В марте 1860 г. убили главного советника сёгуна. У ворот Сакурада, сёгунского дворца в Эдо (позже переименованного в Токио), двадцать самураев устроили засаду. Дождавшись выезда повозки главного советника из ворот, нападающие разоружили охрану, выволокли советника из повозки на снег и снесли несчастному голову. Убийство второго по значению после сёгуна человека явилось частью заговора клана Сацума по дестабилизации японской верхушки. Однако сёгун, подросток шестнадцати лет, сделал ответный ход, совершенно неожиданный для его противников. Сёгун отправился в Киото на встречу с императором Комэем, где выразил намерение изгнать иностранцев с Японских островов, согласовывать свои действия по реорганизации правительства с лидерами ведущих самурайских кланов и феодалами. Комэй, весьма пораженный и польщенный неожиданным визитом, в качестве ответного жеста предложил сёгуну в жены одну из своих сестер, дабы связать их семьи кровными узами. Альянс слабого императора и сёгуна, ненавидимого заговорщиками, застал последних врасплох. Император Комэй, сам того не сознавая, обрек себя на погибель. Комэя решили «пустить в расход», а трон предоставить его наследнику. Пришло время решительных действий.
В августе 1864 г. Тёсю ввел войска в Киото и встал лагерем у ворот Хамагури, императорского дворца, намереваясь «вызволить» императора Комэя «из рук коррупционеров» и «взять его под свою защиту», таким образом вынудив сёгуна пойти на уступки и «избавить» страну от иноземцев. Войска Тёсю пошли на приступ. Одиннадцатилетний наследный принц Муцухито впервые в жизни стал свидетелем настоящего боя, так отличавшегося от его игр с деревянными мечами. Пули с пронзительным свистом носились под низкими сводами дворца, тонкие стены павильонов не были для них преградой. В разгар боя наследный принц лишился чувств, но скорее от крайнего перевозбуждения, чем от страха. Восемнадцать дворцовых построек знатных аристократов, окружавших императорский сад, и 44 павильона провинциальных феодалов выгорели дотла. За дворцовой стеной в Киото разрушили огромное количество зданий, синтоистских и буддийских храмов, театров, не говоря уже о лачугах городской бедноты.
После провала операции Тёсю по захвату императора Сацума без промедления перешли на сторону альянса сёгун — император, вынудив тем самым клан Тёсю отойти к границам своего княжества. Сацума и Тёсю являлись смертельными врагами, поэтому Сацума пришлось временно отказаться от своих планов по свержению сёгуна. Сёгун, в качестве победителя, потребовал от князя Мори лично предстать пред его очи и покориться его воле, но Мори уклонился от такой незавидной для себя встречи. Юный сёгун стал готовиться к наступлению на владения Тёсю. Подготовка заняла несколько месяцев, в течение которых оба противника лихорадочно закупали вооружения западного образца.
Помимо немногочисленной гильдии иностранных торговцев, обосновавшихся в Нагасаки и находившихся под неусыпным наблюдением шпионов сёгуна, крупнейшим нелегальным поставщиком оружия в Японию был клан Сацума. Через посредников Тёсю удалось договориться с Сацума о поставке оружия (главным образом новейших скорострельных орудий) в обмен на рис и деньги. Западные торговцы в Шанхае поставляли Сацума оружие большими партиями. Более того, иностранцы также обучали самураев Тёсю правильному обращению с ним. В конце концов Тёсю и Сацума заключили временное перемирие и объединились против сёгуна. Придворная знать присоединилась к заговорщикам, рассчитывая на посты в будущем правительстве. К антисёгунской коалиции постепенно присоединялись все новые и новые силы. В конечном счете она объединила 23 клана, ведомые Сацума, Тёсю, Хидзэн и Тоса. После победы над сёгуном коалиция проживет очень недолго, но главная цель будет достигнута.
Вот выдержка из записки некоего самурая, участника заговора по свержению молодого сёгуна, британскому поверенному в делах, где говорится о происходивших тогда в стране событиях: «В наших провинциях до сих пор полным-полно глупцов и недоучек, в своем слабоумии продолжающих цепляться за отжившее. Они ничего не смыслят в современном западном мире с его прогрессом… они подобны лягушкам на колодезном дне. Но теперь даже они наконец начинают понимать… Глаза и уши этих глупцов наконец обращаются к окружающему их миру. Вопрос об открытии страны для иноземцев… назрел… и разногласий во взглядах по этому вопросу ничтожно мало».
Участь сёгуна была предрешена. Превосходно вооруженные армии кланов Тёсю и Сацума выдвинулись на укрепленные позиции близ Осаки и Киото. Когда в июне 1866 г. армия сёгуна выступила в карательный поход на Тёсю, ее окружили и разгромили. Молодой сёгун пал духом. Он так и не смог оправиться после поражения своей армии: в июле сёгуна не стало. Его вдова, сестра императора Комэя, обрила голову и ушла в буддийский монастырь.
Антисёгунской коалиции не удалось убедить императора Комэя в необходимости насильственного свержения сёгуна. В декабре 1866 г. в возрасте тридцати шести лет Комэй неожиданно заболел оспой и спустя две недели умер в мучениях. Весьма вероятно, императора убили придворные, после падения власти сёгуна поставившие на наследного принца, и зараженный вирусом носовой платок пришелся как нельзя кстати. Японские историографы называют имя Ивакуры Томоми как наиболее вероятного организатора убийства Комэя. Ивакура занял пост вице-президента Государственного совета, сформированного после смерти императора.
Муцухито исполнилось всего четырнадцать лет, когда умер его отец. Смертельно напуганный принц боялся принимать пищу и напитки, по дворцу ползли недобрые слухи: его жизнь висела на волоске. Внезапная кончина отца и царящая во дворце атмосфера страха и неминуемой опасности вызвали у Муцухито ночные кошмары. Дед Муцухито заметил однажды: «Внука преследуют таинственные видения… Каждую ночь ему является обезьянка и мучает его». Мать Муцухито признавалась: «В наш век, столь подверженный упадку и вырождению… дворец буквально кишит злыми духами, и [мы настолько] обеспокоены и напуганы, что я не могу решить, как нам достойно справиться с обрушившимися на нас бедами. Если [мой сын] не будет чрезвычайно прозорливым в своих поступках правителем, ему будет не по плечу решить внутренние и внешние проблемы… Молюсь за него, это все, что мне остается».
Спустя несколько месяцев после смерти отца судьба Муцухито решилась. Новый сёгун династии Токугава в ноябре 1867 г. отрекся от власти. 2 января 1868 г. войска кланов Сацума, Тёсю, Хиросима, Этидзэн и Овари, предводительствуемые Сайго Такамори, Окубо Тосимити и Ивакурой Тамоми, штурмом захватили ворота императорского дворца, сделав невозможным доступ во дворец противникам антисёгунской коалиции. Молодой император был вынужден провозгласить так называемую Реставрацию Мэйдзи. Страна перешла под «власть императора».
Формально. Сэр Гарри Паркс, британский посланник в Японии, смог убедиться в этом лично. Два месяца спустя после интронизации Муцухито состоялась первая в истории Японии аудиенция императора с представителями западного мира.
Император встретился с посланниками Великобритании (Паркс), Франции и Голландии. Британского переводчика информировали о том, что молодой император на аудиенции произнесет заранее приготовленную для него речь. Однако аудиенцию пришлось перенести на более поздний срок из-за инцидента, случившегося с англичанами, направлявшимися на встречу с императором под охраной самураев из кланов Сацума и Хито: возле дворца их атаковали два «бродячих» самурая, выскочившие из засады на одной из дворцовых аллей. Девять англичан получили тогда ранения. Одного из нападавших убили, второго обезоружила охрана. Аудиенцию перенесли на три дня. Через три дня Паркса ждали неожиданности несколько иного свойства.
Вступив в императорский зал, Паркс и его переводчик А.Б. Митфорд предстали перед молодым императором, сидящим на особом возвышении под балдахином. Для сэра Гарри приготовили сиденье уровнем ниже. Император Муцухито произвел на британцев потрясающее впечатление. «Его лицо и руки были белыми, — вспоминал позднее Митфорд, — вероятно, из-за макияжа, линия рта — плохо очерчена, челюсть — несколько выдвинута вперед, черты лица — правильной формы. Брови сбриты, примерно дюймом выше уровня бровей прорисованы искусственные. Одеяние состояло из длинной черной накидки, несколько сбитой назад, поверх нее было надето нечто вроде белой мантильи, широкие брюки — пурпурного цвета». Щеки императора покрывал слой румян, губы окрашены в красный и золотой цвета, зубы вычернены в соответствии с традицией японского императорского двора.