно повредила Али в глазах мусульман и в дальнейшем имела для него очень дурные последствия, поскольку враги сразу обвинили нового халифа в сговоре с убийцами его предшественника. Али так и не удалось до конца отвести от себя эти обвинения, поскольку, не имея сил расправиться с убийцами Усмана, он всех их отпустил безнаказанными.

Приняв бразды правления, Али достаточно быстро установил порядок в Медине. Его власть, хотя и не без труда, признали в Египте, Ираке и Йемене. Только правитель Сирии и Палестины Муавийа ибн Абу Суфайн отказался присягать новому халифу как человеку, запятнавшему себя связью с убийцами, и объявил себя мстителем за Усмана. Много недовольных Али было и в самой Аравии. Большинство из них переехало из Медины в Мекку, где сильную агитацию против халифа вела любимая жена пророка Аиша. В августе 656 года, когда разрыв с Муавийей сделался окончательным, Али стал готовиться к войне с ним. Но первыми выступили против него мекканцы, возглавляемые Талхой ибн Убайдаллахом, аз-Зубайром ибн ал-Аввамом и Аишей. Они отправились в Басру и возмутили её жителей. По их призыву здесь были схвачены и перебиты все участники убийства Усмана. Между тем соседняя Куфа приняла сторону Али. Горожане влились в войско халифа, и когда тот подошёл к непокорной Басре, под его началом было около 12 тысяч человек. В декабре произошло сражение, закончившееся победой Али. Талха был убит уже в первой схватке. Аз-Зубайр бежал. Оставшись без полководцев, басрийцы стали отступать, но были остановлены Аишей, которая наблюдала за битвой, сидя в паланкине на рыжем верблюде. Только после того как верблюду поранили ноги и он упал, басрийцы были окончательно опрокинуты.

Таким образом, власть Али упрочилась. В январе 657 года он перебрался в Куфу, сделавшуюся с этого времени его резиденцией. По мере того как ему присягали дальние провинции Халифата, его силы росли. Вскоре в распоряжении Али оказалась 50-тысячная армия. В апреле он выступил в поход на Сирию, возле Ракка переправился через Евфрат и встретился с Муавийей неподалёку от селения Сиффин. Здесь обе армии простояли друг против друга около месяца. Решительная битва началась только 19 июня и продолжалась девять дней с перерывами на ночь и для молитв. 27 июня успех стал как будто клониться на сторону Али. Но к этому времени оба войска были измотаны до такой степени, что находились на грани физического истощения. Один из участников битвы рассказывал позже: «Мы были покрыты пылью и кусали друг друга и дошли до того, что стояли, глядя друг на друга, и не мог ни один человек из двух войск броситься на противника и сразиться с ним». Поэтому когда Муавийа предложил заключить мир, воины сразу перестали сражаться — все ждали ответа Али. После короткого раздумья он сказал: «Вы хотите остаться в живых, и я не могу вести вас к тому, что вам претит». Начались переговоры. После долгих пререканий пришли к соглашению, что решение спора будет передано третейским судьям. Муавийа и Али обещали им подчиниться, какое бы постановление они ни приняли. После этого армии разошлись.

С военной точки зрения Сиффинская битва кончилась вничью, но в политическом отношении она была явно проиграна Али, ибо подписанием договора он поставил под сомнение своё бесспорное право на халифат. Благодаря этому Муавийа, до этого рассматривавшийся как простой мятежник, был поставлен вровень со своим противником. Сторонники Али не могли этого не понимать. Если до этого армия дружно поддерживала халифа, то теперь в ней произошёл раскол. При подходе к Куфе значительная часть войска (от 8 до 12 тысяч) отделилась от Али и устроила сходку в селении ал-Харура. На ней было решено, что коль скоро Али не проявил достаточной твёрдости и упустил власть из своих рук, то следует после победы над Муавийей созвать совет и избрать нового халифа. Эта группа отколовшихся получила сначала название харуритов, но в дальнейшем их последователей стали именовать хариджитами (от глагола хараджа — «выйти», «восстать»). Спустя несколько лет хариджиты образовали самостоятельное течение в исламе со своим оригинальным учением (одно из главных положений этого учёния заключалось в том, что власть халифа не может быть наследственной, но должна передаваться наиболее достойному из членов общины). Али стоило немалого труда уговорить этих воинов вернуться вместе с ним в Куфу, однако раскол между хариджитами и халифом так и не был преодолён.