Рудольф жил в плену собственных предрассудков, будучи жертвой суеверного страха смерти, который отчасти был следствием пророчества, сделанного Тихо Браге. И император, и его астроном были глубоко потрясены убийством во Франции Генриха III в 1589 г., совершенным монахом Жаком Клементом, сочтя, что подобная судьба ждет и Рудольфа.

В начале XVII в. агрессия воинственных и ненавидящих христиан турок на границах с Венгрией, вкупе с гражданскими и политическими беспорядками в Богемии, сильно пошатнула власть короны, но в то же время никак не уменьшила равнодушия Рудольфа к его императорским обязанностям. Он не вспоминал о том, что

Он передал военные полномочия в борьбе с магометанами своему брату Матиасу, которого австрийские герцоги подговорили заставить Рудольфа отречься от трона и занять его место. Считая, что инициаторами этого неудавшегося замысла были протестанты, Рудольф предпринял против них суровые меры, однако в это время в Венгрии вспыхнул мятеж. Все эти бедствия заставили Богемскую ассамблею лишить Рудольфа власти в апреле 1611 г. и короновать его брата Матиаса. Незадолго до своего отречения Рудольф, как говорит легенда, посмотрел из окна своего замка на Градчанах на Прагу и проклял Вечный город: «Прага, неблагодарная Прага! Тебя вознес я столь высоко, но ты отвергла своего благодетеля! Так пусть проклятие и гнев Божий падут на тебя и на всю Богемию!»

Лишенному власти монарху, слабому телесно и душевно, было позволено остаться в Праге и назначено содержание в 400 000 флоринов, не считая продовольствия. В начале 1612 г. его любимый ручной лев Оттакар заболел и умер, и Рудольф расценил это событие как роковое предзнаменование, поскольку много лет назад Тихо Браге заявил, что лев и император подвержены влиянию одних и тех же астральных знамений. Рудольф умер 20 января 1612 г., и знать решила держать его смерть в секрете, пока его брат Матиас не прибудет в столицу. Каспар Руки фон Рутц, один из слуг и алхимиков императора, с которым тот познакомился в Медицинской академии, пользуясь случаем, украл весь порошок для проекций и всё алхимическое золото, которое только смог унести с собой, обыскав королевские лаборатории и кунсткамеру. Имя вора тотчас стало известно первому министру, и алхимик с несколькими соучастниками был арестован и заточен в темницу.

После страшных пыток на дыбе Руки повесился в своей камере на веревке, которую обычно обматывал вокруг запястья, нося на ней ключи от своего кабинета. Его тело было отдано палачу, который отвез его на место свершения суда — площадь в центре Градчан, где тело алхимика было разрублено на части, кисти и ступни отрезаны, а язык и сердце вырваны. После этого изуродованные останки были сожжены и похоронены. Несмотря на эту публичную «казнь», люди, жившие в окрестностях замка, многие годы спустя утверждали, что дух алхимика всё еще бродит среди построек. Поговаривали, что он восседает верхом на козле, и сопровождают его шесть котов. Чтобы искоренить эти слухи, могилу вскрыли и сожгли то, что осталось от тела, повторно.

Со смертью Рудольфа наступили тяжелые времена и для некоторых других придворных, многие были арестованы по политическим соображениям, среди них — антиквары Рошель и Ганс Хайден, библиотекарь Хасталь, а также художник Иоганн Курбах, который был крещеным евреем. Помимо этого опять был временно заточен и изобретатель вечного двигателя Корнелиус Дреббель.

Рудольф II никогда не был женат, хотя он посылал гонцов к правителям нескольких стран, желая разузнать о принцессах на выданье. Известно, что несколько раз он обручался: с инфантой Изабеллой, с Марией Медичи, с принцессой Лотарингской, с дочерью великого герцога Карла и дочерью великого князя московского.

Время правления Рудольфа, длившееся тридцать пять лет, было отмечено его нетерпимостью и в то же время равнодушием, а также неповиновением и мятежами подвластных ему земель, хотя считается, что при нем Богемия переживала свой золотой век, — возможно, золото это было не более реальным, чем то, которое получали в своих тиглях его алхимики.

Историки, пытавшиеся отстоять истинность трансмутации, писали, что Рудольф II оставил после себя двадцать четыре сотни фунтов золота и шестьдесят сотен фунтов серебра в виде слитков, что является неопровержимым доказательством того, что он преуспел как ученик Гермеса. После смерти Рудольфа Матиас провел инвентаризацию всех сокровищ и произведений искусства во дворце, и комиссия действительно сообщила, что обнаружила золотые и серебряные вещи общим весом в двадцать четыре и шестьдесят сотен фунтов соответственно, не считая серебряной посуды, драгоценных камней и жемчугов, а также других сокровищ. Всё это было оценено в семнадцать миллионов гульденов.

Август Саксонский также, если верить легендам, оставил после своей смерти несколько миллионов талеров в своей алхимической лаборатории, а после смерти папы Иоанна XXII в 1334 г. в его тайнике было обнаружено не меньше двухсот золотых слитков — каждый по сто фунтов весом. Все эти слухи лишь подогревали веру людей XVI и XVII вв. в чудеса алхимии и других Безумных Наук.

Квадратура круга, вечный двигатель, судебная астрология, умножение куба, алхимия и магия считаются «Шестью Безумиями Науки». Но хотя образованные люди тратили на их изучение и преследование эфемерных целей массу времени и энергии, следует признать, что эти «безумия» оказали огромное влияние на прогресс настоящего знания. Решение сложных математических проблем, пусть даже и неразрешимых в принципе, попытки сконструировать механические устройства, основываясь на принципах, противоречащих фундаментальным законам природы, ошибочные предположения о влиянии астральных явлений на мирские дела, пустая погоня за Философским Камнем, Эликсиром Молодости, неиссякаемым здоровьем и богатствами, жестокие разочарования и даже трагическое падение философии колдовства и магии — все они внесли свою лепту в развитие рационального знания. Время учения несет свои беды, и время господства сих наук породило множество предрассудков, принесших немало горя человечеству, которое в то же время было подготовлено ими к восприятию рациональной науки и ее практических плодов.

Упадок безумств, прилепившихся к науке, как ракушки прилепляются ко дну корабля, происходил тем быстрее, чем в большей степени эксперименты в самых различных областях открывали истину. Работа с телескопами, микроскопами, скальпелями, ретортами, термометрами, барометрами и прочими приборами, насосами и электрическими машинами была направлена на объяснение природных явлений, в противовес слепому следованию догмам минувших веков. Накапливавшиеся наблюдения становились основой принципов индуктивной философии, постепенно очищавшей от наросших ракушек корабль науки, томившийся до того в медленных водах, и корабль этот, сверкая отполированными бортами, легко заскользил по волнам, повинуясь попутному ветру — по рекам рассудка в гавань истины. Было бы весьма затруднительным перечислить одно за другим все заблуждения, которые были последовательно опровергнуты; о прогрессе этом легче рассказать, описав инструменты, с чьей помощью были произведены как очищение, так и условия, способствовавшие движению корабля к его цели.

XVI столетие стало временем самых значимых событий в мировой истории и породило множество невероятно одаренных людей. Открытие Америки на рубеже этого века подготовило почву для ее исследования и колонизации, открыв Старому Свету Свет Новый; реформация провозгласила свободу мысли и возродила светлый дух христианства; несмотря на то, что книгопечатанье было изобретено в середине XV в., потрясающие возможности использования печатного станка для распространения знаний были открыты лишь в начале эпохи, о которой мы ведем речь, став основным орудием поражения суеверий. Впрочем, самым эффективным в искоренении предрассудков, засорявших естественные науки, стал экспериментальный метод исследований, внедренный во всех областях знания.