Своими нападками на отдельных людей и на общее падение дисциплины в ордене Оливи навлек на себя ненависть, так что последние годы его жизни были непрерывным рядом расследований по подозрению в ереси. В 1282 г. на генеральном капитуле в Страсбурге было решено подвергнуть его сочинения рассмотрению. В 1283 г. генерал ордена Бонаграция ди С.-Джованни прибыл во Францию, собрал эти книги и поручил их рассмотреть семи главным членам ордена. Последние нашли в них положения, которым дали разную оценку: одни были ложными, другие еретическими, третьи самонадеянными, четвертые опасными, и постановили, чтобы сочинения, содержащие эти положения, были выданы всеми, у кого они имелись. Оливи подписался под этим решением в 1284 г., сетуя, однако, что ему не разрешили объяснить судьям подвергшиеся цензуре места, которые были неправильно истолкованы. Постоянно увеличивавшийся круг его учеников, тайно приверженных иоахизму, не ограничивался мирным распространением своих принципов; они вызывали волнения и мятежи, ответственность за которые ложилась на Оливи. В 1285 г. миланский капитул избрал министром-генералом одного из семи судей, осудивших Оливи, и приказал разыскать и отобрать все осужденные сочинения. Новый генерал вызвал Оливи в Париж для нового расследования. Дело тянулось медленно до 1286 г.; в это время Арлотто умер, и оно было прекращено. Новый генерал подтвердил верность Оливи католичеству, назначив его профессором главной школы ордена во Флоренции. Раймунд Гофриди, избранный генералом в 1290 г., был другом и поклонником Оливи; но и он не смог помешать новому возбуждению дела, хотя и назначил Оливи профессором в Монпелье. Николай IV в 1290 г. поручил инквизитору Венесенского графства произвести расследование и представить донесение, чтобы дело могло поступить на рассмотрение генерального капитула, созываемого в Париже. В 1292 г. Оливи явился на капитул, заявил, что он принимает буллу «Словно посевы тянутся к небесам», подтвердил, что никогда сознательно не учил и не писал ничего иного, а также отрекся и отказался от всего, что он мог по недосмотру сказать несогласного с этой буллой. Его отпустили с миром, но двадцать девять его ревностных последователей, признанных инквизицией виновными, были наказаны. Несколько последних лет его жизни прошли сравнительно спокойно; он пользовался огромным уважением и хотел смягчить фанатическую ересь непримиримых спиритуалов, но сам не мог уберечься от апокалиптических умозрений. В 1298 г. на смертном одре он изложил свое исповедание веры, в котором высказывал полное подчинение римской Церкви и ее главе Бонифацию. Все свои сочинения он отдавал на суд Св. Престола, а по поводу спорных вопросов внутри самого ордена он высказал взгляды, в которых не было ничего такого, под чем бы не подписался Бонавентура или что мог бы осудить Николай III как несогласное с буллой «Словно посевы тянутся к небесам», хотя Оливи резко осуждал падение дисциплины в рдене и укоренившийся обычай иметь деньги.
Вьеннский собор 1312 г. отнесся к памяти Оливи с большим уважением; во всех многотомных его сочинениях собор нашел только четыре заблуждения вполне умозрительного характера, но не приписал их Оливи, а его непосредственные ученики отрицали, что он разделял эти заблуждения. Другие вопросы, касающиеся учения Оливи, были предметом спора перед отцами собора между обвинителем Бонаграцией из Бергама и защитником Убертино из Казале; собор предоставил францисканцам свободу примкнуть к той или другой стороне и не осудил ни самого покойного, ни его сочинений. В учениях спиритуала, действительно, не было ничего революционного. Тем не менее ненависть конвентуалов была еще достаточно сильна в 1400 г., чтобы добиться от капитула в Тории запрещения под страхом тюремного заключения членам ордена иметь у себя книги Оливи.
Несомненно, Оливи был действительно ересиархом спиритуалов, видевших в нем прямого преемника Иоахима и Франциска. Его сочинения, по мнению многих спиритуалов, имели такое же значение, как творения св. Павла, и Церковь должна была строго повиноваться им. Зато враги делали его ответственным за крайности людей, питавших к нему столь чрезмерное поклонение и видевших в нем своего главу и наставника.
Когда Оливи умер, его старый судья Джованни ди Мурро был генералом ордена. Он осудил память Оливи как еретика и потребовал выдачи всех его сочинений указом, который исполнялся с неумолимой суровостью и которому следовал его преемник, Гонсальво да Бальбоа. Один благочестивый монах отказался выдать запрещенные книги и был прикован к стене темницы на воде и хлебе; здесь он гнил до самой смерти. Много других упорствующих было также заключено в тюрьму, и с ними обходились так же бесчеловечно. На генеральном капитуле, созванном после этого, было официально запрещено чтение сочинений Оливи; но много сочинений, прямо или косвенно приписываемых покойному, ходило по рукам.
Наибольшие споры вызвали комментарии Оливи на Апокалипсис, из которых извлекли главные положения, послужившие к его осуждению. Инквизиционный приговор от 1318 г. показывает, что в это время сочинения спиритуала были по распоряжению Иоанна XXII снова подвергнуты просмотру. До решения папы никто не имел права считать Оливи святым или даже католиком. В 1319 г. было составлено восемью магистрами богословия донесение, клонившееся к осуждению… Однако официальное решение было вынесено только 8 февраля 1326 г.; Иоанн XXII осудил «Толкование Апокалипсиса», а генеральный капитул ордена запретил читать и иметь это сочинение.
После смерти Оливи францисканские власти поняли невозможность уничтожить секту спиритуалов, быстро распространявшуюся и принимавшую правильное устройство по всему Лангедоку. Однако конвентуалы не обратились за помощью к инквизиции, да и инквизиторы не желали, вероятно, выступать против врагов соперничающего ордена. В 1299 г. нарбоннский архиепископ собрал в Безье провинциальный синод, на котором были осуждены бегины обоего пола, которые под руководством ученых членов уважаемого ордена францисканцев предавались религиозным упражнениям, не предписанным Церковью, накладывали на себя епитимьи и воздержания, устраивали ночные тайные сборища, посещали еретиков, предвещали близость конца мира и утверждали, что царство антихриста уже началось. Епископам было приказано начать в своих епархиях внимательный розыск этих сектантов и уничтожать их. Эти меры показывают быстрое развитие новой ереси, основанной на Вечном Евангелии, поддерживаемом францисканцами-ригористами и широко распространенного среди населения; для такого распространения его в массе терциарии представляли особые преимущества. Те, кого называли бегинами, были большей частью терциариями, а иногда даже членами ордена. Собор оправдал преследование внутри самого ордена; монахи спиритуалы продолжали терпеть со стороны своих высших притеснения, которым монастырская жизнь давала массу предлогов. Так, например, в Вильфранше два монаха, отказавшихся признать, что их обеты позволяют свободно пользоваться мирскими вещами, были заключены в тюрьму, закованы в цепи и лишены пищи.
Одним из самых энергичных и горячих миссионеров веры в то, что только божеское вмешательство создаст новый мир, где будут жить одни только избранные и который будет царством аскетической нищеты и всеобщей любви, был Арнольд де Виллануэва. Как врач, он не имел соперника; его многотомные работы по медицине и гигиене были шесть раз перепечатаны в течение XVI в., не говоря уже о многочисленных специальных трактатах. Он занимался химией, но не установлено достоверно его участие в нескольких полезных открытиях. Он был алхимиком при дворе Роберта Неаполитанского. Его трактаты по алхимии были включены в собрание работ этого рода, перепечатанное даже в XVIII в. Знакомый с арабским и еврейским языками, он перевел сочинения Косты бен Луки о приемах магии. Он оставил сочинения по астрономии и снотолкованиям, а также по землемерию и виноделию. Он выработал для Фридриха Сицилийского законы, в которых показал себя добросовестным государственным мужем. Арнольд считал первой обязанностью государя быть справедливым сначала для бедных, а потом — для богатых. Если король хочет получить спасение, то должен посвятить себя бедным; в противном случае, несмотря на поучения Церкви, ни псалмы, ни обедни, ни посты, ни даже милостыня не спасут его. Не раз короли Арагона и Сицилии давали ему дипломатические поручения. Хотя он был мирянином, женатым и отцом семейства, излюбленным его предметом являлось богословие, которое он изучил у доминиканцев в Монпелье. В 1292 г. он выпустил свой первый труд о таинственном имени Иеговы, в котором старался найти объяснение тайны Св. Троицы. Он скоро стал убежденным иоахитом. В многочисленных сочинениях, написанных на латинском и народном языках, он объясняет откровения Иоахима. Он выступил в защиту преследуемых спиратуалов в различных трактатах. Он воспользовался своим влиянием при неаполитанском дворе, чтобы гонимые спиритуалы нашли здесь убежище. Еще в XIII в. он обратился к доминиканцам и францисканцам Парижа, к королям Франции и Арагона и к коллегии кардиналов с письмами, возвещая близкий конец мира. Испорченных нравственно католиков и духовенство он объявил слугами антихриста. За эти заявления каталонские доминиканцы формально обвинили Арнольда перед хиронским епископом. Но Арнольд заявил, что эти монахи не имеют права преследовать его, так как они — еретики, сумасшедшие и обманщики. Он сам вызывал их на суд папы на следующий Великий Пост. Покровительство короля спасло его от костра. Когда в 1300 г. король Иаков послал его с поручениями к Филиппу Красивому, ересиарх представил Парижскому университету свою работу о пришествии антихриста. Богословы косо посмотрели на эту книгу; и накануне отъезда, несмотря на неприкосновенность посла, Арнольд был по указу святого трибунала внезапно арестован. Заступничество нарбоннского архиепископа не привело ни к чему. Узник был выпущен на волю, только представив залог в три тысячи ливров, собранный нарбоннским виконтом и другими друзьями. Затем он предстал перед магистрами богословия и под страхом тюремного заключения вынужден был отречься от своих положений, ему не разрешили даже защищаться.
