Португалия в церковном отношении принадлежала к провинции Компостелло, и лиссабонский епископ, которому было поручено произвести следствие по делу ордена, не мог найти никаких улик против них. Участь португальских тамплиеров была исключительно счастливая, так как король Диниш в благодарность за услуги, оказанные ими во время его войны с сарацинами, основал новый орден Иисуса Христа (де Авис), который был по его просьбе утвержден Иоанном XXII в 1318 г. Тамплиеры и их орден укрылись в этом верном убежище; командор и много наставников сохранили свое положение, и новый орден был простым продолжением старого.
Приближался день открытия заседаний Вьеннского собора. До этого времени не удалось получить против тамплиеров ни одной серьезной улики за пределами Франции, где епископы и инквизиторы были орудием безжалостной воли Филиппа. По мере приближения дня собора папа Климент отовсюду старался собрать свидетельские показания, подтверждавшие ересь ордена. Он заставил Эдуарда II ввести пытку в суды Англии, ему удалось подвергнуть пытке обвиняемых в Арагоне. От Кипра до Португалии князья и прелаты получили приказания папы вырвать признания пыткой. Собранные таким путем показания следовало немедленно отправить папе. Палачи не довольствовались тем, что пытали обвиняемых, еще не подвергавшихся пытке; они вытаскивали из темниц тех, кто уже подвергался пытке, и снова пытали их, чтобы получить от них новые, еще более нелепые признания. Так были допрошены в 1310 г. тринадцать тамплиеров во Флоренции, и некоторые из них сознались. Повинуясь новым приказаниям папы, инквизиторы собрались вторично в сентябре 1311 г. и начали новый ряд допросов. Шесть обвиняемых не выдержали и дали нужные показания относительно поклонения идолам, кошкам и т. п.; но семь других упорно утверждали, что орден невиновен. Инквизиторы представили Клименту только шесть нужных ему признаний.
Папа и король пустили в ход все свое влияние, чтобы добиться от собора одобрения заранее предрешенного осуждения ордена тамплиеров. Знаменательный факт: акты Вьеннского собора были будто бы выкрадены из папского архива, и историку приходится восстановлять работы этого собора по некоторым упоминаниям современных составителей хроник и по папским буллам, в которых приводятся решения. Но от огромной массы документов, относящихся к тамплиерам, остались теперь только фрагменты. Вьеннский собор открылся в октябре 1311 г. На нем заседало триста епископов, прибывших из всех государств Европы; председательствовал сам папа. Климент настаивал на осуждении ордена тамплиеров без выслушивания его членов. Папа вызвал орден явиться на собор в лице своих старших членов и представителей; он приказал кардиналу Палестрины привести их для этого. Однако, когда заседания собора открылись, высшие лица ордена не были приведены на него. Для рассмотрения этой щекотливой ситуации устроили частное собрание, на которое были приглашены прелаты, избранные среди представителей Испании, Франции, Италии, Венгрии, Англии, Ирландии и Шотландии, чтобы обсудить вопрос о виновности ордена в ереси с папой и кардиналами. В один ноябрьский день, когда это собрание слушало чтение донесений, присланных инквизиторами, неожиданно явились семь тамплиеров и выразили желание выступить в защиту ордена от имени тысячи пятисот или двух тысяч братьев-изгнанников, скитавшихся в горах Лионской провинции. Климент велел немедленно заключить их в тюрьму. Когда приступили к голосованию, то только один итальянский епископ и три французских прелата (архиепископы Санса, Реймса и Руана, сжегшие на костре тамплиеров-рецидивистов) решились подписаться под позорным осуждением ордена, не выслушав его представителей. Собор колебался. В Германии, Италии и Испании провинциальные соборы торжественно заявили, что они не нашли ничего преступного ни в орден, ни среди отдельных его членов. В Англии тамплиеры сознались только в том, что их обвиняли в ереси. Франция была единственная страна, где удалось собрать полные признания виновности. Клименту удалось только протянуть споры до февраля 1312 г.; в это время Филипп прибыл на собор в сопровождении принцев и большой свиты. Давление, оказанное королем и папой, сломило в конце концов упорство отцов собора. 22 марта Климент представил тайной консистории, составленной из кардиналов и прелатов, буллу «Голос свыше», в которой он признавал, что собранные улики не оправдывали с канонической точки зрения окончательного осуждения ордена, но объявлял, что орден запятнал себя таким скандалом, что ни один честный и порядочный человек не может уже вступить в него. Кроме того всякое промедление повлечет за собой лишь расхищение земель тамплиеров, и этим самым будет нанесен ущерб интересам Св. Земли; вследствие всего этого Св. Престол должен был объявить предварительно уничтожение ордена. 3 апреля открылась вторая сессия собора, и булла была объявлена на нем. Климент защищал ее, доказывая, что она необходима, чтобы умилостивить «его дорогого сына, короля Франции». Орден был уничтожен, хотя его и не признали виновным. Члены ордена были освобождены от всякой ответственности.
Возникший вопрос об имуществе тамплиеров вызвал долгий и довольно горячий спор. Клименту удалось добиться передачи этого имущества госпитальерам. Вышедшая 2 мая булла «Для верности» объявляла, что хотя до сего дня судопроизводство и не позволило законным образом уничтожить орден, но он бесповоротно уничтожен папским распоряжением и предан «вечному запрету»; всякий, кто пожелает вступить в него или примет его одежду, подвергается отлучению от Церкви. Св. Престол вступит во владение имуществом ордена и передаст его госпитальерам Св. Иоанна в Иерусалиме, за исключением имуществ, находящихся в Кастилии, Арагоне, Майорке и Португалии. В других местах всем, кто захватил и держал имущество, принадлежавшее раньше тамплиерам, было приказано до истечения месячного срока передать его госпитальерам под угрозой отлучения от Церкви.
Решение судьбы самих тамплиеров поручили провинциальным соборам, за исключением высших членов ордена, суд над которыми Св. Престол оставил за собой. Всем беглецам было предложено явиться до конца года к их епископам, которые должны допросить и судить их; всякое уклонение от суда повлечет за собой отлучение от Церкви, а кто в течение года будет находиться под отлучением и не испросит разрешения, того будут считать еретиком. Общие указания предписывали поступать с нераскаявшимися и рецидивистами со всей строгостью закона. Дела тех, кто даже под пыткой отказался сознаться в своих заблуждениях, передали провинциальным соборам, чтобы они поступили с ними согласно с канонами. Те, кто сознается, будут размещены по старым домам ордена или по монастырям, причем следовало строго наблюдать, чтобы их число под одной кровлей не было велико; им будут выдавать пенсию из доходов от имуществ ордена. Немногие соборы, однако, занялись судом тамплиеров. Много их умерло в тюрьмах, некоторые из так называемых рецидивистов были сожжены; другие, как нищие, бродили по Европе; третьи, наконец, едва-едва добывали себе дневное пропитание ручным трудом. В Неаполе Иоанн XXII приказал в 1318 г. доминиканцам и францисканцам поддерживать их. Когда некоторые из них захотели жениться, то Иоанн XXII объявил, что их обеты связывают их навсегда и что всякий брак будет незаконным, и таким образом он признал, что принятие их в орден было совершено правильно и законно. Он признал их верными католиками также тем, что разрешил им вступать в другие ордена. Так поступило много тамплиеров, особенно в Германии, где участь их была менее тяжела, чем где-либо в другом месте, и где их приняли к себе госпитальеры, согласно постановлению, принятому на конференции во Франкфурте — на — Майне в 1317 г. Последний наставник Бранденбурга вступил в орден госпитальеров, сохранив свое звание.
Оставалось решить судьбу Молэ и других высших членов ордена, суд над которыми Климент оставил за собой лично. Только 22 декабря 1313 г. назначил он комиссию из трех кардиналов рассмотреть их дело и вынести или осуждение, или наложение епитимьи, сообразной с их преступлениями, а также назначить им из доходов ордена такую пенсию, которую эти прелаты найдут достаточной. Кардиналы отложили свой суд до 19 марта 1314 г.; в этот день на эшафоте, выстроенном перед собором Богоматери, заняли места Молэ, магистр Нормандии де Шарнэ, визитор Франции де Перо и магистр Аквитании де Гонвиль, извлеченные из темниц, где они томились почти целых семь лет, чтобы выслушать приговор, вынесенный кардиналами совместно с санским архиепископом и другими прелатами. Сообразно с теми преступлениями, в которых сознались обвиняемые, на них была наложена епитимья в виде пожизненного тюремного заключения.
