Иоанн 11 июля 1324 г. объявлял, что Людовик, не явившись оправдаться в Авиньон, теряет право на империю; если же он будет упорствовать в неповиновении, то потеряет наследственное Баварское герцогство и другие владения. В то же время Людовика вновь вызвали на 1 октября в Авиньон, чтобы выслушать окончательное решение папы. 10 ноября Иоанн издал буллу «Так как причина происхождения», в которой доказывал, что имел право отменить решения своих предшественников, объявлял ересью учение, что Христос и апостолы только пользовались, а не владели имуществом.
Люди, враждебно относившиеся к притязаниям папства, сгруппировались вокруг Людовика Баварского. Среди них был Марсильо Падуанский, стоявший за главенство государства и за подчинение ему Церкви. В трактате «О переносе власти» Марсильо дал очерк истории возникновения Священной Римской империи и показал древнее подчинение Св. Престола императорской власти и неосновательность притязаний папы на утверждение императоров. Иоанн XXII осудил его как еретика. Покровительство, которое оказал ему Людовик, послужило лишним пунктом в обвинении императора в ереси.
Противником папы был и схоластик Вильям Оккам (1285–1349). Во время окончательного разрыва между папством и францисканцами-ригористами он находился уже под судом инквизиции, бежал из Авиньона вместе со своим генералом Михаилом Чезенским и нашел убежище у Людовика. Он связал вопрос о нищете Христа с вопросом о германской независимости. В 1324 г. Оккам заявил, что будет бороться против заблуждения «псевдоапы». Допуская главенство папы, он утверждал, что папа может впасть так же в ересь, как и Вселенский собор и весь христианский мир. Влияние Св. Духа не лишает человека свободы мысли и не мешает ему впасть в заблуждение. Оккам обвинил Иоанна XXII в семидесяти ересях.
После издания булл «Наряду с иными» и «Так как причина происхождения» между Иоанном и главными лицами францисканского ордена наступило как бы перемирие. В 1325 г. Михаил созвал капитул, который должен был заседать в Париже; но он опасался, что капитул попытается отменить решения, принятые в Перузе из-за давления папы через короля Карла Красивого. Поэтому он перенес заседания в Лион. Устав в отношении положения о нищете не был смягчен, но был принят статут, грозивший тюремным заключением всякому, кто будет непочтительно отзываться об Иоанне XXII и его декреталиях. Однако папа в августе 1327 г. в булле «Так как иногда» подтвердил, что он признал еретическим верование в нищету Христа и приказывал прелатам и инквизиторам преследовать виновных; обвиняемые лишаются всяких привилегий и подлежат общему суду, явно при этом имея в виду францисканцев.
В первую очередь эта мера была направлена против умеренных спиритуалов Италии — фратичелли, защищавших святость нищеты.
Решения Иоанна вызвали новый приток беглецов, недовольных отношением руководителей ордена к папским репрессиям против францисканцев, они увеличили ряды фратичелли, избрали генерал-министром Генриха да Чева, бежавшего в Сицилию во время преследования, воздвигнутого Бонифацием VIII, и объявили, себя независимыми от общей организации ордена.
Михаил Чезенский не осуждал преследования, направленного против непокорных братьев; он не сомневался, что булла августа 1327 г. имела их в виду, и по-прежнему продолжал выражать покорность. В июле папа вызвал его из Рима в Авиньон. Михаил явился к папе 2 декабря и до апреля 1328 г. оставался при папском дворе. Между тем, весной 1326 г. Людовик предпринял поход в Италию. В апреле он прибыл в Милан, чтобы получить там железную корону, Иоанн запретил ему идти дальше; император не исполнил этого приказания, и папа снова отлучил его от Церкви и велел проповедовать против непокорного крестовый поход. Людовик 7 января 1327 г. вступил в Рим, где приказал короновать себя 17 января императором. Как защитник веры, он обвинил папу в ереси отрицания нищеты Христа и 14 апреля обнародовал закон, разрешавший преследовать и осуждать всех явно считаемых изменниками и еретиками. 17 апреля было объявлено по просьбе духовенства и населения Рима решение о свержении папы. В нем среди прочих преступлений папы объявлялось, что он еретик, отрицающий нищету Христа; всякому, кто окажет помощь или поддержку осужденному, император грозил конфискацией имущества.
12 мая население и духовенство Рима, согласно первоначальному обычаю, выбрало новым римским епископом Петра ди Корбарио, францисканца, министра Абруцской провинции и папского духовника. Новый папа принял имя Николая V; была образована новая коллегия кардиналов; он назначил нунциев и легатов и заменил епископов-гвельфов гибеллинами.
Хотя капитул, созванный в Ананьи францисканским префектом римской провинции, высказался против Петра ди Корбарио и приказал ему отказаться от папского достоинства, орден не избежал ответственности за мятеж. Михаил Чезенский был объявлен пленником папы на честное слово; ему было запрещено покидать Авиньон под угрозой отлучения от Церкви, потери должности и ограничения прав в будущем. 14 апреля Михаил составил нотариальный протест. В присутствии Оккама и Бонаграции он заявил, что папа или еретик, или не папа; ибо или мнения Иоанна еретические, или Николай IV, Бонифаций VIII и Климент V были еретиками и, следовательно, не имеет законной власти образованный ими конклав, избравший Иоанна. Михаил протестовал против всего, что нарушало права ордена, и заявлял, что он сам был угнетен и подавлен, так что действия, к которым его принуждали, не могут иметь никакого значения и силы.
Михаил был задержан в Авиньоне, а в Болонье собрался генеральный капитул ордена. Иоанн поручил епископу Остии добиться выборов нового генерала. Капитул избрал снова Михаила. Ввиду драмы, разыгрывавшейся в Риме, Михаил боялся за свою жизнь и бежал 26 мая вместе с Оккамом и Бонаграцией. 9 июня он прибыл в Пизу. Отлученный от Церкви и лишенный сана, Михаил утверждал, что Иоанн — еретик, обесчестивший папское достоинство. На созванном папой в июле 1329 г. в Париже генеральном капитуле ордена францисканцев Михаил и все верные ему провинциалы были заменены сторонниками папы; Михаил был низложен и генералом избран Герард Одо; но добиться от капитула осуждения учения о нищете Христа папа не смог.
В Германии большинство францисканцев оставались верными Михаилу и Людовику. В январе 1331 г. Иоанн издал буллу, специально направленную против них; она лишала привилегий и неприкосновенности всякого, кто будет признавать Людовика императором и отправлять богослужение в местностях, на которые наложен интердикт, и приказывала прелатам и инквизиторам преследовать мятежных. Однако Людовик и францисканцы Германии эту буллу игнорировали.
Вопрос о нищете Христа, который Иоанн и Людовик хотели сделать предметом возникшей между ними ссоры и в котором сильно были заинтересованы некоторые немецкие францисканцы, не поднимался в Германии после смерти Людовика в октябре 1374 г. и прекращения существования Мюнхенской колонии беглецов-францисканцев со смертью Михаила Чезенского в ноябре 1342 г. и Оккама — между 1347 и 1350 гг.
Иначе обстояло дело в Италии, родине францисканства. Там всегда были сильны убеждения в святости полной нищеты. Во время Бонифация и Климента и в начале папства Иоанна исповедовавшие осужденное учение скрывались или искали убежища в Сицилии. Они снова неожиданно появились и умножились благодаря францисканскому расколу. Падение антипапы-францисканца в январе 1330 г. и торжество Иоанна вызвали новое преследование их. Но и сторонники нищеты дошли до отрицания папского авторитета и обвинения Св. Престола в ереси. Эти люди считали, что убеждения их осужденных братьев были верны. В отношении к фратичелли тайное и сильное расположение распространялось не только между монахами, но иногда и между прелатами; в 1336 г. епископ Камерино и епископ Фирмо были обвинены в оказании покровительства этим еретикам и в разрешении им жить в их епархиях. Бенедикт XII в 1335 г. на другой же день избрания обрушился на этих Братьев бедного образа жизни, как сами они себя называли. Во многих местностях эти сектанты продолжали открыто выказывать свое несогласие с Церковью.