Сторону ревнителей принимали многие знатные и богатые бояре, церковные иерархи, крестьяне и посадские люди. Первые опасались крайнего усиления власти царя и патриарха, ущемления своих прав и привилегий. Вторые видели в ревнителях людей, протестующих против власть имущих, от которых шло угнетение простого народа, социальных низов; под «религиозной оболочкой» здесь, как это нередко бывало, скрывался антифеодальный протест, выражались оппозиционные настроения.

Одно время надеялись, что их поддержит Алексей Михайлович. Он поначалу стоял в стороне от реформы, проводимой Никоном. Но сочувствовал ей, поддерживал патриарха, и Аввакум в нем разочаровался, перестал считать «благочестивейшим и православнейшим» царем. С монархом разошелся во взглядах и патриарх Никон. Непомерные гордость и властолюбие столкнули его не только с вельможами, светскими и духовными, которыми он помыкал, но и с царем. Он всю жизнь был убежден, что духовная власть, священство выше светской власти, царства: «Яко же месяц емлет себе свет от солнца, такожде и царь поемлет посвящение, помазание и венчание от архиереа».

Государь не мог долго сносить патриаршие претензии, выходки второго «великого государя», к тому же претендовавшего на политическое первенство. Недовольство царя нарастало. Он перестал посещать службы, которые вел патриарх, приглашать его на приемы во дворце. Обидчивый и гневливый Никон не выдержал — на одном из богослужений в Успенском соборе отказался от патриаршества и покинул столицу. Уехал в Воскресенский Новоиерусалимский монастырь под Истрой. Никон ждал, что царь будет умолять его вернуться в Кремль. Но тот и не думал это делать. Церковный собор (1660) лишил Никона патриаршего сана. Стали звать «вселенских патриархов» в Москву для суда над Никоном, но те не торопились: большинство их сочувствовало взглядам русского владыки. Только в 1666 г . явились два патриарха, а два других прислали своих представителей. Начался суд, на который под охраной стрельцов привезли и Никона. Сам Алексей Михайлович говорил о его тяжкой вине: «Самовольно и без нашего царского величества повеления церковь оставил и патриаршества отрекся».

Патриархи поддержали русского царя; сказались старые традиции византийской церкви, подчинявшейся императорской власти, зависимость патриархов, живших под гнетом турецких султанов, от московской «милостыни», присущая им осторожность в отношениях с мирскими владыками.

Свергнутого патриарха сослали в Ферапонтов монастырь, потом перевели в Кирилло-Белозерскую обитель, где он и скончался в 1681 г . В этом же году окончил свой земной путь и Аввакум, его фанатичный противник. Церковный Собор 1666—1667 гг. проклял всех противников реформы. Собор приговорил отдать сторонников Аввакума в руки «градских властей». Неумолимый закон привел в огонь и Аввакума, и других подвижников древнего благочестия, и многих их сторонников и последователей, которых с того памятного Собора стали именовать расколоучителями, раскольниками.

Собор 1666—1667 гг. и положил начало расколу в русской православной церкви. Старообрядцы, противники церковной реформы, тянули к старине, выступали против любых нововведений в церковно-обрядовой, литургической сфере. В глазах обиженных, угнетенных, среди которых были распространены подобные взгляды, решающее значение имело противостояние расколоучителеи властям, не только церковным, но и мирским, гражданским, их выступление против государства. Поддержали раскол и представители знатных, богатых фамилий — боярыня Ф.П. Морозова, прославленная В.И. Суриковым, ее сестра княгиня Е.П. Урусова (обе умерли от голода и пыток в Боровской земляной тюрьме), князья Хованский, Мышецкий и др.

Народные недовольство, протест принимали разные формы — открытые восстания (Соловецкое 1668—1676 гг., движение раскольников во время Московского восстания 1682 г ., на Дону в 70—80-е годы и др.), уклонение от повинностей, неподчинение властям, наконец, самосожжения («гари») и запощевания (голодная смерть). Подсчитано, например, что только за 20 лет (1675—1695) в 37 «гарях» добровольно лишили себя жизни до 20 тыс. раскольников.

В преследовании раскольников одинаково жестоко действовали царская и церковная власти. Согласие между ними сохранялось почти до конца столетия. Но все изменилось, когда Петр I реально взял власть в свои руки. При жизни матушки он еще сдерживался, хотя нередко не считался с иерархами, открыто называл монахов бездельниками. Когда же она скончалась, открыто показал свое истинное отношение к церковникам.

После взятия Азова Петр устремил свой зоркий глаз на церковь: потребовал от нее отчеты о доходах, заставил строить на свои средства корабли, запретил возводить в монастырях новые корпуса, а тем из иерархов, кто имел поместья, платить жалованье.

В 1700 г . умер патриарх Адриан. Нового патриарха, которого ждали верующие, так и не назначили. Вместо него Петр ввел новую должность — местоблюстителя патриаршего престола, который имел только функции духовного пастыря. А имущество церкви поступило в Монастырский приказ во главе с И.А. Мусиным-Пушкиным, лицом светским. Доходы от него шли в царскую казну. По сути дела, Петр провел частичную секуляризацию, продолжил попытки своих предшественников и предвосхитил полную секуляризацию, объявленную Екатериной II в 1764 г .

Последняя четверть столетия — время правления детей Алексея Михайловича — царей Федора, Ивана, Петра и дочери — регентши Софьи, их помощников, сотрудников. Самым бесцветным из царских детей, ввиду слабого здоровья, был Иван Алексеевич, самыми даровитыми — царевна и особенно младший сын покойного монарха. Старший сын Федор имел некоторые качества, ценные для правителя, но не успел их проявить в должной мере, так как царствовал недолго и умер молодым.

Родился он 30 мая 1661 г ., царем стал, не достигнув 15-летнего возраста — с 29 января 1676 г . Он — сын царя Алексея Михаиловича от первой жены — Марии Ильиничны Милославской. С его воцарением к власти пришли Милославские и их сторонники. Лишились ее Нарышкины, родственники второй жены царя Алексея — Натальи Кирилловны Нарышкиной, матери Петра I.

В числе воспитателей, учителей юного царевича был знаменитый просветитель, богослов, ученый Симеон Полоцкий, из белорусов. Федор Алексеевич, помимо грамоты и прочего, изучил латинский и польский языки. Царь не отличался хорошим здоровьем. Его молодость, робость в делах стимулировали борьбу придворных группировок за власть, влияние. Правительству царя Федора в 70-е годы пришлось решать сложные вопросы в области внешней политики, связанные с украинскими делами, отношениями с Польшей, Турцией и Крымом.

При нем предприняты реформы в области внутреннего управления. Так, по всему государству провели общую перепись населения (1678). Потом провели налоговую реформу (1679—1681). Правительство приняло меры для упорядочения вотчинного и поместного землевладения, торговли иностранных купцов в России. Все казенные сборы, дела по местному управлению сосредоточили в руках воевод (1679). Отменили местничество (1682). В области военного управления, воинского устройства некоторые реформы подготовила и провела особая комиссия во главе с боярином В.В. Голицыным. Родственные приказы объединялись под руководством одного начальника; так достигалась некоторая централизация управления.

При царе Федоре принимались меры по искоренению раскола (церковный Собор 1681 г . и др.). При нем была высказана мысль о заведении Академии. Так основали Славяно-греко-латинскую академию в 1687 г . Печатались книги церковного и светского содержания.

Федор Алексеевич был женат первым браком на Агафье Семеновне Грушецкой, девушке, вероятно, польского происхождения. Бракосочетание состоялось 18 июля 1680 г . 11 июля 1681 г . она родила ему сына Илью, но через три дня умерла, 20 июля умер царевич. Вторым браком Федор Алексеевич женился на Марфе Матвеевне Апраксиной; венчание состоялось 15 февраля 1682 г ., за два с половиной месяца до кончины царя, не дожившего один месяц до 21-летнего возраста.