Пьер Кошон не торопился начать дело. Прошел целый месяц; в Париже были недовольны этим. Столица, всецело стоявшая на стороне англичан, питала к Жанне особую ненависть за то, что Девственница обещала во время осады разрушить город и перебить жителей, и за то, что успехи Жанны вызвали блокаду города. Эта ненависть сказалась устами докторов университета, которые уже с самого начала преследовали Жанну с неутомимой жестокостью. Они послали 21 ноября Кошону письма, в которых упрекали его за медленность, с которой он приступал к делу; в то же время они просили английского короля, чтобы дело разбиралось в Париже, где легко можно было найти много ученых богословов. Однако Кошон, ознакомившись с данными, на которых ему приходилось основывать преследование, увидел их слабость. Он был занят сбором сведений обо всех мелочах из жизни Жанны, на которых можно было основать обвинение. Юрисдикция Кошона имела силу, так как обвиняемая была взята в плен в епархии Бовэ; но прелат в то время был изгнан из своей епархии; от него требовали, чтобы он вел дело не только в другой епархии, но даже в Другой провинции. Архиепископство Руанское было вакантно, и Кошон обратился к членам капитула с просьбой разрешить ему устроить заседания духовного суда в пределах их судебного округа. Просьба была удовлетворена, и епископ выбрал экспертов, которые бы приняли участие в деле в качестве асессоров. Университет послал ему большое число таких экспертов, причем все расходы приняло на себя английское правительство; но труднее было найти соучастников среди прелатов и докторов самого Руана. На одном из первых заседаний один из них, Николай Гуппеланд, прямо заявил, что ни Кошон, ни другие судьи, принадлежащие к партии, враждебной Жанне, не имеют права заседать, тем более, что обвиняемая была уже допрошена архиепископом Реймса, которому подчинена была епархия Бовэ.
За это Николая заключили в руанскиий замок и грозили изгнанием в Англию и потоплением. Все приглашенные принять участие в судилище скоро убедились, что малейшее проявление расположения к обвиняемой навлекало на них месть англичан; подвергали штрафу всякого пропустившего заседание. В конце концов было собрано от пятидесяти до шестидесяти богословов и юристов, среди которых были аббаты Фекампа, Жумьежа, С.-Катерины, Вормейля, Прео, приор Лонгвилля, архидиакон и казначей Руана и другие видные лица. 3 января 1431 г. английский король повелел выдавать Жанну Кошону всякий раз, когда явка ее будет необходима; всем королевским чиновникам было приказано помогать епископу по первому его требованию. Как будто виновность Жанны была уже установлена, в грамотах короля перечислялись ереси и злодеяния обвиняемой, а в заключение говорилось, что если Жанна будет оправдана, то ее не следует выпускать на свободу, но надо отдать под охрану короля. Однако Кошон только 9 января собрал восемь своих экспертов и представил им все собранное им по делу до сего времени. Судьи решили, что собранных улик недостаточно и что надо произвести дополнительное следствие. Немедленно были приняты меры для производства новых расследований. Николай Байльи, отправленный собрать подробности о детстве Жанны, привез благоприятные для обвиняемой сведения; Кошон уничтожил его донесение и отказался уплатить расходы по поездке. Приняли инквизиционную систему, состоявшую в том, чтобы заставить самую обвиняемую выдать себя. Один из членов суда, Николай л'Уазелер, переоделся в светское платье и был допущен в камеру Жанны. Он притворился лотарингцем, заключенным в тюрьму за верность Карлу VII и снискал себе доверие пленницы, которая с ним говорила совершенно откровенно. Затем Варвик и Кошон, сопровождаемые двумя нотариусами, спрятались в соседней камере, перегородка которой была просверлена, а Уазелер заставлял Жанну говорить о своих видениях. Но один из нотариусов заявил, что подобный прием незаконен, и смело отказался участвовать в нем. Каноник Бовэ, Жан Эстиве, исполнявший обязанности обвинителя, испробовал то же средство, но также безуспешно.
Только 19 февраля были готовы обвинительные пункты; но среди членов трибунала не было представителя инквизиции, и это делало недействительным все делопроизводство. Инквизитором Франции был брат Жан Граверан; он в 1424 г. назначил своим викарным в Руан брата Жана ле-Метр. Ле-Метр держался в стороне; но без него обойтись нельзя было, и на заседании 19 февраля решили позвать его вместе с двумя нотариусами принять участие в дебатах и выслушать чтение обвинений и свидетельских показаний. Прибегли даже к угрозам, и ле-Метр явился на процесс. Только 12 марта он получил от Граверана особое полномочие председательствовать вместе с Кошоном в трибунале. 21 февраля обвинитель Жан Эстиве потребовал явки и допроса пленницы.
Допросы Жанны тянулись три месяца; перерыв был сделан только с 18 апреля по 11 мая ввиду тяжкой болезни обвиняемой. Невежественная крестьянка, ослабленная муками жестокого тюремного заключения и вынужденная ежедневно отвечать на ловкие коварные вопросы, придуманные судьями, никогда не теряла ни присутствия духа, ни чудесной ясности ума. Ей расставляли ловушки, которые она угадывала инстинктом. На нее одновременно сыпались вопросы двенадцати судей, которые затрудняли бы школьных богословов, и прерывали ее ответы. Ответы Жанны тщательно рассматривались, а затем ей снова предлагали их в другой форме. Дева отказалась принести присягу отвечать без оговорок на все вопросы и откровенно заявила: «Я не знаю, о чем вы будете меня допрашивать; быть может, вы будете допрашивать меня о таких вещах, о которых я не желаю говорить». Она соглашалась отвечать только на всякий вопрос, касающийся ее веры и обвинений. Когда озлобление Кошона выводило из границ, то она оборачивалась к нему и кротко говорила: «Вы называетесь моим судьей; я не знаю, судья ли вы мой в действительности; поберегитесь судить несправедливо, так как вы подвергаете себя большим опасностям; я вас предупредила, так что если Господь Бог накажет вас, то я, по крайней мере, исполнила свой долг». Когда ей угрожали пыткой, она просто сказала: «Если вы пыткой вырвете у меня признания, то я заявлю, что они получены насилием». Перенося ужас своей темницы и допросов, она ни разу не пала духом. Часто она отказывалась отвечать на допросе раньше, чем спросит у своих голосов, может ли она раскрыть то, что от нее требовали; а затем на следующем заседании она объявляла, что ей разрешено говорить.
Наконец в одном важном пункте судьям удалось поставить ее в затруднение. Ее предупредили, что если она совершила какой-либо поступок, противный вере, то должна подчиниться решению Церкви. Она изъявила желание подчиниться Богу и святым, но это, сказали ей, — Церковь торжествующая и небесная, она же должна подчиниться Церкви воинствующей и земной, в противном случае она является еретичкой и ее следует выдать светским властям для сожжения. Пользуясь ее невежеством, судьи поставили вопрос в более ясной форме. Когда ее спросили, не хочет ли она подчиниться папе, она сказала: «Отведите меня к нему, и я отвечу ему». Наконец, ее довели до того, что она согласилась повиноваться Церкви, если только Церковь не прикажет ей сделать что-либо невозможное; когда же ей предложили определить это «невозможное», она сказала, что это значит отказаться исполнить то, что повелел ей Бог, и отрицать истинность того, что она подтвердила о своих видениях. Об этом она не хотела отвечать никому, кроме Бога. Кошон запретил упоминать об этом в судебном протоколе.
После 27 марта Жанне прочли длинный список обвинений. Эксперты решили, что она должна правдиво и немедленно отвечать на обвинения, что она и сделала, отказавшись от адвоката, которого предлагал ей Кошон. Болезнь Жанны прервала судилище; когда она выздоровела, 12 мая двенадцать членов трибунала собрались у Кошона, чтобы решить, следует ли ее подвергнуть пытке. Девять судей полагали, что пытка не нужна, так как дело и без того ясно. В это время тайный комитет, выбранный Кошоном, свел все пункты обвинения к двенадцати, которые были признаны вполне доказанными и подтвержденными сознанием; они легли в основание последующих решений и окончательного приговора. Копию пунктов обвинения послали пятидесяти восьми ученым экспертам, а также руанскому капитулу и Парижскому университету с просьбою высказать свое мнение. Университет ради формы тщательно обсудил дело и поручил богословскому и юридическому факультетам выработать решение, которое было одобрено 14 мая и отправлено в Руан.