С 26 января по 10 февраля 1606 года было открыто девять атоллов на восточной окраине этого архипелага — какие именно, установить трудно, но, судя по описанию Кироса, это были атоллы Хендерсон, Марутеа, группа Актеон и Ненгоненго.

1 мая 1606 года Кирос достиг островов, которые он назвал Аустралиа-дель-Эспириту-Санто (теперь Новые Гебриды). Страна напоминала цветущий сад, а непрерывную цепь островов с первого взгляда можно было принять за континент. Это и был, по мнению Кироса, Южный материк. Когда корабли встали на якорь, Кирос распорядился в ознаменование „великого открытия“ организовать торжественные процессии, танцы, церковные службы и фейерверк. Потом на месте высадки был воздвигнут крест и прочитан акт о том, что земля эта отныне принадлежит испанскому королю.

Кирос и его люди оставались на Новых Гебридах тридцать пять дней. Затем решено было следовать на юг вдоль берегов открытого „континента“. Но, как только вышли из бухты, начался шторм. Корабль Торреса вернулся в бухту и встал на якорь. Кирос был болен и не мог подняться на палубу, а его кормчий не решился приблизиться к порту и направил „Капитану“ к островам Санта-Крус, у которых условлено было встретиться в случае, если корабли потеряют друг друга в океане. Безуспешно прождав там некоторое время Торреса, Кирос решил плыть назад и, описав большую дугу, в конце ноября прибыл в Акапулько. Торрес, думая, что Кирос тоже возвратится в бухту, ждал его некоторое время; не дождавшись, он решил продолжать плавание самостоятельно. Он поплыл на юго-запад, затем на север и попал в район островов у восточной оконечности Новой Гвинеи. Огибая Новую Гвинею с юга, он открыл пролив, отделяющий ее от Австралии и изобилующий мелкими островками, который был потом назван проливом Торреса.

Остров Эспириту-Санто не отличался здоровым климатом. Моряки страдали от тропической лихорадки. В довершение всех бед 27 мая Кирос и многие его спутники жестоко отравились рыбой паргус и едва не отдали Богу душу.

В начале июня Кирос решил временно сняться с якоря и направиться на осмотр Южного материка. Однако из-за ветров и течений он не смог продвинуться в южном направлении. 8 июня Кирос дал приказ возвратиться в бухту Сантьяго-и-Сан-Фелипе.

Корабли Прадо-и-Товар покинули бухту и увели „Альмиранту“ и „Три волхва“. Прадо-и-Товар излагает ход событий таким образом: команда „Капитаны“ восстала, заперла в кормовой рубке Кироса и тайком вывела корабль из бухты.

К чести Кироса следует отметить, что за время долгого плавания в южных морях экспедиция не потеряла ни одного человека — случай беспримерный в истории испанских морских походов. 9 декабря следующего 1607 года Кирос въехал в Мадрид — и в городских воротах отдал нищему последний свой грош. На следующий день он начал новую битву, требуя от Совета по делам Индий снаряжения большой экспедиции для освоения Южной Земли Святого духа. Не десятки, а сотни писем и объяснительных записок отправил он в ближайшие два-три года в адрес всех высоких учреждений Испании. Он писал королю и папе, обивал пороги всех канцелярий Мадрида, не раз бывал в Эскуриале. Своей неугасимой верой он, как и прежде, покорял скептиков. Но Совет по делам Индий в 1608 году решил не снаряжать новой экспедиции. И вовсе не потому, что в Совете не верили Киросу. Мотивы были совсем иные. В Совете полагали, что новые открытия вредны. Они оттягивают из Испании людей, в то время когда в стране с каждым годом падает численность населения; они открывают новые пути врагам короля, они истощают казну его величества — и это в пору, когда нет ни денег, ни возможностей удержать то, что уже открыто… И все же, атакуя королевский Совет, Кирос в конце 1609 года добился некоторого успеха. Филипп III подписал указ вице-королю Перу, в котором последнему рекомендовалось снарядить к Южному материку экспедицию.

Кирос, однако, этим не удовлетворился. Ему хорошо были известны испанские порядки, и он знал, что колониальные власти в Перу такого рода рекомендации могли и не принимать во внимание.

В октябре 1614 года в Лиму был назначен новый вице-король. Кирос отправился с ним в Новый Совет в твердой уверенности, что счастье ему наконец улыбнулось. Весной 1615 года Кирос умер в Панаме. Смерть избавила его от последнего разочарования — вице-королю дано было секретное предписание: ни в коем случае не отправлять в Южное море новых экспедиций.

На этом человеке долгое время лежало клеймо мятежника, бросившего своего капитана на произвол судьбы.

Сам Торрес оправдывался, говоря, что, напротив, это он оказался брошенным своим капитаном. По его словам, флагманское судно „Капитана“ ночью ушло:

Все эти версии чрезвычайно сомнительны. Из судовых журналов „Капитаны“ явствует, что это судно вышло из бухты только после того, как исчезли два других судна, и что Кирос несколько дней искал у входа в бухту „Альмиранту“ и „Трех волхвов“. Однако установить сейчас, кто кого бросил и кто кого не искал, совершенно невозможно. Факт тот, что после „безнадежных поисков“ Кирос принял решение идти в Акапулько, чтобы доставить испанским властям вести об открытии Южного материка. 23 декабря 1606 года он привел „Капитану“ в Акапулько.

По версии Торреса и Прадо-и-Товара, после ухода „Капитаны“ „Альмиранта“ и „Три волхва“ простояли в бухте Сантьяго-и-Сан-Фелипе пятнадцать дней. Затем Торрес распечатал пакет, в котором содержалась инструкция вице-короля на случай гибели Кироса. Инструкция предписывала Прадо-и-Товару, как старшему в чине, принять команду над флотилией и следовать в поисках новых земель до 20° южной широты, а в случае, если ничего не будет обнаружено, идти в Манилу. Торрес (он остался фактически командиром экспедиции), несмотря на противодействие экипажей, которые желали немедленно следовать в Манилу, пошел на юго-запад. На 20° южной широты и примерно на 160° восточной долготы он повернул на северо-запад и направился к Новой Гвинее.

20 июля 1606 года корабли Торреса достигли юго-восточной оконечности Новой Гвинеи. Вопреки всем традициям Торрес проследовал дальше вдоль ее южных, а не северных берегов.

Он шел в водах Кораллового моря, усеянного мелями и рифами, обходя бесчисленные мелкие островки и преодолевая встречные ветры и течения. За первые сорок дней он прошел к заливу Папуа, оставив позади длинный „хвост“ Новой Гвинеи. В начале сентября, находясь в излучине залива Папуа, Торрес убедился, что дальше идти вдоль новогвинейского берега нельзя из-за мелей и встречных прибрежных течений. Находясь на 7°30 южной широты, примерно против устья реки Кикори, Торрес повернул на юго-запад и повел корабли в открытое море. На 9° и на 10° южной широты он открыл острова Маланданса, Перрос, Вулкан, Мансерате и Кантаридес — они соответствуют гряде рифов Уорриор. Эта цепь рифов тянется через всю северную часть Торресова пролива. Торрес шел к востоку от нее, стремясь обойти рифы и выйти на „чистую воду“. В канун Дня святого Франциска, 3 октября 1606 года, на 11° южной широты Торрес открыл очень большие острова, и к югу от них показались новые». Прадо-и-Товар добавляет, что среди этих островов был один — «гораздо больший всех прочих».

Сами того не подозревая, Торрес и Прадо-и-Товар совершили открытие огромной важности — остров Принца Уэльского, лежащий у берега полуострова Кейп-Йорк — самой северной оконечности Австралии. Очень возможно, что наибольший остров, обнаруженный 3 октября, был вовсе не островом, а северо-восточным берегом полуострова Кейп-Йорк.

Пройдя проливом Эндевор, между островом Принца Уэльского и полуостровом Кейп-Йорк, Торрес повернул на северо-запад и снова вышел к новогвинейским берегам. Точнее, к берегу острова Фредерик-Хендрик, юго-восточную оконечность которого корабли обогнули, видимо, в конце октября. От острова Фредерик-Хендрик Торрес прошел к полуострову Бомбараи, «подбородку» новогвинейской «птичьей головы», и затем, обойдя эту «птичью голову», через Молукки направился к Маниле, куда прибыл весной 1607 года. Из Манилы в июле того же года Торрес и Прадо-и-Товар отправили в Испанию отчеты о своем плавании и несколько карт новооткрытых земель.