Участь Лангедока была решена. В будущем катаров ждали облава, как на зверя, тюрьма или костер. Однако еретическая церковь упорно сопротивлялась. Число ее единомышленников значительно поредело: многие бежали в Ломбардию, где после смерти Фридриха II, благодаря гражданским войнам и взаимной борьбе местных тиранов, они находили убежище от преследования инквизиции. Много осталось их в Лангедоке, проповедуя среди католиков и не имея определенного места жительства; шпионы инквизиции постоянно выслеживали их, но крестьяне выдавали их редко. Несмотря на систематическое и неумолимое двадцатилетнее преследование, число верующих катаров было еще очень велико. Их вера поддерживалась посещениями странствующих наставников и сношениями с Ломбардией. Около 1313 г. был осужден катарский проповедник, совершивший четыре раза апостольское путешествие в Ломбардию.
Ересь продолжала быть крупным социальным фактором, и инквизиция деятельно и успешно преследовала ее. Совершенствовалась организация инквизиции, которую тщательно пересмотрел в 1254 г. собор в Альби. Были учреждены постоянные судилища и точно определены границы инквизиторских областей. Для Прованса и земель к востоку от Роны центральным пунктом был сделан Марсель, эту область окончательно передали францисканцам. Остальные зараженные области были оставлены за доминиканцами, судилища которых находились в Тулузе, Каркассоне и Нарбонне. Одно время еретики искали убежища в Северной Франции. В 1255 г. Александр IV уполномочил особой буллой провинциала и инквизиторов Парижа преследовать беглецов даже в землях графа Тулузского. В эту эпоху должность инквизиторов неусыпно охранялась от вмешательства всяких других властей. Вначале инквизиция была подчинена контролю папских легатов, но впоследствии она сделалась независимой. Когда в 1257 г. епископ Авиньонский, легат Зон, пожелал в силу своего легатского полномочия взять на себя дело инквизиции, Александр IV предоставил ему действовать по своему усмотрению в пределах своей епархии, но запретил ему вмешиваться вне этих пределов в дела инквизиции. Людовик Святой и князья Альфонс де Пуатье и Карл Анжуйский предоставляли все силы государства в распоряжение инквизиции и принимали на себя ее расходы. Инквизиция сама была для себя законом.
Последнее открытое сопротивление произошло в 1255 г. После падения Монсегюра изгнанные и лишенные звания рыцари, как и еретики, старались найти где-либо в горах крепость, в которой они могли бы чувствовать себя в безопасности. Они овладели замком Керибус в Пиренеях. В начале весны 1255 г. это последнее их убежище было осаждено королевским сенешалем Каркассона. Крепость пала в конце августа, и изгнанникам остались только пещеры и леса. В этой дикой местности густые кустарники служили прекрасным убежищем, и была предпринята попытка вырубить все колючие кустарники, в которых скрывались изгнанники и еретики.
Инквизиция, достигшая тогда полного могущества, стала нападать на самых высокопоставленных лиц. Самым могущественным вассалом домов Тулузы и Арагона был граф де Фуа Рожер Бернар II Великий. Семейство его было совершенно еретическое. Когда в 1229 г. он покорился, то клятвенно обещал преследовать ересь в своих владениях; но, по-видимому, он не особенно энергично выполнял клятву. В 1237 г. он поручил своему сыну, в то время виконту де Кастельбо в Арагоне, учредить в его землях инквизицию, результатом чего были многочисленные осуждения еретиков. Сын последнего, Рожер IV, нанес окончательный удар восстанию 1242 г., отдавшись под сюзеренное покровительство короля и выступив против Раймунда, после того как войсками Людовика Святого были разбиты англичане и гасконцы. У него были некоторые недоразумениях инквизицией, но в 1248 г. Иннокентий IV в булле превозносит его преданность Церкви. В 1261 г. Рожер IV издал указ не допускать к какой-либо должности тех, кто был осужден на ношение крестов, кто был заподозрен в ереси или чей отец был осужден за что-либо подобное.
Но инквизиция не могла простить де Фуа патриотизма и былой веротерпимости. Кроме того, если бы можно было доказать ересь Рожера Бернара Великого, то арест его огромного наследства имел бы большое политическое значение и доставил бы хорошую поживу. В 1263 г., двадцать два года спустя после смерти Рожера Бернара Великого, был начат процесс против его памяти. Еще был жив верный слуга старого графа бальи Мазера Раймунд Бернар де Фласкан, постоянно бывший при своем господине во время его последней болезни. Брат Понс, инквизитор каркассонский, отправился в Мазер и пытался принудить старого бальи присягнуть, что умирающий граф подвергся еретикации. Пытки и допросы длились тридцать два дня, после чего Понс повез его в Каркассон. Перед этим путешествием бальи дали день покоя в монастыре в Больбоннэ. Он воспользовался этим и 26 ноября 1263 г. составил нотариальный акт, подписанный в качестве свидетелей двумя аббатами и многими монахами; в этом акте он описывает, как его пытали, и торжественно заявляет, что покойный граф умер добрым католиком. К этому он прибавил, что, если под жестокой пыткой он скажет несогласное с изложенным в этом акте, его слова будут ложью, а сам он будет изменником веры.
Благодаря стойкости старого бальи, мужеству нотариуса и свидетелей добрая память старого графа осталась незапятнанной. Его сын, Рожер Бернар III, несмотря на папское расположение и на многочисленные доказательства своей приверженности католической церкви, постоянно был преследуем инквизиторами; они не раз во главе вооруженных отрядов приходили опустошать его земли под предлогом розыска еретиков и в своей свите приводили его личных врагов, так что его области были почти совершенно разорены. Вследствие этого он отдавал себя и свои владения под защиту Св. Престола. В феврале 1285 г. он умер. В 1292 г. против его памяти поднял дело каркассонский инквизитор; но оно не дало результатов; в 1297 г. инквизиция выдала сыну обвиненного, Рожеру Бернару IV, удостоверение в том, что обвинение было ложно. В течение следующих двадцати лет действий инквизиции в Лангедоке еретики встречались все реже и реже, но оставался еще неисчерпаемый список покойников. Вырытие их тел из могил производило на толпу сильное впечатление, а конфискации, сопровождавшие это, радостно приветствовались набожными князьями и широко содействовали переходу в другие руки земельной собственности, что было очень важно в политическом отношении.
В 1271 г. умерли, не оставив детей, Жанна и Альфонс. Линия Раймунда прекратилась, и страна окончательно перешла к французской короне. Когда 8 октября 1271 г. королевский сенешаль в Каркассоне обнародовал указ о новом правлении, все замки и деревни, которые проходили по делам ереси, были безвозмездно отписаны на короля.
Постоянно указы или законы, исходившие от трона, нарушали старинные привилегии, ослабляли местные юрисдикции, давали всей стране свод законов, предоставляя короне одновременно и законодательную и исполнительную власть. Росло главенство королевской власти, и народ инстинктивно искал в ней защиты от инквизиторской тирании, делавшейся все тяжелее и невыносимее. Население Альби и Каркассона, доведенное до отчаяния жестокостью инквизиторов Жана Галанда и Жана Вигурё, представило в 1280 г. все свои жалобы королю Филиппу Смелому. После непродолжительного расследования их просьбы о вмешательстве были оставлены без последствия, как «лишенные основания». Оппозиция шла не от еретиков, а от добрых католиков, от городских магистратов, от горожан. Конфискация имущества грозила всякому, если инквизитор находил нужным отыскать в своих списках доказательства, что один из его предков был еретиком. Все усилия горожан направляются против этих списков. Не найдя защиты у короля, консулы Каркассона при содействии некоторых духовных лиц устроили в 1283 или 1284 г. заговор, чтобы уничтожить книги инквизиции, содержавшие разоблачения и признания. Во главе заговора были городские консулы, архидьякон Санчо Морлана, епископский судья Гильем Брюне, другие служащие епископа и много белого духовенства. Бернар Гаррик, бывший раньше совершенным еретиком, а после обращения сделавшийся служителем инквизиции, согласился выдать списки за двести турских ливров. По всей вероятности, Бернар открыл заговор своим начальникам и погубил заговорщиков. Теперь вся община была во власти инквизиции; 13 сентября 1285 г. инквизиторы привели к королевскому канцлеру Бернара Гаррика, который повторил данные им показания, и представитель короля заключил, что Каркассон – гнездо еретиков, заслуживающее самого сурового наказания. В отчаянии граждане обратились к Гонорию IV. В ответ папа выразил сожаление, что население Каркассона всеми силами ставит преграды деятельности инквизиции; он приказал наказать всех непокорных без различия положения и звания.
